Το υπουργείο Απασχόλησης με τους Οργανισμούς του αναδείχτηκε και το 2006 ως ένα από τα πλέον απρόβλεπτα και δύσκολα υπουργεία για τους πολιτικούς προϊσταμένους του. Λίγες ημέρες πριν εκπνεύσει το 2005, στις 12 Δεκεμβρίου, παραιτείται ο πρόεδρος του Οργανισμού Εργατικής Κατοικίας κ. Οικονομόπουλος υπό το βάρος καταγγελιών κατασκευαστικών εταιρειών.Τον Φεβρουάριο του 2006 ο ανασχηματισμός οδηγεί σε έξοδο από την κυβέρνηση τον υπουργό κ. Π. Παναγιωτόπουλο και τον υφυπουργό Κοινωνικής Προστασίας κ. N. Αγγελόπουλο. Τρεις μήνες μετά θα οδηγηθεί σε παραίτηση και ο γενικός γραμματέας Κοινωνικής Προστασίας κ. Δημ. Κωστόπουλος, με αφορμή δηλώσεις του περί του χρηματιστηριακού σκανδάλου σε εκδήλωση του ΣΜΕΧΑ.
Με την αποχώρηση του κ. Δημ. Κωστόπουλου ολοκληρώνεται από τον υπουργό κ. Σ. Τσιτουρίδη η αλλαγή των προσώπων σε όλους τους ακανθώδεις τομείς του υπουργείου. Με εξαίρεση την παραμονή του κ. Γερ. Γιακουμάτου, του διοικητή του ΟΑΕΔ κ. Γ. Βερναρδάκη και του γενικού γραμματέα του υπουργειου κ. Κοντού, νέα πρόσωπα έρχονται και τοποθετούνται σε καίρια πόστα (οργανισμού και γραματείες). Αλλάζει ο επικεφαλής της Γραμματείας Διαχείρισης Κοινοτικών Πόρων και δημιουργείται νέα Ειδική -και με συντονιστικό ρόλο για τους Οργανισμούς- Γραμματεία υπό τον κ. Ευγ. Παπαδόπουλο.
Ακύρωση σχεδίων
Μια αναπάντητη κλήση στο κινητό του τελευταίου από εμπλεκόμενο στην υπόθεση ΜΕΒΓΑΛ τον Σεπέμβριο, θα αλλάξει τον ρουν των πραγμάτων στο υπουργείο που μέχρι τότε έδειχνε ότι «έτρεχε» με πρωτόγνωρους ρυθμούς. Οι βολές κατά της ηγεσίας του υπουργείου θα μεταβάλουν τους ρυθμους υλοποίησης των υπουργικών εξαγγελιών. Θα ακυρώσουν σχέδια και θα θέσουν τον κ. Σ. Τσιτουρίδη, που μέχρι τότε χαρακτηριζόταν από υψηλούς δείκτες διαχειριστικής ικανότητας, σε μια ιδιότυπη «ομηρία».
Ως απόρροια αυτής της κατάστασης, η μετά τον Σεπτέμβριο πορεία του υπουργείου δεν επιβεβαιώνει τις εξαγγελιες για αλλαγή στο σύστημα διαχείρισης της κινητής και ακίνητης περιουσίας (αν και συστάθηκε επιτροπή), δεν οδηγεί σε διαγωνισμούς για την επιλογή τραπεζών που θα εξυπηρετούν τα ασφαλιστικά ταμεία, ενώ εγκαταλείπονται οι σκέψεις για άρση του «μονοπωλίου» του ΟΑΕΔ στην υλοποίηση των πολιτικών απασχόλησης.
Είναι σαφές ότι η κρίση του Σεπτέμβρη οδήγησε σε υποβάθμιση ή σε αναβολή παρεμβάσεων εκσυγχρονιστικού χαρακτήρα.
Η ρύθμιση του ΙΚΑ
Ωστόσο, σε αυτήν τη δεύτερη περίοδο της θητείας Τσιτουρίδη αναβαθμίζονται άλλα θέματα. Δρομολογείται το Ταμείο Κοινωνικής Αλληλεγγύης και συγκαλείται τρεις φορές η Εθνική Επιτροπή Απασχόλησης.
Προχωρεί η σύσταση της επιτροπής εμπειρογνωμόνων για το ασφαλιστικό.Ολοκληρωνεται και ψηφίζεται το σχέδιο νόμου με το οποίο διορθώνονται προβλήματα του ΤΣΜΕΔΕ, βελτιώνοντας τις συντάξεις των μηχανικών, ενώ προωθήθηκε και η πλέον ευνοϊκή ρύθμιση για την αποπληρωμή εισφορών στο IKA και σε άλλα μεγάλα Ταμεία.
Μέσα στο 2006 διευθετήθηκαν από την πλευρά του υπουργείου Απασχολησης και οι εκκρεμότητες που αφορούσαν το ασφαλιστικό των τραπεζών. Επίσης, παρατάθηκε η λειτουργία της A.E. Ολυμπιακο Χωριό και ξεκίνησε η διαδικασία για την πιστοποίηση των επαγγελματικών δεξιοτήτων με την ενεργοποίηση του φορέα που συνδέει την αρχική με την επαγγελματική κατάρτιση.