Με δυσκολίες πορεύεται και η γερμανική ναυτιλία. Aκόμη και με κρατικές επιδοτήσεις, δεν έχει αποφευχθεί η μετανάστευση εταιρειών σε χώρες με ευνοϊκότερο μισθολογικό και φορολογικό καθεστώς όπως η Λιβερία, η Μάλτα και η Πορτογαλία, σύμφωνα με δημοσίευμα της Deutsche Welle με αφορμή τη διεθνή έκθεση ναυτιλίας και ναυπηγικής Schiffbau-Messe SMM. Κάτω από τις υφιστάμενες συνθήκες, μόνο 375 πλοία της εμπορικής ναυτιλίας ταξιδεύουν με γερμανική σημαία. Tα υπόλοιπα 4.000 πλοία κινούνται με ξένες σημαίες.
Το Βερολίνο, ως εκ τούτου, δεν έχει τα περιθώρια να καταργήσει οικονομικά κίνητρα που προσφέρει στον κλάδο εμπορικής ναυτιλίας από τα τέλη της δεκαετίας του ’90. Το μη μισθολογικό κόστος του διοικητικού προσωπικού στην εμπορική ναυτιλία επιδοτείται με 60 εκατ. ευρώ ανά έτος. Δηλαδή, οι αποδοχές των καπετάνιων, που κυμαίνονται, κατά μέσον όρο, στα 150.000 ευρώ. επιδοτούνται με 16.000 ευρώ. Τα κίνητρα αυτά χρησιμεύουν ως αντιστάθμισμα νομοθεσίας, που, αν και επιτρέπει την πρόσληψη ναυτικών από το εξωτερικό όπου ισχύουν χαμηλότερα ημερομίσθια, υποχρεώνει τους αξιωματικούς να έχουν εκπαιδευτεί και να αμείβονται με βάση γερμανικά κριτήρια.
Προ τριετίας, το Βερολίνο εξέτασε το ενδεχόμενο να καταργήσει τις ωφέλιμες για τη ναυτιλία επιδοτήσεις, ωθώντας αρκετούς εφοπλιστές να αλλάξουν σημαία στα πλοία τους, αναζητώντας χαμηλότερες εργοδοτικές και φορολογικές επιβαρύνσεις. Κατόπιν τούτου, η γερμανική κυβέρνηση διατήρησε τις επιδοτήσεις, με αποτέλεσμα εταιρείες σαν την German Tanker Shipping να επιστρέφουν στη Γερμανία το 2014. Ενα ακόμη κίνητρο για τις γερμανικές εταιρείες εμπορικής ναυτιλίας είναι ότι δεν επιβαρύνονται με φόρους επί των κερδών τους, αλλά από το μέγεθος του πλοίου.
Η μισθοδοσία των ναυτικών στη Γερμανία καθορίζεται επίσημα από συλλογική σύμβαση εργασίας ανάμεσα στη συνδικαλιστική ένωση Ver.Di και στον Ομοσπονδιακό Σύνδεσμο Γερμανών Εφοπλιστών. Παραπλεύρως, όμως, γίνονται επιμέρους διαπραγματεύσεις μεταξύ εργοδοτών και εργαζομένων. Αυτό το γεγονός παίζει αρνητικό ρόλο στις προοπτικές απασχόλησης των αποφοίτων από τις Σχολές Ναυτιλίας στη Γερμανία, επισημαίνεται από την ένωση Ver.Di.