«Οταν ετοιμάζαμε τις εκθέσεις του μουσείου, ήταν μαζί μας μέχρι την τελευταία ώρα, δραστήριος και αεικίνητος. Πάντα μας εμψύχωνε και μας στήριζε με τον ενθουσιασμό του, όπως συνέβη επίσης με το πρόγραμμα για τον εορτασμό των 200 χρόνων από την κήρυξη της Ελληνικής Επανάστασης», μας λέει η Δήμητρα Κουκίου, προϊσταμένη της Βιβλιοθήκης και αναπλ. διευθύντρια του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου (ΕΙΜ). Ο Ιωάννης Μαζαράκης-Αινιάν θα λείψει από την επετειακή έκθεση του ΕΙΜ «ΕΠΑΝΑCYσταση ’21», μολονότι την υποστήριξε θερμά. Εφυγε από τη ζωή πλήρης ημερών –ήταν 98 ετών– και, όπως σχολιάζει η κ. Κουκίου, η απώλειά του για το μουσείο «έχει τη βαρύτητα και τη συγκίνηση της απώλειας μιας πατρικής φυσιογνωμίας».
Διαβάστε ακόμη: Ιωάννης Μαζαράκης-Αινιάν: Ένας ακούραστος εργάτης της πατρίδας
«Η καθημερινή συνεργασία μαζί του ήταν μια αποκάλυψη», θυμάται η κ. Κουκίου για τις συναντήσεις τους με αντικείμενο τη Βιβλιοθήκη του ΕΙΜ. «Εκείνο όμως που κρατάω περισσότερο από εκείνον ήταν η φροντίδα του για τον εμπλουτισμό των βιβλιοθηκών των σχολείων της χώρας, κυρίως στις παραμεθόριες περιοχές και στα νησιά, αλλά και στα ελληνόφωνα σχολεία του εξωτερικού. Ακόμη θυμάμαι την προσπάθειά του για να φθάσουν με ασφάλεια τα βιβλία μας σε ελληνικά σχολεία της Λατινικής Αμερικής», σχολιάζει.
Ακάματος μελετητής της νεότερης ελληνικής ιστορίας, σταθερά προσανατολισμένος στην προαγωγή της ιστορικής έρευνας με διαλέξεις και εκδόσεις, συνέγραψε πλήθος ιστορικών μελετών που αποτελούν σημαντικές πηγές για τους νεότερους ερευνητές (ενδεικτικά αναφέρουμε τα «Ακρόπρωρα του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου», το «Σημαίες Ελευθερίας», το φωτογραφικό λεύκωμα «Η εκστρατεία της Μικράς Ασίας» κ.ά.). Εχει προλογίσει σχεδόν όλες τις εκδόσεις της ΙΕΕΕ και τους καταλόγους εκθέσεων του ΕΙΜ.
Από το σύνολο του συγγραφικού έργου του, η πλειονότητα σχετίζεται με την Ελληνική Επανάσταση. Δύο είναι οι εμβληματικές εκδόσεις του: τα «Φυλλάδια του Αγώνα» και τα «Φιλελληνικά φυλλάδια», εξαιρετικά βοηθήματα για όποιον μελετάει την εκδοτική δραστηριότητα των επαναστατημένων Ελλήνων και τον φιλελληνισμό. Η έκδοση αυτή έχει εξαντληθεί, αλλά με την υποστήριξη του ίδιου η Εταιρεία προχώρησε στη μετάφραση ορισμένων φιλελληνικών εκδόσεων, και μία από αυτές, το «Υπόμνημα της Ελλάδος» του Ρενέ ντε Σατωμπριάν, απέδωσε ο ίδιος στα ελληνικά (εκδ. 2020).
Από τις πολλές μελέτες που συνέγραψε να αναφέρουμε ότι η έκδοση «Σφραγίδες Ελευθερίας 1821-1827», που περιλαμβάνει σφραγίδες κοινοτήτων, μοναστηριών, σφραγίδες της Προσωρινής Διοικήσεως της Ελλάδος, της Ελληνικής Πολιτείας και προσωπικές σφραγίδες, έχει βραβευθεί από την Ακαδημία Αθηνών. Τέλος, η μελέτη «Τα ελληνικά τυπογραφεία του Αγώνα 1821-1827» μεταφράστηκε το 2020 στα αγγλικά.