Μπορεί η εθνική μας ομάδα να ήταν απούσα απ’ τη μεγάλη γιορτή του ποδοσφαίρου, την τελική φάση του Παγκοσμίου Κυπέλλου της Γερμανίας, ωστόσο μέσα στο 2006 άρχισε να βάζει γερά θεμέλια στην προκριματική φάση του ευρωπαϊκού πρωταθλήματος του 2008. Με τρεις νίκες στους τρεις πρώτους αγώνες αισιοδοξεί βάσιμα ότι μπορεί να πάρει το εισιτήριο για τα γήπεδα της Ελβετίας της Αυστρίας, προκειμένου το καλοκαίρι του 2008 να υπερασπιστεί τον τίτλο της πρωταθλήτριας Ευρώπης. Η ομάδα του Οτο Ρεχάγκελ ξεκίνησε τον Σεπτέμβριο με νίκη μέσα στη Μολδαβία με 1-0, για να ακολουθήσουν τον Οκτώβριο οι επιτυχίες επί της Νορβηγίας στο «Καραϊσκάκη» επίσης με 1-0 και ο θρίαμβος στη Βοσνία με το επιβλητικό 4-0. Βάσει προγράμματος, μπορεί να «κλειδώσει» την πρόκριση στους τέσσερις αγώνες που ακολουθούν – δύο τον Μάρτιο με την Τουρκία εντός και τη Μάλτα εκτός, ενώ τον Ιούνιο θα υποδεχθεί την Ουγγαρία και τη Μολδαβία στο Φάληρο.
Σε συλλογικό επίπεδο, ο Ολυμπιακός πανηγύρισε τον Μάιο την κατάκτηση του δεύτερου νταμπλ στη σειρά, ισοφαρίζοντας δικό του ρεκόρ. Στον τελικό του Κυπέλλου που φιλοξενήθηκε στο Παγκρήτιο, στις 10 Μαΐου, επικράτησε της ΑΕΚ με 3-0. Λίγο αργότερα πρόσθεσε στη συλλογή του το ένατο πρωτάθλημα κατά τα τελευταία δέκα χρόνια. Ωστόσο, στην Ευρώπη απέτυχε για μία ακόμη χρονιά να διακριθεί. Οπως και το 2005, έτσι και το 2006 τερμάτισε ουραγός στον όμιλό του στο Τσάμπιονς Λιγκ, αποτυγχάνοντας να πάρει μετάταξη στο κύπελλο UEFA. Κάτι που κατάφερε η ΑΕΚ, καταλαμβάνοντας την 3η θέση. Μάλιστα, για την Ενωση η χρονιά θα μείνει αξέχαστη καθώς πέτυχε τις δύο πρώτες νίκες της στο Τσάμπιονς Λιγκ, επί της Λιλ και της Μίλαν. Ο Παναθηναϊκός με πολύ κόπο μπήκε στους ομίλους του UEFA, τερμάτισε πρώτος και θα συνεχίσει μαζί με την ΑΕΚ, τον Φεβρουάριο, στους «32» της διοργάνωσης. Αντιθέτως, ο Ηρακλής, η Ξάνθη και ο Ατρόμητος αποκλείστηκαν στην τελευταία στροφή πριν απ’ τους ομίλους του UEFA.