Αδιευκρίνιστο παραμένει το ύψος της συζητούμενης αύξησης του συντελεστή φόρου χωρητικότητας που επιβάλλεται επί πλοίων ελληνικής και ξένης σημαίας που λειτουργούν ή και διαχειρίζονται γραφεία εγκατεστημένα στην Ελλάδα, την οποία προβλέπει η ελληνική πρόταση προς τους θεσμούς. Το αυτό ισχύει και για την αναφορά σε «σταδιακή κατάργηση ειδικών φορολογικών καθεστώτων της ναυτιλιακής βιομηχανίας». Ορισμένοι κύκλοι της ελληνόκτητης ποντοπόρου ναυτιλίας εκτιμούν πως η πρώτη από τις δύο παραπάνω προτεινόμενες ενέργειες θα γίνει κατόπιν διαβούλευσης με την κυβέρνηση. Δηλώνουν, ωστόσο, πως όσο δεν θίγεται υπέρμετρα η ανταγωνιστικότητα της ελληνόκτητης ποντοπόρου ναυτιλίας, «υπάρχουν και περιθώρια και διάθεση να συνεισφέρει ο κλάδος». Το ζήτημα πάντως έχει και συνταγματικές προεκτάσεις αφού με το άρθρο 107 και τον νόμο 27/1975 οριοθετούνται επακριβώς τα περιθώρια παρεμβάσεων της εκάστοτε κυβέρνησης.
Σημειώνεται πως σύμφωνα με την ετήσια έκθεση της Ενώσεως Ελλήνων Εφοπλιστών που δημοσιεύτηκε στα μέσα Ιουνίου, η ελληνική ναυτιλιακή κοινότητα συνεισέφερε στην οικονομία της χώρας με αύξηση κατά 9,04% του ναυτιλιακού συναλλάγματος και με συμφωνία προαιρετικής εισφοράς 420 εκατ. ευρώ που κατανέμονται στα έτη 2013-2016. Επιπροσθέτως, από το 2013 επιβάλλεται ο ελληνικός φόρος χωρητικότητας επί πλοίων ξένης σημαίας που λειτουργούν ή διαχειρίζονται από την Ελλάδα μετά από αφαίρεση της ενδεχόμενης πληρωμής φορολογίας των ανωτέρω πλοίων στη χώρα της σημαίας τους.
Πηγές της Ακτής Μιαούλη σχολιάζοντας τους ισχυρισμούς της Κομισιόν περί «ειδικών φορολογικών καθεστώτων» θυμίζουν, πάντως, πως το ελληνικό μοντέλο φορολογίας της ναυτιλίας, δηλαδή ο φόρος χωρητικότητας (tonnage tax) των πλοίων, ελέγχθηκε και εγκρίθηκε κατά την ένταξη της Ελλάδας στην Ε.Ε. και υιοθετήθηκε από σχεδόν όλα τα κράτη-μέλη της Ε.Ε. και μάλιστα σε ορισμένα κράτη με ακόμη πιο ευνοϊκή δομή. Οσον αφορά τα άλλα φορολογικά έσοδα του ελληνικού Δημοσίου, εκτός του φόρου χωρητικότητας, από τη ναυτιλία σημειώνουν πως αυτά περιλαμβάνουν τους φόρους εισοδήματος και τις εισφορές που εισπράττονται από τους απασχολούμενους Ελληνες και ξένους εργαζόμενους στις συνδεόμενες με την ποντοπόρο εταιρείες, και τη συνεισφορά κοινωνικής αλληλεγγύης, που όπως όλοι οι φορολογούμενοι πληρώνουν και οι εφοπλιστές επί των μερισμάτων που εισάγουν για δική τους χρήση.