Ποινική δίωξη για τα αδικήματα της κακουργηματικής υπεξαίρεσης, καθώς και για το αδίκημα της ηθικής αυτουργίας σ’ αυτήν, ασκήθηκε από την Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθήνας σε βάρος του λογιστή της μεγάλης Στοάς της Ελλάδος και των συνεργατών του, μετά από έρευνα τόσο της Οικονομικής Αστυνομίας, όσο και των εισαγγελικών αρχών.
Συγκεκριμένα, η διερεύνηση της υπόθεσης ξεκίνησε από μέλος της Τεκτονικής Στοάς που έκανε λόγο για παρατυπίες στη διαχείριση των συνδρομών των μελών. Η Οικονομική Αστυνομία που διενήργησε τον έλεγχο διαπίστωσε διαρροές δύο εκατομμυρίων ευρώ κατά τη διάρκεια των ετών 2006-2015.
Σύμφωνα με πληροφορίες από την έρευνα προέκυψε ακόμα ότι η Στοά δεν κατέβαλε ΦΠΑ και ότι δεν είχε εκδώσει ούτε καν ΑΦΜ.
Σύμφωνα με τις ίδιες πληροφορίες, ήδη το ΣΔΟΕ προχώρησε στον άμεσο καταλογισμό απόδοσης ΦΠΑ ύψους 28.000 ευρώ.