Αν και κατασκευάστηκε βιαστικά το 478 π.Χ., αμέσως μετά την αποχώρηση των Περσών και υπό την απειλή της επίθεσης των Σπαρτιατών, το τμήμα του Θεμιστόκλειου Τείχους που διατρέχει τον Κεραμεικό περιλάμβανε δύο μνημειώδη πυλαία οικοδομήματα, από όπου διέρχονταν οι μεγάλοι δρόμοι της αρχαίας πόλης: το περίφημο Δίπυλον, σημείο αφετηρίας της πομπής των Παναθηναίων, και την Ιερά Πύλη, από όπου εγκατέλειπε την αστική περιοχή ο ποταμός Ηριδανός και ξεκινούσε η Ιερά Οδός με κατάληξη την Ελευσίνα. Σήμερα, η προέκταση της Ιεράς Οδού σώζεται εντός του αρχαιολογικού χώρου του Κεραμεικού, είναι όμως «αόρατη» για τους επισκέπτες, καθώς το συγκεκριμένο, μικρό τμήμα του χώρου στην πλευρά της οδού Ερμού δεν έχει ακόμα ανασκαφεί.
Μέσα στο 2014, το Γερμανικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο σχεδιάζει να αποκαλύψει το κρυμμένο κομμάτι του αρχαίου δρόμου, το οποίο εν συνεχεία θα ενοποιηθεί με τον επισκέψιμο χώρο. Προχθές, το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο έδωσε την έγκρισή του για τη συνέχιση της ανασκαφικής έρευνας που διενεργεί στο σημαντικότερο νεκροταφείο της αρχαίας Αθήνας το Γερμανικό Ινστιτούτο σε συνεργασία με τις αρμόδιες Εφορείες Αρχαιοτήτων. Η πρόταση του ινστιτούτου προβλέπει, επίσης, την ανέγερση ενός τοίχου αντιστήριξης κάτω από τις οδούς Ερμού και Μελιδώνη και τη διερεύνηση της στρωματογραφίας του πρανούς στα επόμενα δύο χρόνια.
Στο μεταξύ, σε εξέλιξη βρίσκονται οι εργασίες για τη συντήρηση και αποκατάσταση του μαρμάρινου ταφικού ναΐσκου του Αγάθωνα εξ Ηρακλειάς, στο δυτικό τμήμα του αρχαιολογικού χώρου, ο οποίος αντιμετωπίζει προβλήματα εξαιτίας της φθοράς του χρόνου, των επιπτώσεων της ρύπανσης και των αλλοιώσεων από παλαιότερες επεμβάσεις.