Στο πλαίσιο της συνεισφοράς του Πολεμικού Ναυτικού στις επιχειρησιακές δραστηριότητες της Ευρωπαϊκής Ένωσης, το υποβρύχιο «Αμφιτρίτη» συμμετείχε, από 04 έως 20 Σεπτεμβρίου 2017, στην επιχείρηση της Ε.Ε. «EUNAVFOR MED-Operation SOPHIA», η οποία διεξάγεται στην κεντρική Μεσόγειο, με τη συμμετοχή μονάδων από την Ελλάδα, τη Γαλλία, τη Γερμανία, την Ιταλία και την Ισπανία.
Σκοπός της επιχείρησης είναι η καταπολέμηση των δικτύων παράνομης διακίνησης ανθρώπων στην κεντρική Μεσόγειο καθώς και η συμβολή της Ε.Ε. στην εφαρμογή του εμπάργκο όπλων προς τη Λιβύη, σύμφωνα με απόφαση του ΟΗΕ, όπως ενημερώνει με σχετική του ανακοίνωση το Γενικό Επιτελείο Ναυτικού.