Τον Ιανουάριο του 1992, η Aegean Aviation γίνεται η πρώτη ιδιωτική αεροπορική εταιρεία που αποκτά άδεια αερομεταφορών. Δύο χρόνια αργότερα, η Aegean Aviation περιέρχεται στον όμιλο εταιρειών Βασιλάκη, ο οποίος επενδύει σε ιδιόκτητα LearJet για πτήσεις VIP. Τυπικά η Aegean Airlines γεννιέται τον Μάρτιο του 1999 με την ίδρυση της εταιρείας. Δύο μήνες αργότερα εκτελούνται οι πρώτες πτήσεις από την Αθήνα προς το Ηράκλειο και τη Θεσσαλονίκη με τα δύο καινούργια αεροσκάφη τύπου JET AVRO RJ100. Δύο νέοι προορισμοί (Ρόδος, Χανιά) προστίθενται στο δίκτυό της τον Ιούνιο. Αλεξανδρούπολη και Κέρκυρα εξυπηρετούνται από το τρίτο RJ που αποκτά η εταιρεία τον Οκτώβριο. Στο τέλος του ίδιου χρόνου εξαγοράζει την Air Greece, παραλαμβάνει ακόμη ένα αεροσκάφος και ξεκινά πτήσεις προς Μυτιλήνη.
Τον επόμενο Μάιο ο 11ος προορισμός της είναι η Σαντορίνη. Από τον Ιούλιο του 2000 ο στόλος της αποτελείται από 6 RJ, με τα οποία πετά σε 11 προορισμούς σε όλη τη χώρα με περισσότερες από 80 πτήσεις καθημερινά. Ανοίγει τα φτερά της στο εξωτερικό τον Απρίλιο του 2001, έχοντας ενώσει τις δυνάμεις της με την Cronus Airlines. Τον Οκτώβριο του 2003 αποτελεί την πρώτη ελληνική αεροπορική εταιρεία που παρέχει τη δυνατότητα έκδοσης ηλεκτρονικού εισιτηρίου. Τον Νοέμβριο του 2005 ξεκινά πτήσεις κοινού κωδικού με τη Lufthansa. Τον Δεκέμβριο του ίδιου χρόνου παραγγέλνει τα 8 πρώτα Α320 της Airbus. Στις αρχές του 2008 η παραγγελία της εταιρείας προς την Airbus περιλαμβάνει 27 Α320 και 321. Προχωρά σε συμφωνία για την εξαγορά της Olympic Air τον Φεβρουάριο του 2010, ενώ τον Ιούνιο του ίδιου χρόνου γίνεται μέλος της Star Alliance. Τον Οκτώβριο του 2013, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή Ανταγωνισμού εγκρίνει την εξαγορά της Olympic Air από την Aegean, η οποία ολοκληρώνεται λίγες ημέρες αργότερα.
Με όπλο τον στόλο της, το επόμενο θέρος η Aegean θα δραστηριοποιείται σε ένα δίκτυο 153 προορισμών, σε 44 χώρες, διαθέτοντας 16,6 εκατ. θέσεις, ενισχυμένες κατά 700.000 θέσεις σε σχέση με το 2017. Στο μεταξύ, το ερχόμενο καλοκαίρι η εταιρεία θα επιχειρεί με 3 νέα αεροσκάφη (2 καινούργια και ένα το οποίο θα μεταφέρει στην Αθήνα από την Κύπρο) αγγίζοντας τα 49.