Στο ΕΣΥ περνάει από τις αρχές του 2019 το νοσοκομείο κρατουμένων Κορυδαλλού, μετά και τη δημοσίευση στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως σχετικού Προεδρικού Διατάγματος. Ειδικότερα, το νοσοκομείο κρατουμένων Κορυδαλλού μετονομάζεται σε Ειδικό Κέντρο Υγείας Κρατουμένων Κορυδαλλού (ΕΚΥΚΚ) και αποκτά διττή μορφή: λειτουργεί ως αποκεντρωμένη οργανική μονάδα της 2ης Υγειονομικής Περιφέρειας Πειραιώς και Αιγαίου, και ως κατάστημα κράτησης του υπουργείου Δικαιοσύνης. Το υπουργείο Υγείας θα έχει την επιστημονική εποπτεία για το ιατρικό, νοσηλευτικό και παρακλινικό έργο του νοσοκομείου, ενώ το υπουργείο Δικαιοσύνης διατηρεί το έργο της διοίκησης και φύλαξής του.
Ο σκοπός του ΕΚΥΚΚ είναι η κάλυψη των αναγκών των κρατούμενων ασθενών σε υπηρεσίες πρωτοβάθμιας φροντίδας υγείας, η βραχεία νοσηλεία και η παρακολούθηση και διαχείριση των χρονίως πασχόντων. Διασυνδέεται επιστημονικά με το Γενικό Νοσοκομείο Νικαίας. Η επιστημονική διασύνδεση περιλαμβάνει τη νοσηλεία των ασθενών του ΕΚΥΚΚ στο νοσοκομείο Νικαίας, την εκτίμηση της κατάστασης της υγείας τους από γιατρούς ειδικοτήτων και τη διενέργεια παρακλινικού ελέγχου. Εφόσον κρίνεται αναγκαίο και μόνο κατά τις ημέρες που δεν εφημερεύει το νοσοκομείο Νικαίας, τα έκτακτα και επείγοντα περιστατικά παραπέμπονται για αντιμετώπιση και νοσηλεία στα νοσοκομεία Αττικόν, Θριάσιο, Τζάνειο, Μεταξά, Ευαγγελισμός, Γεννηματάς ή Σωτηρία. Το ΕΚΥΚΚ έχει δυναμικότητα 50 κλινών για βραχεία νοσηλεία και 50 κλινών για ιατρική παρακολούθηση και θεραπεία χρονίως πασχόντων. Ως υπεύθυνος για τον συντονισμό της επιστημονικής λειτουργίας του ΕΚΥΚΚ (ασκεί την επιστημονική εποπτεία και συντονίζει όλο το προσωπικό) ορίζεται γιατρός του ΕΣΥ που υπηρετεί στο νοσοκομείο με απόφαση του διοικητή της 2ης ΥΠΕ.
Το υπουργείο Υγείας αναλαμβάνει το κόστος της συντήρησης και ανανέωσης του υπάρχοντος ιατρικού και νοσηλευτικού εξοπλισμού καθώς και κάθε νέας προμήθειας για εξοπλισμό, την κάλυψη του ιατρικού και υγειονομικού υλικού, τη φαρμακευτική δαπάνη και κάθε δαπάνη που προκαλείται από τη λειτουργία του ΕΚΥΚΚ. Το υπουργείο Δικαιοσύνης αναλαμβάνει την κάλυψη των δαπανών αρτοτροφοδοσίας των κρατουμένων, των λοιπών λειτουργικών δαπανών (ηλεκτρικό ρεύμα, ύδρευση, τηλεπικοινωνίες, θέρμανση κ.ά.), δαπάνες καθαριότητας, διοίκησης, φύλαξης και συντήρησης του κτιρίου. Το προσωπικό που υπάγεται στο υπουργείο Δικαιοσύνης συνεχίζει να μισθοδοτείται από αυτό, σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις για το προσωπικό των καταστημάτων κράτησης. Για την υπηρεσιακή κατάσταση του υγειονομικού προσωπικού του ΕΚΥΚΚ εφαρμόζονται οι διατάξεις που ισχύουν για το αντίστοιχο προσωπικό του ΕΣΥ.