Στα ύψη εκτοξεύουν το κόστος των απαλλοτριώσεων οι δικαστικές αποφάσεις. Σε πολλές περιπτώσεις, τα δικαστήρια επιδικάζουν ακόμα και το πενταπλάσιο των αρχικών εκτιμήσεων του Δημοσίου, δημιουργώντας σοβαρό πρόβλημα στη χρηματοδότηση των έργων. Χαρακτηριστική είναι πρόσφατη περίπτωση στον Μαλιακό Κόλπο, όπου το κόστος της απαλλοτρίωσης αυξήθηκε με δικαστική απόφαση κατά 160%.
Η υπόθεση αφορά την κατασκευή της παράκαμψης Αγίου Κωνσταντίνου και Καμένων Βούρλων: οι απαλλοτριώσεις κηρύχθηκαν το 2003-4 και κατόπιν κατατέθηκαν οι προσωρινές αποζημιώσεις (περίπου 50 εκατ. ευρώ). Το 2008 το Εφετείο Λαμίας ήρθε να επιδικάσει 80 εκατ. ευρώ περισσότερο, υπερδιπλασιάζοντας το συνολικό κόστος. Το Δημόσιο υπέβαλε αίτηση αναίρεσης την οποία κέρδισε πρωτοδίκως το 2014, επικαλούμενο την αδυναμία του να πληρώσει. Οι ενδιαφερόμενοι έχουν προσφύγει ενάντια στην απόφαση και η υπόθεση θα δικαστεί εκ νέου τον Ιανουάριο.
Μια άλλη σχετικά πρόσφατη περίπτωση αφορούσε την απαλλοτρίωση περίπου 9 χλμ. (44,4 έως 55,9 χλμ.) της εθνικής οδού Πάτρας – Πύργου – Τσακώνας: το Σώμα Ορκωτών Εκτιμητών είχε υπολογίσει την αξία της γης σε 2,3 εκατ. ευρώ και το Πρωτοδικείο Αμαλιάδας τελικά επιδίκασε 13 εκατ. ευρώ, δηλαδή περισσότερο από το πενταπλάσιο της αρχικής εκτίμησης. Σύμφωνα με στοιχεία του υπουργείου Υποδομών, συνολικά στην εθνική οδό Κορίνθου – Πάτρας – Πύργου το Δημόσιο είχε εκτιμήσει ότι θα χρειαστούν 48 εκατ. ευρώ και το κόστος τελικά ξεπέρασε τα 90 εκατ. ευρώ.
Σοβαρές αποκλίσεις ανάμεσα στην εκτίμηση των πιστοποιημένων ανεξάρτητων εκτιμητών και στα ποσά που επιδικάζουν τα δικαστήρια έχουν τα τελευταία χρόνια παρατηρηθεί:
• Στον αυτοκινητόδρομο Κορίνθου – Πάτρας, από το 70ό έως το 119ο χλμ.
• Στην Ιόνια Οδό, στο τμήμα Κουβαράς – Κομποτίου.
• Στον Ε65, στο τμήμα Ανθήλης – Αμουρίου.
Ενα άλλο παράδοξο παρατηρείται στον χρόνο ολοκλήρωσης της διαδικασίας. Εκτός από τις διαδοχικές αναβολές στην εκδίκαση των τιμών μονάδας από τα δικαστήρια, οι οποίες εκτροχιάζουν τα χρονοδιαγράμματα των έργων (και στη συνέχεια «πληρώνονται «χρυσές» από το Δημόσιο σε αποζημιώσεις προς τους κατασκευαστές, όπως έγινε σε όλους τους παραχωρημένους οδικούς άξονες), η νομοθεσία δίνει τη δυνατότητα στους θιγόμενους να διεκδικήσουν επιπλέον αποζημιώσεις πολλά χρόνια μετά τη συντέλεση της απαλλοτρίωσης. Χαρακτηριστικό είναι ότι πρόσφατα το Δημόσιο κλήθηκε να πληρώσει ποσό σε πολίτη για την υποθαλάσσια σήραγγα Ακτίου-Πρέβεζας, έργο που ξεκίνησε να κατασκευάζεται το 1990 και ολοκληρώθηκε το 2002. Συνήθως πρόκειται για περιπτώσεις πολιτών που έχουν προσφύγει στα διοικητικά ή πολιτικά δικαστήρια ζητώντας αποζημίωση για «αποκατάσταση ζημιών» (λ.χ. υποβάθμιση της αξίας ενός οικοπέδου μετά την απαλλοτρίωση ενός μέρους του). Σύμφωνα με τις υπηρεσίες του υπουργείου Υποδομών, από τη σύνταξη των κτηματολογικών στοιχείων (ώστε να βρεθεί ο ιδιοκτήτης) έως την οριστική εκκαθάριση και απόδοση παντός είδους αποζημιώσεων μπορεί να μεσολαβήσει μία δεκαετία.