Αποτέλεσε την πρώτη ιδιωτική αεροπορική εταιρεία στη χώρα. Γεννήθηκε ως μικρή εταιρεία που εκτελούσε πτήσεις VIP και, είκοσι χρόνια αργότερα, έπειτα εξαγορές, συγχωνεύσεις, μελετημένες κινήσεις και απόκτηση ενδελεχούς γνώσης της αεροπορικής αγοράς, γιγαντώθηκε ανταγωνιζόμενη πλέον όλους τους μεγάλους ευρωπαϊκούς κολοσσούς. Την πρώτη χρονιά της ως Aegean Airlines η εταιρεία εξυπηρέτησε 312.500 επιβάτες περίπου, με 5.508 πτήσεις. Δεκαεννέα χρόνια αργότερα μετρά σχεδόν 14 εκατ. επιβάτες, που εξυπηρετήθηκαν με περισσότερες από 110.000 πτήσεις. Φέτος προχώρησε σε έκδοση ομολόγου, το οποίο υπερκαλύφθηκε από την αγορά, επιβεβαιώνοντας ότι η εταιρεία έχει κερδίσει επάξια μια θέση μεταξύ των σημαντικότερων ελληνικών επιχειρήσεων.
Ολα ξεκίνησαν τον Ιανουάριο του 1992, όταν η Aegean Aviation έγινε η πρώτη ιδιωτική αεροπορική εταιρεία που απέκτησε άδεια αερομεταφορών. Δύο χρόνια αργότερα, η Aegean Aviation περιέρχεται στον όμιλο εταιρειών Βασιλάκη, ο οποίος επενδύει σε ιδιόκτητα LearJet για πτήσεις VIP. Τυπικά η Aegean Airlines δημιουργείται τον Μάρτιο του 1999 με την ίδρυση της εταιρείας. Δύο μήνες αργότερα εκτελούνται οι πρώτες πτήσεις από την Αθήνα προς το Ηράκλειο και τη Θεσσαλονίκη με τα δύο καινούργια αεροσκάφη τύπου JET AVRO RJ100. Δύο νέοι προορισμοί (Ρόδος, Χανιά) προστίθενται στο δίκτυό της τον Ιούνιο. Αλεξανδρούπολη και Κέρκυρα εξυπηρετούνται από το τρίτο RJ που αποκτά η εταιρεία τον Οκτώβριο. Στο τέλος του ίδιου χρόνου εξαγοράζει την Air Greece, παραλαμβάνει ακόμη ένα αεροσκάφος και ξεκινάει πτήσεις προς Μυτιλήνη.
Τον επόμενο Μάιο, ο 11ος προορισμός της είναι η Σαντορίνη. Από τον Ιούλιο του 2000 ο στόλος της αποτελείται από 6 RJ, με τα οποία πετάει σε 11 προορισμούς σε όλη τη χώρα με περισσότερες από 80 πτήσεις καθημερινά. Ανοίγει τα φτερά της στο εξωτερικό τον Απρίλιο του 2001, έχοντας ενώσει τις δυνάμεις της με την Cronus Airlines. Τον Οκτώβριο του 2003 αποτελεί την πρώτη ελληνική αεροπορική εταιρεία που παρέχει τη δυνατότητα έκδοσης ηλεκτρονικού εισιτηρίου. Τον Νοέμβριο του 2005 ξεκινάει πτήσεις κοινού κωδικού με τη Lufthansa. Τον Δεκέμβριο του ίδιου χρόνου παραγγέλνει τα 8 πρώτα Α320 της Airbus. Στις αρχές του 2008 η παραγγελία της εταιρείας προς την Airbus περιλαμβάνει 27 αεροσκάφη τύπου Α320 και Α321. Προχωρεί σε συμφωνία για την εξαγορά της Olympic Air τον Φεβρουάριο του 2010, ενώ τον Ιούνιο του ίδιου χρόνου γίνεται μέλος της Star Alliance. Τον Οκτώβριο του 2013, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή Ανταγωνισμού εγκρίνει την εξαγορά της Olympic Air από την Aegean, η οποία ολοκληρώνεται λίγες ημέρες αργότερα.
Τον Απρίλιο του 2018 ανακοινώνει την αγορά του αιώνα: προχωρεί στην παραγγελία έως και 42 αεροσκαφών από τη γαλλογερμανική Airbus. Αφού τάραξε τα νερά μεταξύ των δύο μεγάλων κατασκευαστών αεροσκαφών, οι οποίοι κονταροχτυπήθηκαν επί μήνες προκειμένου να κερδίσουν την παραγγελία-μαμούθ για τα μεγέθη της ελληνικής αεροπορικής αγοράς, πέτυχε τους καλύτερους δυνατούς όρους με την υφιστάμενη συνεργάτιδά της Airbus. Το ύψος της επένδυσης, που ανέρχεται σε περίπου 5 δισ. δολάρια (τιμή καταλόγου) και δεν θα χρηματοδοτηθεί από τις τράπεζες, σηματοδοτεί την είσοδο της εταιρείας σε μια νέα εποχή.
Στις αρχές Μαρτίου του 2019 προχωρεί στην έκδοση κοινού ομολογιακού δανείου ποσού από 150 έως 200 εκατ. ευρώ, κατόπιν απόφασης του διοικητικού συμβουλίου. Το επενδυτικό κοινό προσέφερε τελικώς 527,7 εκατομμύρια ευρώ, κατά τη δημόσια προσφορά του επταετούς εταιρικού ομολόγου της Aegean. Η ολοκλήρωση της δημόσιας προσφορές επιφύλασσε μια ευχάριστη έκπληξη για την Aegean, η οποία κατέγραψε μία από τις καλύτερες επιδόσεις για εταιρικό ομόλογο που εκδίδει ελληνική εταιρεία. Η τελική απόδοση των ομολογιών ορίστηκε σε 3,60%, το επιτόκιό τους σε 3,60% και η τιμή διάθεσής τους σε 1.000 ευρώ εκάστη, ήτοι 100% της ονομαστικής αξίας της, με συνέπεια την άντληση κεφαλαίων ύψους 200 εκατ. ευρώ
Τα κεφάλαια που άντλησε η εταιρεία θα διατεθούν κατά 75% για τη χρηματοδότηση μέρους των προγραμματισμένων προκαταβολών στο πλαίσιο της δεσμευτικής συμφωνίας με την Airbus, κατά 14% για τη χρηματοδότηση μέρους της κατασκευής εκπαιδευτικού κέντρου και γραφείων στον Διεθνή Αερολιμένα Αθηνών και κατά 11% για κεφάλαιο κίνησης.
Ως προς τα σχέδιά της για το φετινό, δύσκολο καλοκαίρι, είναι και αυτά ιδιαίτερα μελετημένα. Η σταθεροποίηση του τουριστικού ρεύματος που αναμένεται φέτος είναι η συνθήκη στην οποία επιλέγει και η Aegean να κινηθεί.
Ο περιορισμός του ανταγωνισμού από τη μία, η αύξηση του συντελεστή πληρότητας των δρομολογίων και η πλήρης αξιοποίηση του στόλου της, που θα αρχίσει να αυξάνεται στα τέλη του έτους, αναμένεται να οδηγήσουν σε άνοδο των οικονομικών της εταιρείας, όπως εκτίμησε πρόσφατα ο κ. Βασιλάκης. Ωστόσο, η μείωση του ανταγωνισμού δεν αναμένεται να επηρεάσει τους ναύλους, όπως δεν συνέβη και κατά το 2018, όταν η αύξηση των παικτών στην αγορά θα έπρεπε να έχει οδηγήσει σε μείωση των τιμών. Κρήτη και Ρόδος είναι δύο από τις περιοχές που φέρονται να καταγράφουν μείωση αεροπορικών θέσεων φέτος, γεγονός το οποίο σχετίζεται ενδεχομένως και με τον κορεσμό που παρατηρείται στα δύο νησιά σε επίπεδο αεροπορικών αφίξεων. Ο κ. Βασιλάκης είχε πρόσφατα συσχετίσει την παραπάνω εξέλιξη με το λουκέτο αρκετών εκ των αεροπορικών εταιρειών που δραστηριοποιούνταν στους δύο αυτούς προορισμούς.
Η Αθήνα, από την άλλη, αναμένεται να επιδείξει άνοδο, γεγονός το οποίο προβλέπεται να αξιοποιούν και οι ξένες αεροπορικές εταιρείες. Στα δρομολόγια προς Αθήνα καταγράφεται αύξηση 5% των διαθέσιμων θέσεων, ενώ στην υπόλοιπη χώρα σημειώνεται μείωση αεροπορικών θέσεων της τάξεως του 4-5%. Πρακτικά συνεπάγεται ότι στο σύνολο της χώρας η αύξηση αεροπορικών θέσεων φέτος είναι μικρότερη από 1% σε σύγκριση με την αντίστοιχη περίοδο του 2018. Το πρόγραμμα δρομολογίων της Aegean για το 2019 καλύπτει ένα δίκτυο 151 προορισμών, 120 εξωτερικού και 31 εσωτερικού σε 44 χώρες.