Το πρωί της 17ης Ιανουαρίου 2008, αστυνομικοί που παρίσταναν τους πελάτες σε καφετέρια – στέκι αντιεξιουσιαστών στα Εξάρχεια έγιναν αυτήκοοι μάρτυρες συζήτησης δύο νεαρών που σχολίαζαν δημοσίευμα εφημερίδας για καταδρομική επίθεση κουκουλοφόρων σε τράπεζες στο κέντρο της Αθήνας. Ο ένας από αυτούς, άγνωστος τότε στην Αντιτρομοκρατική, ήταν ο 19χρονος Παναγιώτης Μασούρας, ο οποίος τον Σεπτέμβριο του 2009 συνελήφθη για συμμετοχή στη «Συνωμοσία Πυρήνων της Φωτιάς». Από τη συζήτηση προέκυπτε ότι γνώριζε τους πρωταγωνιστές των βανδαλισμών που είχαν γίνει σε ένδειξη συμπαράστασης στον αναρχικό – ληστή Γιάννη Δημητράκη.
Στο διάστημα μέχρι τη σύλληψή του, ο Μασούρας επισκεπτόταν το σπίτι των αδελφών Χρήστου και Γεράσιμου Τσάκαλου στη Ν. Ερυθραία και διαμέρισμα στην οδό Κουντουριώτου στα Εξάρχεια, το οποίο είχαν νοικιάσει τα αδέλφια Γιώργος και Μιχάλης Νικολόπουλος, φοιτητές στο ΤΕΙ Αθήνας και στην ΑΣΟΕΕ αντίστοιχα. Σήμερα, και οι τέσσερις κατηγορούνται για συμμετοχή στη «Συνωμοσία». Τη νύχτα της 6ης Ιανουαρίου 2009 όταν τα μέλη του «Επαναστατικού Αγώνα» πραγματοποίησαν ένοπλη επίθεση σε διμοιρία των ΜΑΤ στην οδό Μπουμπουλίνας, η Αντιτρομοκρατική πραγματοποίησε έφοδο στο διαμέρισμα των Εξαρχείων. Εκεί βρέθηκαν κράνη, στειλιάρια, κάρτες sim, βόμβες μολότοφ, ενώ, όπως είχε τότε διαπιστωθεί, το διαμέρισμα επισκέπτονταν τακτικά περίπου 50 άτομα, που φέρεται να συμμετείχαν σε επιθέσεις της «Συνωμοσίας».
Οι αδελφοί Νικολόπουλοι ήταν απόφοιτοι Αρσακείου, συμμαθητές και φίλοι του 24χρονου Χάρη Χατζημιχελάκη που έμενε στο σπίτι της θείας του, στο ισόγειο μονοκατοικίας επί της οδού 25ης Μαρτίου, στο Χαλάνδρι. «Ηταν ένα φοιτητικό σπίτι στο οποίο έμπαιναν διάφορα άτομα», είχε υποστηρίξει μετά τη σύλληψή του ο Χατζημιχελάκης. Στη μονοκατοικία σύχναζε ακόμα ο 25χρονος Νταμιάνο Μπολάνο, που έμενε λίγα μέτρα μακριά, επίσης φυλακισμένος σήμερα για συμμετοχή στη «Συνωμοσία». Στις 23 Σεπτεμβρίου 2009, μετά τις επιθέσεις με βόμβες – «χύτρες» στα σπίτια του κ. Π. Χηνοφώτη, της κ. Λ. Κατσέλη και στο υπ. Μακεδονίας – Θράκης, η Αντιτρομοκρατική εισέβαλε στο σπίτι του Χαλανδρίου. Εντόπισε εκρηκτικό μηχανισμό και συνέλαβε τον Χάρη Χατζημιχελάκη και τον Παναγιώτη Μασούρα.
Αρκετούς μήνες αργότερα, την 1η Νοεμβρίου 2010 συνελήφθησαν επ’ αυτοφώρω ο 25χρονος τότε Γεράσιμος Τσάκαλος και ο στενός του φίλος Παναγιώτης Αργυρού, φοιτητής του τμήματος Πολιτικών Επιστημών του Παντείου. Είχαν μόλις αφήσει σε εταιρεία courier στο Παγκράτι δέμα παγιδευμένο με εκρηκτικά, που εξερράγη από σφάλμα στα χέρια υπαλλήλου της εταιρείας. Το πατρικό του Παναγιώτη Αργυρού ήταν στη Ν. Σμύρνη, απ’ όπου εξαφανίστηκε τον Σεπτέμβριο του 2009, μετά την έφοδο της ΕΛ.ΑΣ. στο σπίτι του Χαλανδρίου.
Ο Γεράσιμος Τσάκαλος, αντίστοιχα, ήταν στενός φίλος με τον 26χρονο τότε Κωνσταντίνο Σακκά, φοιτητή Θεολογίας του ΑΠΘ. Είχαν ταξιδέψει μαζί σε Αμστερνταμ και Ικαρία, ενώ τα πρώτα χρόνια μετά το σχολείο συγκατοικούσαν σε διαμέρισμα της οδού Σπύρου Τρικούπη, στα Εξάρχεια. Από την άρση απορρήτου στο κινητό του τηλέφωνο, προέκυψε ότι ο Σακκάς είχε δεσμό με την 28χρονη Στέλλα Αντωνίου και φιλική σχέση με τον επίσης 28χρονο φοιτητή στη Σητεία Δημήτρη Μιχαήλ. Ολοι τους συνελήφθησαν στις 4 Δεκεμβρίου για συμμετοχή στην οργάνωση.
Η επιχείρηση σύλληψης έγινε ταυτόχρονα σε τρία κρησφύγετα σε Ν. Σμύρνη, Πειραιά και Αγρίνιο, τα οποία εντοπίστηκαν από την παρακολούθηση του Σακκά. Στην ίδια επιχείρηση συνελήφθησαν οι Αλέξανδρος Μητρούσιας, 23 ετών, Γιώργος Καραγιαννίδης, 32 ετών (φυλακισμένοι σήμερα για συμμετοχή στην οργάνωση), και ο Χρήστος Πολίτης, 34 ετών, ο οποίος αφέθηκε αργότερα ελεύθερος με περιοριστικούς όρους. Ο Μητρούσιας έμενε στο Ψυχικό και εργαζόταν περιστασιακά ως μεταφραστής, ενώ ο Καραγιαννίδης έμενε στο Π. Φάληρο. Οι Μητρούσιας και Καραγιαννίδης ανήκαν στην παρέα του Χαλανδρίου και αποτυπώματά τους ταυτοποιήθηκαν στο σπίτι του Χατζημιχελάκη, στο Χαλάνδρι. Φίλος του Καραγιαννίδη και συμφοιτητής του Σακκά στη Θεολογική σχολή του ΑΠΘ ήταν ο 30χρονος Τάσος Θεοφίλου, που συνελήφθη για τη φονική ληστεία της Πάρου, τον Αύγουστο 2012.
Τρίωρη συνάντηση με τον «τοξοβόλο»
Αρχές Μαρτίου 2011, τρεις μήνες μετά τις συλλήψεις σε Ν. Σμύρνη, Πειραιά και Αγρίνιο, η Αντιτρομοκρατική πληροφορήθηκε ότι ο μεγάλος αδελφός του Γεράσιμου Τσάκαλου, Χρήστος, ο Γιώργος Νικολόπουλος και ο Νταμιάνο Μπολάνο, καταζητούμενοι τότε για συμμετοχή στη «Συνωμοσία», κρύβονταν σε άγνωστη τοποθεσία στον Βόλο. Σύμφωνα με την ίδια πληροφορία, τους «τρεις» επισκέπτονταν τακτικά ο 31χρονος φίλος τους Γιώργος Πολύδωρος και η σύντροφός του Ολγα Οικονομίδου, 32 ετών. Το μεσημέρι της 5ης Μαρτίου, οι αστυνομικοί εντόπισαν για πρώτη φορά το αυτοκίνητο του Πολύδωρου σε καφέ της οδού Πειραιώς, όπου είχε, παρουσία της συντρόφου του, τρίωρη συνάντηση με τον 24χρονο Γιάννη Μιχαηλίδη (ο «τοξοβόλος» του Συντάγματος), που συνελήφθη μετά τη ληστεία στο Βελβεντό Κοζάνης. Ο Μιχαηλίδης διαπιστώθηκε ότι έμενε σε σπίτι στην οδό Σαπφούς 182 στην Καλλιθέα, το οποίο είχε μισθώσει με πλαστή ταυτότητα ο 21χρονος συγκάτοικός του Δημήτρης Πολίτης, κατηγορούμενος και αυτός για τη ληστεία στην Κοζάνη.
Τη 14η Μαρτίου, Αντιτρομοκρατική και ΕΥΠ παρακολουθώντας τους Πολύδωρο και Οικονομίδου εντόπισαν την άγνωστη μέχρι τότε γιάφκα της οδού Ελλησπόντου, στη Ν. Ιωνία Βόλου. Στην επιχείρηση που πραγματοποιήθηκε ξημερώματα, στο κρησφύγετο συνελήφθησαν κυριολεκτικά στον ύπνο οι Τσάκαλος, Νικολόπουλος, Μπολάνο καθώς και οι Πολύδωρος, Οικονομίδου. Αντίθετα, στην ταυτόχρονη έρευνα της Αντιτρομοκρατικής στο διαμέρισμα της Σαπφούς στην Καλλιθέα, οι Μιχαηλίδης και Πολίτης δεν εντοπίστηκαν. Στο ίδιο σπίτι έμενε και ο 22χρονος Θεόφιλος Μαυρόπουλος, ο οποίος συνελήφθη δύο μήνες αργότερα σε ένοπλη συμπλοκή με αστυνομικούς στην Πεύκη, τον Μάιο του 2011.
Μετά τη διπλή ληστεία της περασμένης εβδομάδας και τη σύλληψη, πέραν των Μιχαηλίδη και Πολίτη, του Δημήτρη Μπουρζούκου, 23 ετών, και Νίκου Ρωμανού, 20 ετών, αποκαλύφθηκε ακόμα ότι: Αποτυπώματα του 23χρονου Μπουρζούκου ταυτοποιήθηκαν στο πρώτο κρησφύγετο της οργάνωσης στο Χαλάνδρι καθώς και στο σπίτι του Αλέξανδρου Μητρούσια, στο Ψυχικό. Ο 20χρονος Νίκος Ρωμανός, αντίστοιχα, αποδεικνύεται ότι επισκεπτόταν το σπίτι των Μιχαηλίδη – Πολίτη στην οδό Σαπφούς στην Καλλιθέα, ενώ αποτυπώματά του βρέθηκαν σε κινητά αντικείμενα στη γιάφκα του Βόλου…