Η Σομαλία στερείται αποτελεσματικής κεντρικής κυβέρνησης από τότε που ανατράπηκε ο πρόεδρος Μπάρε το 1991. Οι πολυετείς συγκρούσεις μεταξύ αντίπαλων πολέμαρχων και η αδυναμία της χώρας να αντιμετωπίσει τη φτώχεια και τις αρρώστιες οδήγησαν στον θάνατο περίπου ένα εκατομμύριο άτομα. Αποτελούμενη από ένα πρώην βρετανικό προτεκτοράτο και μια ιταλική αποικία, η Σομαλία δημιουργήθηκε το 1960 όταν αυτά τα δύο εδάφη, η βρετανική και η ιταλική Σομαλιλάνδη, ενώθηκαν. Οι σχέσεις με τα γειτονικά κράτη έχουν πληγεί από τις εδαφικές διεκδικήσεις της επί εδαφών της Αιθιοπίας, της Κένυας και του Τζιμπουτί, που κατοικούνται από Σομαλούς. Το 1970 ο Σιάντ Μπάρε ανακήρυξε ένα σοσιαλιστικό κράτος, ανοίγοντας τον δρόμο για την ανάπτυξη στενών σχέσεων με την ΕΣΣΔ. Το 1977, με τη βοήθεια των σοβιετικών όπλων η Σομαλία επιχείρησε να καταλάβει την περιοχή Ογκαντέν της Αιθιοπίας, αλλά ηττήθηκε χάρη στη σοβιετική και κουβανική υποστήριξη προς τους Αιθίοπες, που είχαν στραφεί προς τον μαρξισμό.
Ο Μπάρε απέλασε τότε τους Σοβιετικούς συμβούλους του και κέρδισε υποστήριξη από τις ΗΠΑ. Το 1980 άρχισε να εμφανίζεται αντιπολίτευση κατά του καθεστώτος ενώ το 1988 υπεγράφη συμφωνία ειρήνης με την Αιθιοπία. Το 1991 ο Σιάντ Μπάρε ανατράπηκε από αντιπολιτευόμενες ομάδες, οι οποίες όμως δεν συμφώνησαν στο όνομα του αντικαταστάτη και βύθισαν τη χώρα στην ανομία και τη βία. Το 2000, οι πρεσβύτεροι αυτών των ομάδων (και συμμοριών) και άλλες κορυφαίες προσωπικότητες διόρισαν πρόεδρο στη διάσκεψη του Τζιμπουτί τον Αμπντουλχασίμ Σαλάτ Χασάν. Συγκροτήθηκε μεταβατική κυβέρνηση με αποστολή τη συμφιλίωση, αλλά ελάχιστα πέτυχε.
Ανοδος των ισλαμιστών
Το 2004 οι κυριότεροι πολέμαρχοι υπέγραψαν συμφωνία για τη σύσταση νέου κοινοβουλίου, που αργότερα διόρισε πρόεδρο. Ηταν η 14η προσπάθεια εγκαθίδρυσης μιας κυβέρνησης από το 1991, που ανέλαβε το δύσκολο έργο της εθνικής συμφιλίωσης σε μια χώρα διαιρεμένη σε φέουδα συμμοριών. Η εξουσία της υπονομεύτηκε περαιτέρω το 2006 με την άνοδο των ισλαμιστών, που πήραν τον έλεγχο μεγάλου μέρους του νότου, περιλαμβανομένης της πρωτεύουσας Μογκαντίσου, αφού οι μαχητές τους εκτόπισαν τους πολέμαρχους, που κυβερνούσαν την περιοχή επί 15 χρόνια. Με την υποστήριξη των στρατευμάτων της Αιθιοπίας, δυνάμεις πιστές στη μεταβατική κυβέρνηση πήραν τον έλεγχο από τους ισλαμιστές στα τέλη του 2006. Ωστόσο, ισλαμιστές αντάρτες -μεταξύ τους και η οργάνωση αλ Σαμπαάμπ, την οποία οι ΗΠΑ κατηγορούν ότι συνδέεται με την αλ Κάιντα- πέρασαν στην αντεπίθεση και ανέκτησαν τον έλεγχο του μεγαλύτερου τμήματος της νότιας Σομαλίας έως τα τέλη του 2008. Η Αιθιοπία απέσυρε τα στρατεύματά της τον Ιανουάριο του 2009. Λίγο μετά, μαχητές της αλ Σαμπαάμ πήραν τον έλεγχο της Μπαϊντόα, έως τότε σημαντικό οχυρό της μεταβατικής κυβέρνησης.
Απόσχιση
Το Κοινοβούλιο, που εδρεύει στο Τζιμπουτί για λόγους ασφαλείας, περιέλαβε στους κόλπους του 149 νέα μέλη του βασικού αντιπολιτευόμενου κινήματος, της Συμμαχίας για τη Νέα Απελευθέρωση της Σομαλίας.
Επίσης, παρέτεινε τη θητεία της μεταβατικής ομοσπονδιακής κυβέρνησης για άλλα δύο χρόνια και διόρισε πρόεδρο τον μετριοπαθή ισλαμιστή, σεΐχη Σαρίφ Σεΐχ Αχμέντ. Μετά την κατάρρευση του καθεστώτος του Σιάντ Μπάρε το ’91, το βορειοδυτικό τμήμα της Σομαλίας κήρυξε μονομερώς την ανεξαρτησία του, που δεν αναγνωρίζεται από τους διεθνείς οργανισμούς, αν και η περιοχή, η αποκαλούμενη Δημοκρατία της Σομαλιλάνδης, βίωσε σχετική σταθερότητα.