Η ανάμειξη των Σαϊεντολόγων στην προσωπική ζωή του Tom Cruise έγινε γνωστή μέσα από πληθώρα δημοσιευμάτων που αναφέρονταν στο διαζύγιό του τόσο με την Nicole Kidman, την πρώτη σύζυγό του, όσο και με την Katie Holmes. Ένα νέο ντοκιμαντέρ με τίτλο «Going Clear: Scientology And The Prison of Belief» που προβλήθηκε στο Sundance Film Festival ερεύνησε βαθύτερα την εκκλησία της Σαϊεντολογίας αλλά και τον ρόλο που έπαιξε στη ζωή του διάσημου ζευγαριού. Πριν λίγες μέρες ο σκηνοθέτης του ντοκιμαντέρ, Alex Gibney, ο συγγραφέας Lawrence Wright, αλλά και οι πρώην Σαϊεντολόγοι Mike Rinder και Paul Haggis μίλησαν για το ντοκιμαντέρ και τις αποκαλύψεις του σε μια συζήτηση που διοργανώθηκε από τους New York Times.
Υπήρξε η Σαϊεντολογία το ‘τρίτο πρόσωπο’ στις προσωπικές σχέσεις των διάσημων μελών τους, όπως ο Tom Cruise και ο John Travolta; Σύμφωνα με τους συντελεστές του ντοκιμαντέρ, η εκκλησία είχε εύρωστες πρακτικές σχετικά με τις σχέσεις των διασήμων μελών της. Όπως αποκάλυψε ο Gibney στο TimesTalk, ο David Miscavige, αρχηγός της εκκλησίας των Σαϊεντολόγων φοβόταν πως η Nicole Kidman απομάκρυνε τον Cruise μακριά από την εκκλησία και αποφάσισε να κάνει ό,τι ήταν δυνατόν για να τον επαναφέρει: «Όπως δηλώνει o Σαϊεντολόγος Marty Rathbun στο ντοκιμαντέρ του ζήτησαν να παρακολουθεί το τηλέφωνο της Kidman».
Η ηθοποιός δεν ήταν κατάλληλη σύζυγος για τον Cruise, σύμφωνα με την εκκλησία, αφού ο πατέρας της ήταν ψυχολόγος και η Σαϊεντολογία με την ψυχολογία είναι δύο συγκρουόμενες ιδεολογίες. Κι ενώ δεν είναι γνωστό κατά πόσο η Kidman ήταν αντίθετη με την ανάμειξη του τότε συζύγου της με την εκκλησία, μετά το διαζύγιό της ο ηθοποιός άρχισε να ασχολείται περισσότερο με τα ζητήματα της Σαϊεντολογίας. Μάλιστα, δεν δίστασε να ‘εκθέσει’ και τα παιδιά που υιοθέτησε με την Nicole στην ιδεολογία, με δημοσιεύματα να μιλούν για ‘πλύση εγκεφάλου’ και προσπάθεια να τα απομακρύνουν από την μητέρα τους.
Σύμφωνα με τον Gibney η εκκλησία της Σαϊεντολογίας κατάφερε «να στρέψει τα παιδιά εναντίον της μητέρα τους τόσο πολύ που αναφέρονταν σε εκείνη ως ένα άτομο κατασταλτικό. Τους έλεγαν ότι ο τρόπος που πρέπει να φέρονται σε τέτοιους ανθρώπους είναι να μην τους επιτρέπουν να τους επηρεάζουν, να είναι ευγενικοί, να χαμογελούν, αλλά να αναγνωρίζουν πάντα ότι είναι επικίνδυνοι». Η ίδια η Kidman έχει προτιμήσει να μην μιλήσει δημόσια για την εκκλησία, λέγοντας σε μια παλιότερη συνέντευξή της ότι «τα παιδιά μου Connor και Isabella είναι Σαϊεντολόγοι και σέβομαι την πίστη τους».
Ο αυστραλός ακτιβιστής και πρώην μέλος των Σαϊεντολόγων, Mike Rinder, εξήγησε ότι η προσέγγιση της εκκλησίας είναι διαφορετική στα μέλη της: «τα πράγματα δεν παρουσιάστηκαν έτσι στον Tom Cruise. Θα έλεγαν «Tom δεν είναι η κατάλληλη για σένα, καλύτερα να οργανώσεις τη ζωή σου κι εμείς θα σε βοηθήσουμε. Αυτός ο δικτατορικός έλεγχος και οι προσπάθειες να ελέγξουν τις ζωές των ανθρώπων είναι η ροή και η παρακμή της εκκλησίας της Σαϊεντολογίας, ιδιαίτερα υπό την προεδρεία του David Miscavige». Όπως είχε δηλώσει και στην πρεμιέρα του ντοκιμαντέρ στο Sundance,«εάν το FBI έσπαγε τις πόρτες και τους έλεγε ‘είστε ελεύθεροι να φύγετε’, οι ίδιοι οι Σαϊεντολόγοι θα απαντούσαν ότι είναι πολύ ευτυχισμένοι εκεί. Δεν υπάρχουν τοίχοι που τους φυλακίζουν. Δεν υπάρχουν φρουροί. Δεν υπάρχουν κάγκελα στα παράθυρα. Είναι μια φυλακή της πίστης. Αν δεν μπορέσεις να γκρεμίσεις την πίστη σου, δεν έχει σημασία ό,τι άλλο κι αν κάνεις». Η εκκλησία της Σαϊεντολογίας απάντησε στις σχετικές δηλώσεις μετά την πρεμιέρα του ντοκιμαντέρ, δηλώνοντας ότι οι κατηγορίες εναντίων της είναι απόλυτα ψευδείς, ενώ και ο Tom Cruise μέσω του δικηγόρου του αρνήθηκε οποιαδήποτε παρακολούθηση των τηλεφωνικών συνομιλιών της πρώην συζύγου της είτε από τον ίδιο είτε από μέλη της Σαϊεντολογίας.