Απευθείας στον πρωθυπουργό θα υπάγεται η νέα ειδική γραμματεία που θα εποπτεύει τις εφορίες, τα τελωνεία και τους άλλους κρίκους του ελεγκτικού μηχανισμού. Η δημιουργία της νέας γραμματείας εκτιμάται ότι θα αποτελέσει βήμα για τον περιορισμό της διαφθοράς που εκδηλώνεται κυρίως εντός των πυλών του υπουργείου Οικονομικών.
Το σχέδιο νόμου που καταρτίζεται από την κυβέρνηση και θα προωθηθεί στη Βουλή το πρώτο τρίμηνο του 2008 θα προβλέπει επίσης σημαντικές αλλαγές στις ελεγκτικές υπηρεσίες.
Στα σχέδια του οικονομικού επιτελείου είναι η κατάργηση των περιφερειακών διευθύνσεων της Υπηρεσίας Ειδικών Ελέγχων (πρώην ΣΔΟΕ) και η μετάθεση των υπαλλήλων στις κατά τόπους εφορίες. Συνολικά η ΥΠΕΕ θα αριθμεί από τα 1.000 στελέχη που έχει σήμερα περί τα 300, ενώ θα καταργηθούν τα επτά Περιφερειακά Ελεγκτικά Κέντρα (ΠΕΚ), οι υπάλληλοι των οποίων θα στελεχώσουν τα τμήματα ελέγχου των εφοριών.
Εντός του έτους θα είναι έτοιμο και το νέο ηλεκτρονικό σύστημα ελέγχων. Το ηλεκτρονικό δίχτυ που απλώνει το υπουργείο Οικονομικών σε όλη την παραγωγική δραστηριότητα αναμένεται να δυσκολέψει το έργο των επιτήδειων που φοροδιαφεύγουν συστηματικά, ενώ ταυτόχρονα θα ελέγχονται και οι ελεγκτές. Κάθε κίνησή τους θα καταγράφεται στο ηλεκτρονικό σύστημα το οποίο θα παρακολουθούν στελέχη της ειδικής γραμματείας.