Η δομή του νέου υπερ-πανεπιστημίου, με έδρα τη Θεσσαλία, «κλείδωσε». Το υπουργείο Παιδείας διένειμε τις σχολές στις πρωτεύουσες της Θεσσαλίας, ενώ στέλνει και τη Λαμία στη… Θεσσαλία, υπηρετώντας μικροκομματικούς στόχους. Αντίθετα, αγνόησε τις οξύτατες αντιδράσεις της Περιφέρειας Στερεάς Ελλάδος και των δημοτικών αρχών των πόλεων της περιφέρειας, που έχουν καταθέσει τη δική τους πρόταση για ίδρυση νέου ΑΕΙ στη Στερεά Ελλάδα. Ουσιαστικά, τα δύο ιδρύματα της Θεσσαλίας θα ενωθούν και θα απορροφήσουν το ένα σκέλος του ΤΕΙ Στερεάς Ελλάδος. Το άλλο, σε Εύβοια και Βοιωτία, θα ενωθεί με το Παν. Αθηνών. Μετά την τελευταία συνεδρίαση επιτροπής ανάμεσα σε Παν. Θεσσαλίας, ΤΕΙ Θεσσαλίας και ΤΕΙ Στερεάς Ελλάδας, το υπουργείο διαπίστωσε σύγκλιση στα εξής:
• Το πανεπιστήμιο να έχει οκτώ σχολές (2 νέες) με 34 τμήματα. Οι σχολές κατανέμονται από τρεις στον Βόλο και Λάρισα και από μία σε Τρίκαλα και Λαμία.
• Οσον αφορά τα τμήματα, προτείνεται να υπάρχουν 14 στον Βόλο (σήμερα 12), 10 στη Λάρισα (σήμερα δύο), ένα στα Τρίκαλα (όπως σήμερα), 4 στην Καρδίτσα (ένα), και 5 στη Λαμία (δύο).
Επίσης, συμφωνήθηκε να αξιοποιηθεί το υφιστάμενο προσωπικό όλων των κατηγοριών (διδακτικό, ερευνητικό, διοικητικό). Παράλληλα, συμφωνήθηκε η αξιοποίηση των Δελφών, του Κέντρου Αποκατάστασης στη Λαμία κ.ά. Πάντως, το ΤΕΙ Θεσσαλίας απάντησε στο υπ. Παιδείας ότι «υπάρχουν συγκλίσεις, αλλά και ισχυρές διαφοροποιήσεις και διαφωνίες. Μέχρι αυτή τη στιγμή διαφαίνεται πως δεν υπάρχουν οριστικά αποτελέσματα στις συζητήσεις».