H ανάλυση της βυζαντινής αισθητικής που προήλθε από την αντιγραφή βυζαντινών έργων, οδήγησε τον Παπαλουκά στην ανακάλυψη ότι τα εκφραστικά, εικαστικά μέσα που είχε φέρει μαζί του στο Αγιον Ορος (αντιθετικά χρώματα, μουσική και ο χαρτογραφικός τρόπος στη σύνθεση), τα είχε ήδη εφαρμόσει η βυζαντινή τέχνη και ότι επομένως η τέχνη αυτή ήταν τέχνη σύγχρονη.
Υπήρχε, κυλούσε μέσα στη ροή της τέχνης του 20ού αιώνα, της τέχνης της Δύσης. Για τον Παπαλουκά αυτό εσήμαινε ότι ο ίδιος ανήκε στην παράδοση της Ορθοδοξίας, της οποίας τις εκφάνσεις είχε ακολουθήσει στη Δύση. Επειδή αισθάνθηκε στεριωμένος, εδραιωμένος μέσα στις εκφάνσεις αυτές, δεν θα εγκαταλείψει τη Δύση, όπως έκανε ο φίλος του Φώτης Κόντογλου, ούτε θα δημιουργήσει μια «νεοβυζαντινή» τέχνη, αλλά θα εξακολουθήσει να υπηρετεί τη βυζαντινή παράδοση μέσα από τα εικαστικά επιτεύγματα της Δύσης.
Οι δύο αυτοί μεγάλοι ζωγράφοι με τη θητεία τους στη βυζαντινή τέχνη ακολουθούν διαφορετικούς δρόμους. O Κόντογλου απορρίπτει απόλυτα τη δυτική παράδοση της οποίας ήταν γνώστης και προσπαθεί να την εξαφανίσει σε μια νεοβυζαντινή παράδοση που τα μυστικά της εκείνος γνώριζε. Οπως παρατήρησε ο T. K. Παπατσώνης, το Βυζάντιο παραμένει για τον Κόντογλου «το μοναδικό θησαύρισμα της δόξας του Θεού». Με το έργο του Παπαλουκά η βυζαντινή τέχνη παίρνει άλλη διάσταση. Είναι τέχνη ευρωπαϊκή. Με τη διαπίστωση αυτή μπορεί να ερμηνευθεί η βαθιά πνευματικότητα των έργων του που σημαίνουν επιστροφή προς την εσωτερικότητα.
Η επίδραση του Βυζαντίνου στο έργο του Παπαλουκά φαίνεται πολύ καθαρά στις τοιχογραφίες του μητροπολιτικού ναού της Αμφισσας, έργο γιγάντιο, με ιδιόμορφη τεχνοτροπία και εκφραστική ομορφιά που το ζωγράφισε μετά τη θητεία του στο Αγιον Ορος 1927-1932. O Χρύσανθος Χρήστου το χαρακτηρίζει ως «ένα από τα πιο ολοκληρωμένα του σύνολα».
Ο χρόνος δεν έχει φανεί ευμενής στο έργο αυτό, που έχει ταλανίσει μερικούς μελετητές. Ομως μια συγκριτική μελέτη των τοιχογραφιών αυτών με το επιτραχήλιο της Μονής Σταυρονικήτα και των αντιγράφων του Παπαλουκά οδηγεί στο συμπέρασμα ότι η τεχνοτροπία των τοιχογραφιών εξαρτάται από το επιτραχήλιο της Μονής Σταυρονικήτα. Και στα δύο, αν και υλοποιημένα με διαφορετικά καλλιτεχνικά μέσα, ο χειρισμός της φόρμας, του φωτός και του χρώματος είναι παρόμοιος. Οι μορφές είναι ασκητικές, αν και υπάρχουν μερικές με σώματα βαριά και πλαστικά, στοιχεία που έχουν χαρακτηριστεί λαϊκότροπα.
Η γραμμή είναι νευρική, γωνιώδης και λιτή. H πτυχολογία αποσπασματική, οι χρωματικές επιφάνειες παρατακτικές (βλ. π.χ. τον Αγγελο του Ευαγγελισμού, τη Γέννηση και πολλά άλλα). Τα χαρακτηριστικά όμως αυτά, με τα οποία ερμηνεύει τα εσωτερικά στοιχεία του θέματός του, είναι εντονότερα στο έργο του Παπαλουκά και φανερώνουν την προσωπική του γλώσσα.
Τα χρώματα γίνονται πιο σκοτεινά, λιτά, ασκητικά και το λευκό μοιάζει με φως λαμπάδας που έχει ανάψει η ψυχή του καλλιτέχνη. Σε πολλά από τα θέματα αυτά, για παράδειγμα στην Κοίμηση της Θεοτόκου και την Αποκαθήλωση, η ζωγραφική επιφάνεια αγγίζει τα όρια του εξπρεσιονισμού.
Στις συνθέσεις αυτές ο Παπαλουκάς προχωρεί πέρα από τη βυζαντινή παράδοση από την οποία ξεκινά και την ξαναζωντανεύει μακριά από τυφλά αντίγραφα. Οι μορφές τού Παπαλουκά στην Αμφισσα απο-υλοποιούνται σε ψυχές που πλανώνται αιώνια στο άπειρο για να αποκαλύψουν στον πιστό ότι η σχέση της ανθρώπινης ψυχής με τον Θεό είναι η μόνη πραγματικότητα μέσα στο παροδικό. Ηδη, η επιτροπή ανάθεσης του έργου, που αποτελούνταν από τους A. Ορλάνδο, Δ. Πικιώνη, A. Ζάχο και K. Παρθένη, είχε αναγνωρίσει στα προσχέδια εικονογράφησης του έργου ότι ο καλλιτέχνης είχε πλέον φτάσει στην ανάγκη μιας εργασίας αφαιρέσεως και ότι είχε συνειδητοποιήσει πραγματικά τη βυζαντινή τέχνη ως τέχνη. Στην ουσία είχε συλλάβει τα βάθη της βυζαντινής τέχνης, στοιχείο που υψώνει τα έργα του Παπαλουκά σε τόπο απείραχτο από τον χρόνο.
Η επίγνωση αυτή ήταν η μεγάλη προσφορά του Αγίου Ορους στον Παπαλουκά.