Βαρύ πλήγμα υπέστη η μικρομεσαία επιχειρηματικότητα στα χρόνια της κρίσης, καθώς μέσα σε μια επταετία, την περίοδο 2008-2014, εξαφανίστηκαν από τον επιχειρηματικό χάρτη της χώρας περίπου 229.000 μικρομεσαίες επιχειρήσεις και απωλέσθησαν περί τις 700.000 θέσεις εργασίας. Οι αιτίες, σύμφωνα με μελέτη που δημοσιεύεται στην τελευταία μηνιαία έκδοση του ΚΕΠΕ (Κέντρο Προγραμματισμού Οικονομικών Ερευνών), δεν σχετίζονται μόνο με τις δυσκολίες που προκάλεσε η οικονομική κρίση και κυρίως η περιορισμένη δυνατότητα πρόσβασης των μικρομεσαίων επιχειρήσεων στην τραπεζική χρηματοδότηση. Η οικονομική κρίση ήταν μάλλον αυτή που ανέδειξε τα δομικά προβλήματα της μικρομεσαίας επιχειρηματικότητας στην Ελλάδα και δη τον μεγάλο βαθμό εξάρτησής της από την εγχώρια ζήτηση και την υποεπένδυση στην παραγωγή διεθνώς εμπορεύσιμων αγαθών και υπηρεσιών.
Το 2014, σύμφωνα με τις εκτιμήσεις της Κομισιόν, ο αριθμός των ΜμΕ ήταν μειωμένος κατά 26,6% σε σύγκριση με το 2008, προκαλώντας παράλληλα μείωση προστιθέμενης αξίας κατά 40,2% (από 55 δισ. ευρώ το 2008 σε 32,8 δισ. ευρώ το 2014) και της απασχόλησης κατά 29,3%. Το πλήγμα ήταν βαρύτερο για την κατηγορία των μεσαίων επιχειρήσεων, με τον αριθμό τους να μειώνεται στην επταετία κατά 35%, την απασχόληση να συρρικνώνεται κατά 36,3% και την προστιθέμενη αξία να υποχωρεί κατά 41,5%. Οπως αναφέρεται στη μελέτη (την οποία υπογράφει η κ. Ερση Αθανασίου, ερευνήτρια του ΚΕΠΕ) η κρίση ενδέχεται να δημιούργησε σοβαρότερα προβλήματα επιβίωσης στις μεσαίου μεγέθους επιχειρήσεις (με προσωπικό κάτω από 250 άτομα) σε σχέση με τις μικρές (που απασχολούν λιγότερους από 50 εργαζομένους), καθώς το μεγαλύτερο μέγεθος τείνει να συνεπάγεται υψηλότερα πάγια λειτουργικά έξοδα, μεγαλύτερες δανειακές ανάγκες και ενδεχομένως μικρότερη ευελιξία ως προς την προσαρμογή σε μεταβαλλόμενες συνθήκες της αγοράς. Επιπλέον, η έστω και μερική αναπλήρωση επιχειρήσεων που εξέρχονται από την αγορά με την είσοδο νέων επιχειρήσεων είναι πολύ δυσκολότερη στην περίπτωση των μεσαίων επιχειρήσεων από ό,τι στην περίπτωση των πολύ μικρών και μικρών, καθώς η ίδρυση μεσαίου μεγέθους μονάδων έχει πολύ υψηλότερες προϋποθέσεις από πλευράς κεφαλαίων και τείνει να απαιτεί ευνοϊκότερο οικονομικό κλίμα.
Οι κλάδοι των ΜμΕ στους οποίους παρατηρούνται οι μεγαλύτερες απώλειες είναι των κατασκευών και του χονδρικού και λιανικού εμπορίου. Συγκεκριμένα, ο κλάδος των κατασκευών μετράει κατά την εξεταζόμενη περίοδο την απώλεια 82.000 επιχειρήσεων, 215.000 θέσεων εργασίας και 2,5 δισ. ευρώ προστιθέμενης αξίας και ο κλάδος του εμπορίου την απώλεια 61.000 επιχειρήσεων (σ.σ. πρόκειται για το καθαρό ισοζύγιο), 206.000 θέσεων εργασίας και 9,6 δισ. ευρώ προστιθέμενης αξίας.
Τα παραπάνω υποδηλώνουν τις σοβαρές ανισορροπίες του αναπτυξιακού μοντέλου της ελληνικής οικονομίας και δη την υπερκατανάλωση και τον συνεπαγόμενο υπερδανεισμό δημόσιου και ιδιωτικού τομέα, την υπερεπένδυση στην κατοικία, τη στροφή του παραγωγικού προσανατολισμού περισσότερο προς την ικανοποίηση εσωτερικών αναγκών και λιγότερο προς τη διεκδίκηση μεριδίων στις διεθνείς αγορές.