Το 1962 ο Χριστόδουλος ολοκληρώνει επιτυχώς τις σπουδές του στη Νομική και εγγράφεται στη Θεολογική Σχολή απ’ όπου θα αποφοιτήσει το 1967. Στο μεταξύ, μαζί με τους συνιδρυτές της Χρυσοπηγής αναπτύσσουν πλούσια δράση, διοργανώνοντας κατηχητικά και προσελκύοντας δεκάδες νέα παιδιά.
Το 1965 χειροτονείται πρεσβύτερος και τοποθετείται εφημέριος στο Ναό της Κοιμήσεως της Θεοτόκου στο Παλαιό Φάληρο. Λίγο μετά την «πραξικοπηματική» εκλογή Ιερωνύμου στον Αρχιεπισκοπικό Θρόνο, διορίζεται, κατόπιν εξετάσεων, γραμματεύς στην Ιερά Σύνοδο. Είναι η μεγάλη ευκαιρία του Χριστόδουλου να οικοδομήσει νέες σχέσεις, να γνωρίσει και να γνωριστεί στο διοικητικό μηχανισμό της Εκκλησίας. Ο Χριστόδουλος κερδίζει την εμπιστοσύνη πολλών μητροπολιτών, ενώ σταδιακά ισχυροποιεί την προσωπική του σχέση με τον Ιερώνυμο.
Πολλοί είναι οι εκκλησιαστικοί παρατηρητές που θα μιλήσουν για στενούς δεσμούς της Χρυσοπηγής με τον Αρχιεπίσκοπο της χούντας. Για τα μέλη της μοναστικής αδελφότητας, ο Ιερώνυμος ήταν ένας οραματιστής, ακέραιος και σπάνιος ιεράρχης. Αποψη που δεν έκρυψε ποτέ ο Χριστόδουλος, έστω και αν αργότερα, ως Αρχιεπίσκοπος, δήλωνε ότι δεν ανήκε ποτέ στο στενό περιβάλλον του Κοτσώνη. Αξίζει, ωστόσο, να σημειωθεί πως το 1973 η Αδελφότητα έλαβε ένα μεγάλο «δώρο». Με τη σύμφωνη γνώμη του Ιερωνύμου ιδρύθηκε με βασιλικό διάταγμα η Ιερά Μονή της «Παναγίας της Χρυσοπηγής» στο Καπανδρίτι. Το καθεστώς της είναι ιδιαίτερο, αφού είναι το πρώτο συνοδικό μοναστήρι στην Ελλαδική Εκκλησία. Την ίδια περίοδο, οι λαϊκές αντιδράσεις κατά της δικτατορίας διογκώνονται. Οι φοιτητές ξεσηκώνονται.
Το Πολυτεχνείο γίνεται το σύμβολο του αντιδικτατορικού αγώνα. Η χούντα συλλαμβάνει και βασανίζει εκατοντάδες πολίτες. Η διοίκηση της Εκκλησίας σιωπά ηχηρά.
Η άνοδος του Σεραφείμ στον θρόνο των Αθηνών, με τις «ευλογίες» του νέου ισχυρού ανδρός Δημήτρη Ιωαννίδη, βρίσκει τον Χριστόδουλο να υπηρετεί ως αρχιγραμματέας, μία από τις ισχυρότερες θέσεις της Συνόδου. Ο Σεραφείμ τον διατηρεί στη θέση του και τον στηρίζει να εκλεγεί μητροπολίτης.
Στις 14 Ιουλίου 1974, λίγες ημέρες πριν από τη μεταπολίτευση, η Ιεραρχία τον αναδεικνύει Μητροπολίτη Δημητριάδος και Αλμυρού. Πολλοί είναι αυτοί που θα μιλήσουν και πάλι για τον παρασκηνιακό ρόλο της Χρυσοπηγής και θα επικρίνουν την «τρόικα».