«Ο διοικητής της ΕΥΠ, Γ. Ρουμπάτης, έχει την απόλυτη στήριξη του πρωθυπουργού», ήταν το λακωνικό σχόλιο συνεργατών του κ. Αλ. Τσίπρα έναντι του αιτήματος που δημόσια διατύπωσε ο κυβερνητικός εταίρος, Π. Καμμένος, ο οποίος δήλωσε ότι ο διοικητής της ΕΥΠ θα έπρεπε να παραιτηθεί στον απόηχο των αποκαλύψεων του πρώην υπουργού Προστασίας του Πολίτη, Γ. Πανούση. Κυβερνητικά στελέχη ανέφεραν ότι το θέμα, που έρχεται να προστεθεί ως ακόμη ένα κρούσμα «δυσαρμονίας» στην κυβερνητική συνεργασία ΣΥΡΙΖΑ-ΑΝΕΛ, χειρίζεται αποκλειστικά ο κ. Τσίπρας, ενώ έκαναν λόγο για «εξαιρετικά λεπτό ζήτημα». Ο κ. Καμμένος, σε αντίθεση με τη στάση που έχει τηρήσει έως τώρα, επέλεξε να δημοσιοποιήσει τη διαφωνία του για ένα θέμα που είναι αρμοδιότητα άλλου υπουργείου, παρεμβαίνοντας, μάλιστα, σε σχέση με προσωπική επιλογή του κ. Τσίπρα και όχι σε τυχαία θέση, αλλά σε αυτήν του επικεφαλής της υπηρεσίας πληροφοριών.
Το ζήτημα, σύμφωνα με όσα αναφέρουν πρόσωπα με γνώση της υπόθεσης, έχει μεγαλύτερο βάθος και οι αποκαλύψεις Πανούση είναι η αφορμή. Οπως όλα δείχνουν, ο κ. Καμμένος ουσιαστικά ενδιαφέρεται και προωθεί την ιδέα της αναβάθμισης των υπηρεσιών των Ενόπλων Δυνάμεων όσον αφορά τη διαχείριση ευαίσθητων εθνικών πληροφοριών, γεγονός που δημιουργεί σύγκρουση κορυφής, καθώς η κυβερνητική ηγεσία δεν φαίνεται να συναινεί σε έναν τέτοιο σχεδιασμό. Μάλιστα, ο κ. Καμμένος προανήγγειλε σχέδιο νόμου για τη δημιουργία Υπηρεσίας Στρατιωτικών Πληροφοριών, τονίζοντας την ανάγκη ενός δικτύου πληροφοριών που να ανταποκρίνεται στην «απόλυτη ασύμμετρη απειλή», όπως χαρακτήρισε το «Ισλαμικό Κράτος». Αναφορικά με την κριτική που άσκησε ο κ. Καμμένος στην ΕΥΠ για το έγγραφο που απέστειλε η υπηρεσία στο ΝΑΤΟ, στο οποίο αναφερόταν ότι δεν υπάρχουν στοιχεία για διέλευση τζιχαντιστών από την Ελλάδα, οι ίδιες πηγές ανέφεραν ότι δεν επρόκειτο για πρωτοβουλία της ΕΥΠ, αλλά για κεντρικά συμφωνημένη κυβερνητική θέση, καθώς εκτιμήθηκε ότι σε διαφορετική περίπτωση θα ενισχύονταν οι φωνές που ζητούν κοινή εποπτεία με την Τουρκία στα θαλάσσια σύνορα. Οσον αφορά την αναφορά του υπουργού Εθν. Αμυνας σε σύλληψη δύο τζιχαντιστών στην Κω από το Λιμενικό Σώμα, οι ίδιες πηγές αναφέρουν ότι δεν επρόκειτο για άτομα που συνδέονται με το «Ισλαμικό Κράτος», αλλά για αντικαθεστωτικούς μαχητές προερχόμενους από τη Συρία.