Τον συμψηφισμό του ΦΠΑ που οφείλουν οι επιχειρήσεις στο Δημόσιο με τον ΦΠΑ που χρωστούν οι φορείς της γενικής κυβέρνησης στις επιχειρήσεις προβλέπει το πολυνομοσχέδιο. Εως σήμερα ο συμψηφισμός γινόταν αποκλειστικά και μόνο για οφειλές ΦΠΑ ιδιωτών με απαιτήσεις ΦΠΑ από τον στενό δημόσιο τομέα (υπουργεία και φορείς της κεντρικής διοίκησης). Με τις προωθούμενες διατάξεις ο ΦΠΑ που οφείλουν στο Δημόσιο οι επιχειρηματίες θα μπορεί να συμψηφίζεται και με τα ποσά ΦΠΑ που χρωστούν στις επιχειρήσεις οι δήμοι, οι Περιφέρειες, οι ΔΕΚΟ, τα ασφαλιστικά Ταμεία, τα ΝΠΔΔ, τα ΝΠΙΔ, τα νοσοκομεία και άλλοι φορείς.
Οπως αναφέρεται στη σχετική διάταξη, ο αναλογών ΦΠΑ που έχει βεβαιωθεί και προσδιορισθεί συμψηφίζεται με τον ΦΠΑ με βάση την υποβαλλόμενη από τον υπόχρεο αρχική εμπρόθεσμη περιοδική δήλωση ΦΠΑ. Ο συμψηφισμός διενεργείται αυτοδικαίως και υποχρεωτικά, με την καταχώριση του σχετικού παραστατικού στοιχείου από τον φορέα της Γενικής Κυβέρνησης, σε ηλεκτρονική εφαρμογή, το οποίο διασταυρώνεται με τα καταχωρισμένα από τον εκδότη του φορολογικού στοιχείου δεδομένα στην ίδια ηλεκτρονική εφαρμογή, εφόσον μεσολαβήσει έγγραφη αποδοχή του συμψηφισμού από πλευράς φορολογουμένου.
Κατά την υποβολή της ηλεκτρονικής περιοδικής δήλωσης ΦΠΑ, εμφανίζονται τα ήδη συμψηφισθέντα τιμολόγια, εφόσον έχει προηγουμένως γίνει ηλεκτρονική διασταύρωση και ταυτοποίηση των στοιχείων που εισάγονται. Οι φορείς της Γενικής Κυβέρνησης υποχρεούνται να καταχωρίζουν τα εν λόγω τιμολόγια μετά την υποβολή των τιμολογίων των προμηθευτών τους προς πληρωμή, και εντός αποκλειστικής προθεσμίας πέντε εργάσιμων ημερών από την υποβολή τους από τους προμηθευτές και σε κάθε περίπτωση δύο ημέρες πριν από την εκπνοή της προθεσμίας εμπρόθεσμης υποβολής του υπόχρεου σε υποβολή δήλωσης ΦΠΑ.
Μετά την αποδοχή του συμψηφισμού, οι φορείς της Γενικής Κυβέρνησης υποχρεούνται να προβαίνουν στην εξόφληση του ποσού αυτού μέχρι και του ύψους του αναλογούντος ΦΠΑ, εντός αποκλειστικής προθεσμίας δύο ημερών πριν από την εκπνοή του μήνα στον οποίο εμπρόθεσμα υποβλήθηκε η δήλωση του υπόχρεου σε υποβολή δήλωσης ΦΠΑ. Οπως αναφέρεται στο σχετικό άρθρο, οι φορείς της Γενικής Κυβέρνησης, οι οποίοι δεν αποδίδουν τον οφειλόμενο ΦΠΑ για λογαριασμό των προμηθευτών τους, υπόκεινται είτε σε ισόποση μείωση του προϋπολογισμού τους, εάν πρόκειται για φορείς της κεντρικής διοίκησης, είτε σε ισόποση περικοπή των επιχορηγήσεών τους ή κάθε είδους μεταβιβαστικών προς αυτούς πληρωμών, εάν πρόκειται για επιχορηγούμενους φορείς, είτε σε περικοπή του προϋπολογισμού του εποπτεύοντος φορέα εάν πρόκειται για μη επιχορηγούμενους φορείς. Σε περίπτωση που η δαπάνη κριθεί μη νόμιμη ή/και μη κανονική ο φορέας δεν διατηρεί απαίτηση έναντι του Δημοσίου για επιστροφή ΦΠΑ και αναζητεί το ποσό του ΦΠΑ που κατέβαλε από τον ιδιώτη/κομιστή του τιμολογίου.