Tην εξαίρεση του Ιδρύματος Ωνάση από τον ειδικό φόρο επί των ακινήτων και μάλιστα αναδρομικά (από το 2013) αποφάσισε η κυβέρνηση με τροπολογία που κατέθεσε στη Βουλή. Η κυβέρνηση στηρίζει την απόφασή της (να εξαιρέσει το ίδρυμα από τον σχετικό φόρο) στη συμβολή του στον πολιτισμό, στην παιδεία, στο περιβάλλον, στην υγεία και στην κοινωνική αλληλεγγύη.
Οι ανωτέρω λόγοι, όπως τονίζεται στην ψηφισθείσα τροπολογία, καθιστούν επιβεβλημένη την εξαίρεση του ιδρύματος και των εταιρειών του, που συμβάλλουν στο κοινωφελές έργο, από τον ειδικό φόρο επί των ακινήτων, ο οποίος έχει θεσπιστεί προκειμένου να αντιμετωπισθούν φαινόμενα καταστρατήγησης της φορολογικής νομοθεσίας.
Επίσης, στην ευνοϊκή ρύθμιση, που υπογράφουν ο υπουργός Οικονομικών Ευκλείδης Τσακαλώτος και η υφυπουργός Οικονομικών Αικ. Παπανάτσιου, επισημαίνεται ότι «όλες οι δραστηριότητες του κοινωφελούς ιδρύματος σχετίζονται με την Ελλάδα και τον ελληνικό πολιτισμό. Στον τομέα της κοινωνικής αλληλεγγύης προωθούνται έργα με κοινωφελή χαρακτήρα.
Με βάση τους κανονισμούς του ιδρύματος και τη βούληση του Αριστοτέλη Ωνάση, έδρα του ιδρύματος είναι το Βαντούζ του Λιχτενστάιν, με αποτέλεσμα να επιβαρύνεται με τον ειδικό φόρο επί των ακινήτων, παρά τον αποδεδειγμένο και αποκλειστικό κοινωφελή χαρακτήρα του».
Σημειώνεται ότι ο ειδικός φόρος ακινήτων (ΕΦΑ) επιβάλλεται σε νομικά πρόσωπα και νομικές οντότητες (ημεδαπή ή αλλοδαπή εταιρεία, οργανισμός, υπεράκτια εταιρεία, κάθε μορφής εταιρεία ιδιωτικών επενδύσεων) που έχουν εμπράγματα δικαιώματα πλήρους ή ψιλής κυριότητας ή επικαρπίας σε ακίνητα τα οποία βρίσκονται στην Ελλάδα. Ο ΕΦΑ υπολογίζεται ετησίως σε 15% επί της αντικειμενικής αξίας του εμπράγματου δικαιώματος επί του ακινήτου.
Σημειώνεται ότι ο νόμος θεσπίστηκε με στόχο να φορολογηθούν οι υπεράκτιες εταιρείες που έκρυβαν υπό τη σκέπη τους ακίνητα χωρίς να εμφανίζονται τα φυσικά πρόσωπα.
Από την πλευρά της, η Νέα Δημοκρατία διά της εκπροσώπου της Μ. Σπυράκη ανέφερε ότι το Ωνάσειο λειτουργεί κάτω από ειδικό καθεστώς και υπό αυτό το πρίσμα θα πρέπει να αντιμετωπίζονται τα ζητήματά του.