«Δεν πρόκειται να αλλάξει το status quo στις μητροπόλεις των λεγόμενων Νέων Χωρών». Η δήλωση αυτή του Οικουμενικού Πατριάρχη κ.κ. Βαρθολομαίου για ένα θέμα που προκάλεσε πόλεμο το 2004 μεταξύ Αθήνας και Φαναρίου καταδεικνύει την αλλαγή κλίματος αλλά και, σύμφωνα με παρατηρητές, την προσπάθεια του Οικουμενικού Πατριάρχη να ενισχύσει το ελληνόφωνο «μέτωπο» μεταξύ των 14 Πατριαρχείων και Αυτοκέφαλων Εκκλησιών της Ορθοδοξίας, την ίδια στιγμή που το Πατριαρχείο Μόσχας επιμένει να αμφισβητεί τα πρωτεία του Οικουμενικού Πατριαρχείου, μαζί με την ομάδα των σλαβόφωνων Εκκλησιών.
Ειδικότερα, χθες κατά τη συνεδρίαση της Πανορθοδόξου Συνόδου στην Κρήτη, ο κ.κ. Βαρθολομαίος διαβεβαίωσε ότι «το Οικουμενικό Πατριαρχείο ουδεμία πρόθεση έχει να χορηγήσει αυτονομία στις μητροπόλεις των λεγομένων Νέων Χωρών και ότι αυτές υπάγονται πάντοτε κανονικώς και πνευματικώς υπό το Οικουμενικό Πατριαρχείο, η δε διοίκηση αυτών έχει εκχωρηθεί επιτροπικώς στην Αυτοκέφαλη Εκκλησία της Ελλάδος», όπως τονίζεται σε ανακοίνωση που εξέδωσε το Φανάρι. Ταυτόχρονα, ο Οικουμενικός Πατριάρχης δήλωσε ότι η Εκκλησία της Κρήτης και οι μητροπόλεις της Δωδεκανήσου, που ανήκουν στο Οικουμενικό Πατριαρχείο, δεν είναι λιγότερο Ελλάδα από την υπόλοιπη Ελλάδα.
Η δήλωση Βαρθολομαίου αντιμετωπίσθηκε με ιδιαίτερη θετικότητα. Ενδεικτικά, ο διευθυντής του γραφείου Τύπου της Εκκλησίας της Ελλάδος Χάρης Κονιδάρης δήλωσε (ΑΠΕ-ΜΠΕ) ότι «ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών Ιερώνυμος και τα μέλη της επίσημης αντιπροσωπείας της Εκκλησίας της Ελλάδος είναι απόλυτα ικανοποιημένοι. Ο Οικουμενικός Πατριάρχης διέλυσε τα όποια σύννεφα υπήρχαν στις σχέσεις των δύο Εκκλησιών για ζήτημα ουσιαστικά ανύπαρκτο, το οποίο ανεκινείτο χωρίς λόγο στο παρελθόν επί ζημία της Ορθόδοξης Εκκλησίας μας, και τις όποιες παρεξηγήσεις είχαν δημιουργηθεί. Το ζήτημα, χάρη στη γενναία παρέμβασή του, είναι πλέον ξεκάθαρο τοις πάσι. Οι μητροπόλεις των Νέων Χωρών, δηλαδή της Ηπείρου, της Μακεδονίας, της Θράκης και του Β. Αιγαίου, υπάγονται στην πνευματική δικαιοδοσία του Οικουμενικού Θρόνου και ως εκ τούτου οι μητροπολίτες τους μνημονεύουν τον Οικουμενικό Πατριάρχη, αλλά διοικούνται με βάση την Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη του 1928, η οποία είναι και συνταγματικά κατοχυρωμένη, από την Εκκλησία της Ελλάδος, στην οποία και είχαν επιτροπικώς παραχωρηθεί για λόγους που σχετίζονταν με την αποτελεσματικότερη διαποίμανσή τους. Αυτό που ο Οικουμενικός Πατριάρχης με σαφήνεια διευκρίνισε είναι ότι ούτε ο ίδιος ούτε το Πατριαρχείο, ούτε τώρα ούτε στο μέλλον, πρόκειται να θέσουν ζήτημα επιστροφής των μητροπόλεων των Νέων Χωρών και αλλαγής του εκκλησιαστικού καθεστώτος που τις διέπει».
Το ζήτημα των μητροπόλεων των Νέων Χωρών έχει κατά το παρελθόν προκαλέσει οξύτατες αντιπαραθέσεις μεταξύ Αθήνας και Φαναρίου, με τη μεγαλύτερη κρίση την άνοιξη του 2004 λόγω της εκλογής νέων μητροπολιτών Θεσσαλονίκης, Σερβίων-Κοζάνης και Ελευθερουπόλεως. Ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος δεν απέστειλε στο Πατριαρχείο τον κατάλογο των εκλογίμων, με αποτέλεσμα το Οικουμενικό Πατριαρχείο να επιβάλει την ποινή της ακοινωνησίας, της διακοπής δηλαδή κάθε επικοινωνίας ανάμεσα στις δύο πλευρές. Τελικά, μετά αμοιβαίες υποχωρήσεις, οι νεοεκλεγέντες μητροπολίτες αναγνωρίστηκαν.