Ο Βασίλης Γκαγκάτσης είχε γίνει απόλυτος κυρίαρχος του παιχνιδιού. Είχε προηγηθεί διάσπαση το καλοκαίρι του 2001. Ο Θωμάς Μητρόπουλος αποδυναμώνεται και σταδιακά περιορίζει τη δράση του, ενώ ο Β. Μητρόπουλος θεωρεί ότι ο Γκαγκάτσης τον πρόδωσε και πέρασε στην αντεπίθεση. Οι προγραμματισμένες εκλογές του Οκτωβρίου 2004 έγιναν έπειτα από αναβολές λόγω προσφυγών του Β. Μητρόπουλου στη δικαιοσύνη. Η αντιπολίτευση, που ήταν ένα ετερόκλητο σύνολο ενώσεων που στήριξαν την παράταξη Λυσαρίδη και κάποιων που επηρέαζε ο Β. Μητρόπουλος, δεν μπορούσε να κερδίσει τις εκλογές και προσπάθησε να τις ακυρώσει. Την ημέρα των εκλογών το σχέδια μπήκαν σε εφαρμογή: Ο Γ. Βλαχάκης, πρώην πρόεδρος της ΕΠΣ Ηρακλείου, έθεσε εκπρόθεσμα υποψηφιότητα. Ο Β. Γκαγκάτσης ζήτησε από το σώμα να πάρει θέση και ο Β. Μητρόπουλος έκανε λόγο για παρατυπία, αφού η υποψηφιότητα θα έπρεπε αμέσως να απορριφθεί. Ηταν η πρώτη πράξη…
Επειτα από την ψηφοφορία για την εφορευτική επιτροπή, ο Ι. Τσώτσος ζήτησε να γίνει οικονομικός απολογισμός για τον τρόπο που η διοίκηση διαχειρίστηκε τα 20 εκατομμύρια ευρώ που πήρε η ομοσπονδία από την κατάκτηση του Euro. Ο Β. Γκαγκάτσης κατάλαβε πως από τη στιγμή που είχε εκλεγεί εφορευτική επιτροπή αντίστοιχες συζητήσεις ήταν παράτυπες και ζήτησε να εκκενωθεί η αίθουσα, ώστε να ξεκινήσουν οι αρχαιρεσίες. Η αντιπολίτευση με υπογραφές των ΕΠΣ Πέλλας, Λέσβου, Ευρυτανίας, Χαλκιδικής, Χανίων, Φλώρινας, Μακεδονίας, Αργολίδας, Αθήνας, Κορίνθου, Θεσσαλίας, Ρεθύμνου, Τρικάλων, κατέθεσε στην δικαστική αντιπρόσωπο αίτηση ακυρότητας των εκλογών και δήλωση παραίτησης των 21 από τους 37 υποψηφίους, η οποία απορρίφθηκε. Στο παρασκήνιο έγινε μια προσπάθεια να παραιτηθεί ένας από τους υποψήφιους του Γκαγκάτση, ώστε να κηρυχθεί η διαδικασία άκυρη. Ομως κανείς δεν πείστηκε και οι εκλογές κερδήθηκαν χωρίς αντίπαλο. Αμέσως μετά, το Δ.Σ. της ΕΠΟ είδε στο Καραϊσκάκη Ολυμπιακός – ΠΑΟΚ.