Ενδιαφέρουσα απόφαση εξέδωσε η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας, που έκρινε κατά πλειοψηφία ότι η αφαίρεση με Προεδρικό Διάταγμα από τον Οργανισμό του Υπουργείου Παιδείας, της «ανάπτυξης θρησκευτικής συνείδησης», είναι εντός των συνταγματικών πλαισίων.
Το επίμαχο διάταγμα που κρίθηκε από το ανώτατο δικαστήριο, εκδόθηκε το 2018 επί υπουργίας του Κων. Γαβρόγλου και για την ακύρωση του είχαν προσφύγει στο ΣτΕ η Εκκλησία της Ελλάδος, η Ιερά Μητρόπολη Πειραιά, άλλοι εκκλησιαστικοί φορείς και γονείς παιδιών που φοιτούν στο δημοτικό και το Λύκειο.
Η Ολομέλεια του ΣτΕ εξέδωσε την απόφαση αυτή με πρόεδρο την Αικατερίνη Σακελλαροπούλου, πριν εκλεγεί Πρόεδρος Δημοκρατίας και εισηγήτρια την Μαρλένα Τριπολιτσιώτη με την οποία απορρίφθηκε η αίτηση της Εκκληςίας της Ελλάδος.
Μεταξύ άλλων στην απόφαση του ΣτΕ σημειώνονται και τα εξής: «Με τις διατάξεις του άρθρου 3 παρ. 1 του Συντάγματος κατοχυρώνεται, μεταξύ άλλων, και η αυτοδιοίκηση της Εκκλησίας, η οποία περιλαμβάνει την εξουσία της ν' αποφασίζει για τις υποθέσεις της με δικά της όργανα, τα οποία συγκροτούνται όπως ο νόμος ορίζει και να διοικείται από την Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας και την απ' αυτή προερχόμενη Διαρκή Ιερά Σύνοδο. Ωστόσο, η εξουσία αυτή της Εκκλησίας ασκείται εντός των πλαισίων των γενικών κανόνων που θεσπίζει ελεύθερα ο νομοθέτης, ο οποίος μόνο δεν μπορεί να προχωρήσει και μέχρι τη θεμελιώδη μεταβολή βασικών διοικητικών θεσμών που έχουν καθιερωθεί πάγια στην οργάνωση και λειτουργία της Εκκλησίας».