Με ποσό άνω των 40 εκατ. ευρώ ετησίως επιδοτούνται οι ακτοπλοϊκές εταιρείες από τα υπουργεία Εμπορικής Ναυτιλίας και Αιγαίου, προκειμένου να εκτελούν δρομολόγια στα μικρά νησιά του Αιγαίου. Τις μεγαλύτερες επιδοτήσεις, όπως προκύπτει από τα στοιχεία των δυο υπουργείων, λαμβάνουν πλοία τα οποία ανήκουν στις εταιρείες GA Ferries και ΣΑΟΣ. Δηλαδή πλοία όπως το «Δημητρούλα», το «Ρομίλντα», το «Ροδάνθη» ή το «Νόνα Μαίρη», τα οποία πρωταγωνιστούν στο σίριαλ των βλαβών που παρουσιάσθηκαν τις τελευταίες ημέρες και είχαν σαν αποτέλεσμα την ταλαιπωρία χιλιάδων επιβατών και την, άνευ λόγου, συνολική δυσφήμιση της ακτοπλοΐας.
Οι εταιρείες GA Ferries και ΣΑΟΣ για την περίοδο 2004 – 2005 εισέπραξαν σαν επιδοτήσεις 21.968.086 ευρώ, προκειμένου να εξυπηρετούν απρόσκοπτα την επικοινωνία των μικρών νησιών με την υπόλοιπη χώρα… Ωστόσο, οι δυο αυτές εταιρείες, από την πλευρά τους, φαίνεται ότι «τίμησαν» την υποχρέωσή τους προς την Πολιτεία με τη δρομολόγηση πλοίων μεγάλης ηλικίας με συχνά προβλήματα και κακή ποιότητα παροχής υπηρεσιών προς το επιβατικό κοινό.
Να σημειωθεί ότι η εταιρεία GA Ferries εισέπραξε 13.839.016 ευρώ, η ΣΑΟΣ εισέπραξε 8.129.052 ευρώ, η εταιρεία SEA LINK FERRIES εισέπραξε 7.051.920 ευρώ και η ΛΑΝΕ εισέπραξε 5.315.822 ευρώ, προκειμένου να εκτελούν όλο τον χρόνο δρομολόγια και προς τα νησιά της λεγόμενης «άγονης γραμμής».
Επιδοτήσεις, ωστόσο, έλαβαν και άλλες εταιρείες, οι οποίες είναι πολύ μικρότερες, καθώς η επιδότηση σχετίζεται με την υπηρεσία που προσφέρει η κάθε εταιρεία και τα δρομολόγια που εκτελεί. Ετσι από τα δύο υπουργεία, Εμπορικής Ναυτιλίας και Αιγαίου, για την περίοδο 2004 – 2005 επιδοτήσεις έλαβαν και οι διαχειρίστριες εταιρείες των πλοίων: «Εξπρές Σκοπελίτης» 832.200 ευρώ, «Νήσος Θήρα» 1.534.000 ευρώ, η εταιρεία ANEN 1.265.800 ευρώ, ενώ μικρότερα ποσά έλαβαν και άλλες εταιρείες που εκτελούν μέσα στα τακτικά δρομολόγιά τους και προσεγγίσεις προς κάποια νησιά της λεγόμενης «άγονης γραμμής».
Πάντως, μετά τα προβλήματα που παρουσιάσθηκαν, κυρίως σε πλοία που επιδοτούνταν, η ηγεσία του υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας αποφάσισε να αλλάξει τις διαδικασίες επιλογής των εταιρειών που θα εξυπηρετούν τις επιδοτούμενες γραμμές: Πρώτον, αυξάνεται ο χρόνος της σύμβασης εξυπηρέτησης από ένα έτος που ήταν μέχρι σήμερα έως και πέντε για να μπορεί η εταιρεία που θα επιλεγεί να χαράξει στρατηγική εκσυγχρονισμού της σε ένα σταθερό επιχειρηματικό περιβάλλον και δεύτερον, προστίθεται η έννοια των «ποιοτικών κριτηρίων», δηλαδή της ηλικίας των προσφερομένων πλοίων, του ιστορικού βλαβών τους, της φερεγγυότητας του πλοιοκτήτη κ.ά.