Διαφορετικός θα είναι φέτος ο τρόπος διεξαγωγής του Κυπέλλου Ελλάδας. Οι αλλαγές αφορούν τις ομάδες της Σούπερ Λιγκ 1 (που για πρώτη φορά δεν θα πάρουν μέρος στη διοργάνωση από την ίδια φάση), την κατάργηση της φάσης των ομίλων αλλά και το γήπεδο τέλεσης του τελικού.
Η συμμετοχή των κυπελλούχων ομάδων των Ενώσεων Ποδοσφαιρικών Σωματείων θα συνεχιστεί και φέτος. Επομένως, οι δύο πρώτες φάσεις της διοργάνωσης θα διεξαχθούν με ερασιτεχνικές ομάδες. Οι επαγγελματικές θα πάρουν μέρος από την τρίτη φάση, όταν θα «μπουν» οι ομάδες της Φούτμπολ Λιγκ, που θα δώσουν μονούς αγώνες στην έδρα των ερασιτεχνικών ομάδων. Οι ομάδες της νεοσύστατης Σούπερ Λιγκ 2 θα πάρουν μέρος από την τέταρτη φάση, όπου θα αντιμετωπίζουν σε μονούς και εκτός έδρας αγώνες τις ομάδες που προκρίθηκαν από την τρίτη φάση. Από την πέμπτη φάση θα εισέλθουν στη διοργάνωση και οι ομάδες της Σούπερ Λιγκ 1. Οχι όμως όλες, αλλά μόνο αυτές που δεν παίρνουν μέρος στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις. Δηλαδή, αυτές οι οποίες στο πρωτάθλημα που τελείωσε τερμάτισαν στις θέσεις 6 – 13. Και σε αυτήν τη φάση οι αγώνες θα είναι μονοί και θα διεξαχθούν στις έδρες των ομάδων που προκρίθηκαν από την τέταρτη φάση. Οι ΠΑΟΚ, Ολυμπιακός, ΑΕΚ, Ατρόμητος και Αρης, που θα αγωνιστούν στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, θα πάρουν μέρος στο κύπελλο από τη φάση των «16». Οι ομάδες που θα φτάσουν στους «16» θα χωριστούν σε δύο γκρουπ. Στο πρώτο θα είναι οι πέντε ομάδες που κέρδισαν το ευρωπαϊκό εισιτήριο και άλλες τρεις με βάση την περυσινή βαθμολογική κατάταξη της Σούπερ Λιγκ ή της Φούτμπολ Λιγκ, αν δεν επαρκούν της Σούπερ Λιγκ. Από αυτή τη φάση προβλέπονται διπλοί αγώνες και η κλήρωση θα γίνεται χωρίς την ταξινόμηση των ομάδων σε γκρουπ δυναμικότητας.
Οσον αφορά τον τελικό, θα είναι μονός και θα διεξαχθεί σε ουδέτερο γήπεδο. Επίσης, όπως αναφέρεται στην προκήρυξη της διοργάνωσης, «η ΕΠΟ δύναται να αποφασίσει ως έδρα του τελικού γήπεδο που ανήκει σε ξένη ομοσπονδία». Πρόκειται για απόφαση που ελήφθη υπό τον φόβο επεισοδίων και γυρίζει το ποδόσφαιρο τρία χρόνια πίσω, όταν η «διοίκηση Γκιρτζίκη» είχε περιλάβει την ίδια πρόβλεψη δίνοντας προβάδισμα στη Γερμανία, όχι για να αποφύγει τα επεισόδια, αλλά «παρεμβάσεις» της πολιτικής ηγεσίας του αθλητισμού.
Υπήρξαν συζητήσεις για διπλό τελικό κυπέλλου, όπως είχε γίνει κατά τη δεκαετία του ’90, αλλά η σκέψη αυτή δεν προχώρησε.
Αυτό το «πακέτο αγώνων», με τη διάρθρωση που παρουσιάστηκε, η ΕΠΟ θέλει να το πουλήσει σε κάποιο τηλεοπτικό κανάλι, αφού η σύμβαση με τη συνδρομητική Cosmote TV ολοκληρώθηκε. Η ΕΠΟ βγάζει προς πώληση τα τηλεοπτικά του κυπέλλου για την επόμενη τριετία με τιμή εκκίνησης τα οκτώ εκατομμύρια ευρώ και με στόχο να μαζέψει όσο το δυνατόν περισσότερα χρήματα, αφού και τα αποτελέσματα της Εθνικής στους αγώνες με την Ιταλία και την Αρμενία ήταν τέτοια, που κανείς δεν αισιοδοξεί για πρόκριση στην τελική φάση του ευρωπαϊκού πρωταθλήματος, η οποία θα έδινε ανάσα στα ταμεία της. Πάντως, από τη φάση των «16» και μετά, οπότε μπαίνουν και οι πιο δυνατές ομάδες της Σούπερ Λιγκ, η διοργάνωση θα αποκτήσει ενδιαφέρον, παρότι οι αγώνες γίνονται διπλοί κι έτσι περιορίζεται το στοιχείο της έκπληξης, το οποίο όμως υπάρχει στις προηγούμενες φάσεις με τους μονούς αγώνες.