Πιο δύσκολη γίνεται η απαλλαγή από το μάθημα των Θρησκευτικών για τους αλλόθρησκους ή ετερόδοξους ή άθρησκους μαθητές των Δημοτικών, Γυμνασίων και Λυκείων. Οι λόγοι που προβάλλει ο μαθητής και οι γονείς του για το αίτημα απαλλαγής πρέπει να είναι σαφείς και η επιλογή αυτή θα τον συνοδεύει στον εκπαιδευτικό του βίο. Αυτά ορίζει η εγκύκλιος -τελευταία της θητείας του- του πρώην υπουργού Παιδείας Ανδρέα Λοβέρδου.
Για το θέμα υπήρξε και σχετική απόφαση του Διοικητικού Εφετείου Χανίων από το 2012. Ειδικότερα, σύμφωνα με την εγκύκλιο, η απαλλαγή από τα Θρησκευτικά χορηγείται ύστερα από υπεύθυνη δήλωση του μαθητή (αν είναι ενήλικος) ή και των δύο γονέων του (αν είναι ανήλικος), στην οποία θα αναφέρεται ότι ο μαθητής δεν είναι χριστιανός ορθόδοξος και εξ αυτού επικαλείται λόγους θρησκευτικής συνείδησης, χωρίς να είναι υποχρεωτική η αναφορά του θρησκεύματος στο οποίο ανήκει. Οπως επισημαίνει η εγκύκλιος, «επειδή έχουν παρατηρηθεί φαινόμενα κατάχρησης του δικαιώματος απαλλαγής από τα Θρησκευτικά για λόγους που δεν συνδέονται με την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης, εφιστάται η προσοχή στους διευθυντές των σχολείων να ελέγχουν την τεκμηρίωση των προβαλλόμενων λόγων, επισημαίνοντας σε κάθε ενδιαφερόμενο τη σοβαρότητα των σχετικών δηλώσεων».
Η εγκύκλιος συνάδει με την απόφαση 115/2012 του Διοικητικού Εφετείου Χανίων, που αναφέρει ότι «η αιτιολόγηση της άρνησης του μαθητή να παρακολουθήσει τα Θρησκευτικά δεν συνιστά παραβίαση του άρθρου 13 του Συντάγματος, που κατοχυρώνει το ατομικό δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας. Η γνωστοποίηση του θρησκεύματος του ατόμου γίνεται με πρωτοβουλία του και για την άσκηση συγκεκριμένων δικαιωμάτων, που αναγνωρίζει η έννομη τάξη για την προστασία της θρησκευτικής ελευθερίας».