Η Επιτροπή Εφέσεων της ΕΠΟ με πλειοψηφία 2-1 διατήρησε την ποινή αφαίρεσης 7 και 12 βαθμών από το τρέχον πρωτάθλημα, που είχε επιβληθεί πρωτοδίκως στον ΠΑΟΚ και στην Ξάνθη, αντιστοίχως. Στον ΠΑΟΚ, η ποινή αφαίρεσης επτά βαθμών αφορά την πολυϊδιοκτησία με την Ξάνθη. Στην ΠΑΕ της Θράκης επιβλήθηκε ποινή αφαίρεσης πέντε βαθμών για παραβίαση του νόμου περί απόκτησης μετοχών ΑΑΕ και ποινή αφαίρεσης επτά βαθμών για πολυϊδιοκτησία. Mε βάση την απόφαση που είναι τελεσίδικη –προβλέπεται άλλος βαθμός στην εγχώρια «ποδοσφαιρική δικαιοσύνη»– ο ΠΑΟΚ παραμένει στη δεύτερη θέση αλλά πλέον έχει 52 βαθμούς, δηλαδή έναν περισσότερο από την ΑΕΚ. Η Ξάνθη κατρακύλησε στη 12η θέση με 18 βαθμούς, έναν περισσότερο από τον προτελευταίο Παναιτωλικό. Η απόφαση της Επιτροπής Εφέσεων διαφοροποιήθηκε σε σχέση με την πρωτόδικη μόνο ως προς το κομμάτι των εφέσεων του Ολυμπιακού και της ΑΕΛ στην περίπτωση της πολυϊδιοκτησίας και του Πανιωνίου στην υπόθεση της μετοχικής σύνθεσης της Ξάνθης. Οι εφέσεις αυτές έγιναν δεκτές.
Η πλειοψηφία των μελών της Επιτροπής Εφέσεων έκρινε ότι το πόρισμα της Επιτροπής Επαγγελματικού Αθλητισμού, που ερεύνησε την υπόθεση της πολυϊδιοκτησίας κατόπιν καταγγελίας του Ολυμπιακού, είναι δεσμευτικό για την επιτροπή. Ιδιο ήταν και το σκεπτικό του Πρωτοβάθμιου Μονομελούς Δικαιοδοτικού Οργάνου της Σούπερ Λίγκας. Αυτό σημαίνει ότι τα δύο, αποτελούμενα από τακτικούς δικαστές, δικαιοδοτικά όργανα του ποδοσφαίρου δεν μπήκαν στην ουσία της υπόθεσης, όπως ζήτησαν ΠΑΟΚ και Ξάνθη. Αντιθέτως, το μέλος της Επιτροπής Εφέσεων που μειο-ψήφησε ζήτησε «να εξαφανιστεί η πρωτόδικη ποινή και να προβεί η επιτροπή στην κατ’ ουσίαν διερεύνηση της υπόθεσης».
Η Επιτροπή Εφέσεων απέρριψε και το αίτημα της Ξάνθης περί αναστολής έκδοσης της απόφασης ενόψει της συζήτησης της υπόθεσης στο Διοικητικό Δικαστήριο, επειδή «η έκβαση της διοικητικής δίκης δεν επηρεάζει το αποτέλεσμα της παρούσας δίκης» και επειδή «η Επιτροπή Εφέσεων δεν δεσμεύεται ούτε και προσωρινά από τις αποφάσεις των διοικητικών ή πολιτικών δικαστηρίων».
Επίσης, απορρίφθηκε ο ισχυρισμός του ΠΑΟΚ σχετικά με την απουσία διάταξης περί πολυϊδιοκτησίας στον ΚΑΠ, αφού «απαλείφεται εν συνόλω από τον Κανονισμό Αγώνων Ποδοσφαίρου το άρθρο 30 που αφορά ζητήματα Πολυïδιοκτησίας ΠΑΕ, δεδομένου ότι το θέμα άπτεται των αρμοδιοτήτων της Επιτροπής Επαγγελματικού Αθλητισμού, ενώ υπάρχει σχετική ρητή διάταξη και στον Ν. 2725/99».
Η επιβολή ποινών έγινε βάσει της τροπολογίας που ψηφίστηκε στη Βουλή μετά την απόφαση της ΕΕΑ και όχι βάσει των ποινών που προβλέπονται στον Πειθαρχικό Κώδικα της ΕΠΟ.
Ιδιαιτέρως επιθετική ήταν η ανακοίνωση του ΠΑΟΚ: «Είναι ανήκουστο, όσο ήταν δυστυχώς και αναμενόμενο, ότι τελικά δύο δικαστήρια ανακήρυξαν ως δεσμευτική μια απόφαση ενός οργάνου που το αποτελούν συγγενείς, διορισμένοι και φίλοι του κ. Αυγενάκη. Είναι προφανές ότι σεβόμαστε τις αποφάσεις των δικαστηρίων, εφόσον εκείνα δικάζουν και δεν υπεκφεύγουν. Είναι επίσης αυτονόητο ότι θα προσφύγουμε άμεσα στο CAS με την ελπίδα να δικαστεί επί της ουσίας τάχιστα μια υπόθεση που εξυφάνθηκε κυρίως σε πολιτικά γραφεία εξυπηρετήσεων. Η σημερινή απόφαση της Επιτροπής Εφέσεων κατά πλειοψηφία (2-1) θεωρεί τον Τζουλάκη, τον Αρκούδη και τη Μαρούπα ανώτερους δικαστές από εκείνους. Ο προφανής παραλογισμός δεν έχει προηγούμενο!», τονίστηκε.