Σημαντικές είναι οι αλλαγές που προβλέπει η συμφωνία της κυβέρνησης με τους θεσμούς στη δημόσια διοίκηση και στις εργασιακές συνθήκες των δημοσίων υπαλλήλων. «Αναδιοργάνωση των διοικητικών δομών, εξορθολογισμός των διοικητικών διαδικασιών, βελτιστοποίηση των ανθρώπινων πόρων, ενίσχυση της διαφάνειας και της λογοδοσίας, ηλεκτρονική δημόσια διοίκηση και επικοινωνιακή στρατηγική», είναι οι στόχοι που τίθενται από τη συμφωνία για μια νέα φυσιογνωμία του ελληνικού Δημοσίου.
Ως προαπαιτούμενο τίθεται από τη συμφωνία η ανάγκη ευθυγράμμισης (μείωση) των μη μισθολογικών παροχών, όπως οι ημερήσιες αποζημιώσεις και τα έξοδα ταξιδιού, με τις βέλτιστες ευρωπαϊκές πρακτικές από την 1/1/ 2016.
Για την ίδια ημερομηνία προσδιορίζεται και η έναρξη εφαρμογής του νέου ενιαίου μισθολογίου για το Δημόσιο, το οποίο πρέπει να είναι έτοιμο μέχρι τον Οκτώβριο του 2015. Οπως τονίζεται στη συμφωνία πρέπει να καθοριστούν «ανώτατα όρια στις μισθολογικές δαπάνες και στο επίπεδο απασχόλησης στο Δημόσιο, που να συνάδουν με την επίτευξη των δημοσιονομικών στόχων και με την εξασφάλιση φθίνουσας πορείας για τις δημόσιες δαπάνες σε σχέση με το ΑΕΠ (2016-19)». Προφανώς μέσα σε αυτό το πλαίσιο θα γίνουν οι αλλαγές στο μισθολόγιο, οι οποίες προσδιορίζονται ως «δημοσιονομικά ουδέτερες». Στόχος του νέου μισθολογίου είναι να ενισχυθούν «δεξιότητες, επιδόσεις και αρμοδιότητες», στην ουσία δηλαδή καταγράφεται μια επιδίωξη σύνδεσης των μισθών με την αξιολόγηση. Σε συνδυασμό με αυτό θα υπάρξει μέχρι το 2018 νέα δομή της διοίκησης, με «περιγραφές καθηκόντων, η οποία θα αντανακλάται και στο μισθολόγιο». Επίσης, προβλέπεται «εξορθολογισμός των ειδικών μισθολογίων», ο οποίος θα τεθεί σε ισχύ από το 2017. Μια σειρά επιδόματα που υπάρχουν σήμερα, και αναφέρονται ως «προσωπική διαφορά», θα περάσουν στον μισθό και θα υποστούν περικοπές.
Αλλαγές έρχονται και στο σύστημα επιλογής διευθυντών, προϊσταμένων και γενικά στελεχών με δέσμευση για επιλογές με βάση «την αξία και τις ικανότητές τους», «με αποσύνδεση της τεχνικής εφαρμογής από τις πολιτικές αποφάσεις», υπερίσχυση της «θεσμικής μνήμης» και της αποτελεσματικότητας με σκοπό την «απολιτικοποίηση» των επιλογών. Με βάση αυτά τα κριτήρια θα δημιουργηθεί μέχρι τον Οκτώβριο του 2015 νέο σύστημα επιλογής στελεχών, καθώς και «νέο πλαίσιο αξιολόγησης όλου του προσωπικού με σκοπό την καλλιέργεια ενός πνεύματος επίτευξης αποτελεσματικότητας».
Επίσης, η συμφωνία περιλαμβάνει και τη δημιουργία νέου προγράμματος κινητικότητας δημοσίων υπαλλήλων.