Παρά τις δυσκολίες το επιστημονικό προσωπικό του ΕΙΕ στα έξι ινστιτούτα παράγει σπουδαίο έργο, το καθένα στον τομέα του, με επιδόσεις που επιβραβεύονται από τη διεθνή επιστημονική κοινότητα, και έχουν στο ενεργητικό τους έναν τεράστιο κατάλογο εκδόσεων που εμπλουτίζουν την ελληνική, αλλά και τη διεθνή βιβλιογραφία.
Πρόσφατα, το Ινστιτούτο Θεωρητικής και Φυσικής Χημείας πραγματοποίησε, σε συνεργασία με χώρες της Μεσογείου, ένα πρόγραμμα μελέτης των υλικών και των τρόπων κατασκευής των κεραμικών της Μεσογείου. Το Ινστιτούτο Βυζαντινών Ερευνών έχει στήσει, εδώ και δέκα μήνες, το 1ο διεθνώς ηλεκτρονικό επιστημονικό περιοδικό βυζαντινών σπουδών με ελεύθερη πρόσβαση, εξασφαλίζοντας χρήματα από το πρόγραμμα «Κοινωνία της Πληροφορίας».
Ο επί πολλά χρόνια διευθυντής του Ινστιτούτου Νεοελληνικών Ερευνών, ιστορικός Βασίλης Παναγιωτόπουλος, προχωράει πιο πέρα. Σε δημόσια τοποθέτησή του με θέμα «Η μεταρρύθμιση του ελληνικού πανεπιστημίου» (Αθήνα 2007) θέτει το ερώτημα: «Γιατί όχι ένας συνδυασμός έρευνας και διδασκαλίας στον ίδιο θεσμό; Δηλαδή, επί παραδείγματι, ένα ερευνητικό πανεπιστήμιο;» Και καταγράφει γλαφυρά τα οργανωτικά ζητήματα των ερευνητικών ιδρυμάτων στην Ελλάδα: «Πρώτον, το μικρό μέγεθος της χώρας. Μερικές φορές χάνουμε τις αναλογίες, δεν κατανοούμε ότι είμαστε μια μικρή χώρα με περιορισμένες οικονομικές δυνατότητες και τις ανάλογες συνέπειες. Δεύτερον, οι χαμηλοί διαθέσιμοι πόροι για την έρευνα. Τρίτον, ο μεγάλος αριθμός των ερευνητικών κέντρων και ο μικρός αριθμός των ερευνητών. Αυτό είναι ένα μεγάλο πρόβλημα που σχετίζεται με τον τρόπο λειτουργίας της Γεν. Γραμματείας Ερευνας και Τεχνολογίας, τη σύγχυση επιστημονικών και διοικητικών αρμοδιοτήτων και το οργανόγραμμα των εποπτευόμενων οργανισμών. Η κατάσταση επιδεινώθηκε με την άφιξη των κοινοτικών χρηματοδοτήσεων που, εκτός εξαιρέσεων, κατευθύνθηκαν σε εφήμερα, αδέσποτα και χωρίς συνέχεια ερευνητικά έργα, ερήμην και κατά παράκαμψιν των καχεκτικών και υποχρηματοδοτούμενων κέντρων του ερευνητικού ιστού της χώρας. Τέταρτον, και σπουδαιότερον όλων, η σχέση της έρευνας με την αγορά. (…) Η ελληνική αγορά, η περιορισμένη βιομηχανία της χώρας μας, οι επιχειρήσεις υπηρεσιών, όλα αυτά που συνθέτουν την ελληνική οικονομία, έχουν μικρές ανάγκες πρωτότυπης ερευνητικής στήριξης, για την οποία μάλιστα, και για τους δικούς της λόγους, δεν είναι διατεθειμένη να πληρώσουν ούτε ένα ευρώ». Και πιο κάτω γίνεται σαφής και σκληρός: «Η έρευνα δεν παράγει προϊόντα στην Ελλάδα, αλλά παράγει ένα άλλο σπουδαίο «προϊόν», ένα επίσης «εμπορεύσιμο» προϊόν, που είναι το ανθρώπινο δυναμικό. Εκπαιδεύει δηλαδή υψηλότερου επιπέδου επιστημονικό προσωπικό. Είναι παραγωγός γνώσης όχι αποτυπωμένης, ενσωματωμένης μέσα στα «προϊόντα», αλλά μέσα στο ανθρώπινο δυναμικό».
Ενα δυναμικό που αναγκάζεται να κλέβει από τον παραγωγικό του χρόνο για να εξασφαλίσει κονδύλια συνέχισης του επιστημονικού έργου. Πενήντα χρόνια μετά την ίδρυση του ΕΙΕ, το θέμα της έρευνας στην Ελλάδα χρειάζεται οργάνωση, ορθολογισμό και γενναιοδωρία.