Στην έγκριση προγράμματος μέτρων για τη βελτίωση και διατήρηση της καλής περιβαλλοντικής κατάστασης των ελληνικών θαλασσών προέβη το υπουργείο Περιβάλλοντος. Στα μέτρα περιλαμβάνονται η συστηματικότερη έρευνα και παρακολούθηση του θαλάσσιου περιβάλλοντος, η επανεξέταση της νομοθεσίας για την απόρριψη επεξεργασμένων λυμάτων στη θάλασσα, προγράμματα εκπαίδευσης αλιέων και καταναλωτών αλλά και η σύνταξη σχεδίου έκτακτης ανάγκης για ρύπανση από υδρογονάνθρακες.
Το πρόγραμμα εκπονήθηκε από την ειδική γραμματεία Υδάτων του ΥΠΕΝ στο πλαίσιο εφαρμογής της Οδηγίας-Πλαισίου για τη Θαλάσσια Στρατηγική. Το πρόγραμμα χωρίζεται σε 11 τομείς (βιοποικιλότητα, θαλάσσια ρύπανση, ευτροφισμός, αλιεία κ.ά.) με ανάλογα μέτρα ανά κατηγορία. Ανάμεσα σε αυτά προβλέπονται:
• Η επέκταση των προγραμμάτων περιβαλλοντικής παρακολούθησης ώστε να καλυφθούν κενά γνώσης (σημαντικά σε κάποιους τομείς) για την κατανομή και δυναμική των πληθυσμών των θαλάσσιων θηλαστικών, ερπετών και πτηνών, και των πληθυσμών ψαριών και κεφαλόποδων.
• Η ολοκλήρωση της χαρτογράφησης σε βυθούς που καλύπτονται από ενασβεστωμένα Ροδοφύκη (Maerl habitats).
• Η θέσπιση προτεραιοτήτων διαχείρισης για τις θαλάσσιες προστατευόμενες περιοχές.
• Η προετοιμασία σχεδίων δράσης για είδη-εισβολείς (λ.χ. λαγοκέφαλος) που είναι επικίνδυνα για τη δημόσια υγεία ή την αυτόχθονη χλωρίδα και πανίδα. Εντατικοποίηση της ενημέρωσης των πολιτών και αλιέων.
• Η επικαιροποίηση του επαγγελματικού αλιευτικού μητρώου, κωδικοποίηση της αλιευτικής νομοθεσίας.
• Η εκπόνηση προγραμμάτων εκτίμησης της πίεσης που ασκείται από την ερασιτεχνική αλιεία στα ιχθυοαποθέματα.
• Η βελτίωση των αλιευτικών πρακτικών για τη μείωση ανεπιθύμητων αλιευμάτων.
• Η επικαιροποίηση του θεσμικού πλαισίου για τη διάθεση υγρών αποβλήτων και αξιολόγηση των επιπτώσεων από τη σημειακή απόρριψη άλμης (από αφαλατώσεις) και ρευστών θεσμικού περιεχομένου στη θάλασσα.
• Η ανάληψη δράσεων από τους δήμους και επιχειρήσεις (λ.χ. ξενοδοχεία, πλοία) για τη μείωση της απόρριψης απορριμμάτων στη θάλασσα.
• Η σύνταξη κανονισμών για τις δραστηριότητες εξόρυξης υδρογονανθράκων και σχεδίων έκτακτης ανάγκης για ρύπανση από υδρογονάνθρακες.