Σοβαρές επικρίσεις για τον τρόπο διεξαγωγής του δημοψηφίσματος εκφράζουν επιφανείς συνταγματολόγοι, όπως ο καθηγητής κ. Νίκος Αλιβιζάτος (άρθρο παραπλεύρως) και ο πρώην υπουργός Δικαιοσύνης Αντώνης Μανιτάκης, ο οποίος σημειώνει ότι θίγεται η γνησιότητα της εκδήλωσης του λαϊκού φρονήματος με την πολιτική υπόδειξη του «Οχι» προς τους ψηφοφόρους. «Ετσι νοθεύει την αμερόληπτη πολιτικά στάση της που οφείλει ως κυβέρνηση να έχει, γιατί αυτή διεξάγει το δημοψήφισμα και επομένως η κυβέρνηση εκπροσωπεί τον λαό στο σύνολό του». Μάλιστα στο ψηφοδέλτιο, παρά τη διεθνή πρακτική, το «Οχι» αναγράφεται πριν από το «Ναι», μεθόδευση που επικρίνει έντονα και η Ν.Δ.
Επιπλέον, τίθεται ένα εξαιρετικά περίπλοκο ερώτημα. Οι πολίτες θα κληθούν να αποφασίσουν «Ναι» (εγκρίνεται) ή «Οχι» (δεν εγκρίνεται) για «το Σχέδιο Συμφωνίας το οποίο κατέθεσαν η Ευρωπαϊκή Επιτροπή, η Ευρωπαϊκή Κεντρική Τράπεζα και το Διεθνές Νομισματικό Ταμείο στο Eurogroup της 25.06.2015», δηλαδή την προηγούμενη Πέμπτη, σχέδιο το οποίο στη συνέχεια άλλαξε. Σε κάθε περίπτωση, για μεγάλο τμήμα του εκλογικού σώματος πρόκειται για άκρως δυσνόητο δίλημμα, την ίδια στιγμή που η νομοθεσία ορίζει ότι τα ερωτήματα που τίθενται στα δημοψηφίσματα πρέπει να είναι απλά και κατανοητά. Θα υπάρχει ένα και μοναδικό έντυπο, όπου μπορείς να σημειώσεις «Ναι» ή «Οχι» με σταυρό ή άλλο σημείο σε ειδικά σχεδιασμένο χώρο. Το υπουργείο Εσωτερικών απαντάει ότι το άρθρο 13 του νόμου 4032/2011 (που καθορίζει τον τρόπο διενέργειας του δημοψηφίσματος) ορίζει ότι «το ψηφοδέλτιο είναι ένα». Ωστόσο, στο συγκεκριμένο άρθρο αναφέρεται ότι «το εκλογικό σώμα εκφράζει την προτίμησή του σε έντυπο ψηφοδέλτιο με τη χρήση των όρων ΝΑΙ και ΟΧΙ ή με οποιονδήποτε άλλο τρόπο καθορίζει η Ολομέλεια της Βουλής στην απόφασή της για τη διενέργεια δημοψηφίσματος».
Τέλος, το στενότατο χρονικό πλαίσιο εντός του οποίου πραγματοποιείται η προετοιμασία για τη διεξαγωγή του δημοψηφίσματος προκαλεί σοβαρά ερωτήματα όσον αφορά στην τήρηση όλων των νομίμων διαδικασιών που προβλέπονται. Το κόστος της διεξαγωγής του δημοψηφίσματος δεν έχει ακόμη προσδιοριστεί, ωστόσο στελέχη του υπ. Εσωτερικών αναφέρουν ότι μπορεί να «περιοριστεί» στα 40 εκατ. ευρώ.
Με βάση τον νόμο 4023/2011, το αποτέλεσμα δημοψηφίσματος για κρίσιμο εθνικό θέμα είναι δεσμευτικό, όταν στην ψηφοφορία λάβει μέρος τουλάχιστον το 40% όσων έχουν εγγραφεί στους εκλογικούς καταλόγους. Κατά συνέπεια, την Κυριακή θα πρέπει να προσέλθουν στις κάλπες τουλάχιστον 3.942.012 ψηφοφόροι (σύνολο εγγεγραμμένων, 9.855.029). Στο δημοψήφισμα θα ψηφίσουν για πρώτη φορά και 108.371 18άρηδες. Οι ετεροδημότες που έχουν υποβάλει αίτηση έως την 30.4.2015 θα ψηφίσουν στον τόπο διαμονής τους και όχι σε ειδικά εκλογικά τμήματα. Το δημοψήφισμα θα πραγματοποιηθεί στα ίδια εκλογικά τμήματα, με τις ίδιες εφορευτικές επιτροπές και τους ίδιους δικαστικούς αντιπροσώπους και εφόρους, όπως αυτοί είχαν ορισθεί για τις εθνικές εκλογές στις 25.1.2015.