Σημαντικές ευθύνες για τη διακυβέρνηση ΣΥΡΙΖΑ-ΑΝΕΛ και τις ηγεσίες στο ΥΠΠΟΑ μετά την κυβερνητική αλλαγή του Ιανουαρίου 2015 προκύπτουν από την καταστροφή του ιστορικού τεμένους στο Διδυμότειχο. Εργο ενταγμένο στο ΕΣΠΑ 2007-2013, από το έτος 2011, η αποκατάσταση του τεμένους Βαγιαζήτ άρχισε να «τρέχει» επί πρωθυπουργίας Γεωργίου Α. Παπανδρέου. Σε συνάντηση Παπανδρέου – Ερντογάν το 2010 στην Αθήνα, είχε τεθεί εκ μέρους της τουρκικής πλευράς το ζήτημα αποκατάστασης δύο οθωμανικών μνημείων επί ελληνικού εδάφους. Το ένα ήταν το Φετιχιέ Τζαμί στην Πλάκα (που έκτοτε αποκαταστάθηκε) και το άλλο ήταν το τέμενος Βαγιαζήτ στο Διδυμότειχο.
Με σχετικές καθυστερήσεις, η αποκατάσταση του τεμένους προχωρούσε στα έτη 2012, 2013 και 2014 σχετικά ικανοποιητικά, έστω και χωρίς τους ρυθμούς που θα θεωρούσε κάποιος ιδανικούς. Ωστόσο, υπήρχε έργο ενταγμένο με εξασφαλισμένη χρηματοδότηση 4,5 εκατ. ευρώ μέσω των Περιφερειακών Προγραμμάτων Αν. Μακεδονίας και Θράκης.
Το έργο συντόνιζε η Διεύθυνση Αναστηλώσεως Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων του ΥΠΠΟΑ και προχώρησαν υποστηρικτικές παρεμβάσεις, όπως η τοποθέτηση μεταλλικής σκεπής που θα προφύλαττε το τέμενος από τη διάβρωση. Σταδιακά, όμως, προέκυψε ζήτημα με τον συντονισμό της πλήρους αποκατάστασης της στέγης καθώς και του μιναρέ. Στα μέσα του 2014, οι υπηρεσίες του ΥΠΠΟΑ κατέληξαν στην εκτίμηση πως το έργο για τη στέγη και τον μιναρέ δεν μπορούσε να προχωρήσει, αλλά έπρεπε να επιλεγεί η πιο ευέλικτη μέθοδος της μελέτης-κατασκευής (που γενικά προκαλεί πολλές αντιδράσεις, γιατί θεωρεί εξ ορισμού τον εργολάβο ως αρνητικό στοιχείο). Η μέθοδος αυτή προσέκρουε στον νόμο, αλλά μετά σχετικές διαβουλεύσεις επείσθη ο τότε υπουργός Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων, Μιχάλης Χρυσοχοΐδης, να εξετάσει την αλλαγή της νομοθεσίας κατά περίπτωση. Ετσι, τον Δεκέμβριο του 2014 το Τεχνικό Συμβούλιο Δημοσίων Εργων, γνωμοδοτικό όργανο του υπουργείου Υποδομών, ψήφισε υπέρ της υιοθέτησης της μελέτης – κατασκευής στο τέμενος του Διδυμοτείχου (η ίδια εξαίρεση έχει γίνει και για τον ναό του Αγίου Κωνσταντίνου στην Ομόνοια).
Ομως, ο τότε υπουργός Μιχάλης Χρυσοχοΐδης δεν πρόλαβε να υπογράψει την απόφαση λόγω αλλαγής της κυβέρνησης. Ο νυν διάδοχός του, Χρήστος Σπίρτζης, δεν έχει ασχοληθεί με το θέμα, αλλά ουδέποτε και οι υπηρεσίες του ΥΠΠΟΑ ενόχλησαν το υπουργείο Υποδομών. Τα πράγματα βάλτωσαν ακόμη περαιτέρω για την εξέλιξη του έργου όταν η νέα κυβέρνηση δέχθηκε να αφήσει το έργο με αυτεπιστασία στην υποστελεχωμένη τοπική Εφορεία Αρχαιοτήτων, η οποία έως τότε συνεργαζόταν για το έργο με τη Διεύθυνση Βυζαντινών του ΥΠΠΟΑ. Χωρίς μηχανικό στο δυναμικό της και με μία μόνο αρχαιολόγο, που έχει βάση τη Θεσσαλονίκη, η τοπική Εφορεία ανέλαβε ένα έργο που την ξεπερνούσε. Οι ηγεσίες στο ΥΠΠΟΑ δεν μπόρεσαν να εκτιμήσουν τη σπουδαιότητα και τη σημασία του έργου, που δεν είναι μόνο αρχαιολογική, αλλά ούτε και να συντονίσουν τις υπηρεσίες κατά τρόπο τέτοιο ώστε να είναι σε θέση να υπηρετήσουν ένα στόχο με βάση ένα χρονοδιάγραμμα.
Το χειρότερο είναι ότι ενώ η Περιφέρεια Αν. Μακεδονίας και Θράκης έχει εγκρίνει χρηματοδότηση 5 εκατ. ευρώ και είναι έτοιμη να κάνει προκήρυξη για το ΕΣΠΑ 2014-2020 ήδη από τον Δεκέμβριο 2015, το ΥΠΠΟΑ δεν είχε προβεί σε κάποια κίνηση έως τον Φεβρουάριο 2017. Τότε μόνο, η Εφορεία Εβρου συντάσσει ένα τεχνικό δελτίο προσπαθώντας να αντεπεξέλθει όπως μπορεί. Το ΥΠΠΟΑ όφειλε το ίδιο να συντάξει τεχνικό δελτίο, να το στείλει στην Περιφέρεια και να προχωρήσει απρόσκοπτα το έργο. Αλλά αυτό δεν έγινε. Υπάρχει νέο αδιέξοδο.