Η Εκκλησία πέρασε δύσκολες μέρες κατά την περίοδο της καραντίνας. Υπέστη εσωτερικούς κλυδωνισμούς και αντιμετώπισε επώδυνα διλήμματα, με κορυφαίο το θέμα της Θείας Κοινωνίας, για το οποίο υπήρξαν διαφορετικές προσεγγίσεις στο εσωτερικό της.
Το ερώτημα εάν μεταδίδεται διά της μετάληψης ο κορωνοϊός δίχασε την Ιεραρχία, τους θεολόγους αλλά και τους πιστούς. Τώρα, με την επαναλειτουργία των χώρων λατρείας, οι πιστοί θα μεταλαμβάνουν κανονικά, αλλά μόνο στην Εκκλησία «εσωτερικού», την εντός Ελλάδος δηλαδή, που αναλαμβάνει μεγάλο ρίσκο. Στην Ελληνορθόδοξη Εκκλησία «εξωτερικού», ωστόσο, η μεταλαβιά δεν θα δίδεται με το κοχλιάριον, τουλάχιστον όχι με το ίδιο. Οι ιεράρχες της επέλεξαν να ακούσουν τους ειδικούς. Ετσι, ο Αρχιεπίσκοπος Αμερικής κ. Ελπιδοφόρος αποφάσισε Θεία Κοινωνία προσωρινά να προσφέρεται με κουτάλια μιας χρήσης, ο Αυστρίας να δίδεται στο χέρι με τη λαβίδα άρτος εμβαπτισμένος στον οίνον και ο Γερμανίας συμμορφώθηκε με την απαγόρευση της Θείας Μετάληψης με το ίδιο κουτάλι, από τις Αρχές. Η επιδημία αφήνει πίσω της, στον βαθμό που θα θεωρήσουμε ότι οδεύει προς το τέλος της, εσωτερικό ρήγμα στην Ορθόδοξη Εκκλησία, με επίκεντρο το μυστήριο των μυστηρίων, τη Θεία Ευχαριστία. Στον «πόλεμο της Αγίας Λαβίδας» συγκρούστηκαν η επιστήμη και η παράδοση, με αντίκτυπο στο εσωτερικό της Εκκλησίας. Οι σκληροί της Ιεραρχίας μετήλθαν όλων των μέσων για να υπερασπιστούν το «αμόλυντο» της μετάληψης και γενικότερα τη λειτουργία εν μέσω πανδημίας των ναών. Ο γνωστός κ. Αμβρόσιος προέβη σε γραφικούς αφορισμούς του πρωθυπουργού και δύο υπουργών και, στην Κρήτη, ο ιερέας κ. Χαράλαμπος Κοπανάκης κλήθηκε σε απολογία από τον τοπικό μητροπολίτη διότι τόλμησε να δηλώσει ότι θα μπορούσε να αλλάξει ο τρόπος μετάληψης, ώστε να προστατευθεί η υγεία των πιστών. Ο Αρχιεπίσκοπος κ. Ιερώνυμος πέρασε και αυτός δύσκολες ώρες. Παρά τις ισχυρές έσωθεν αντιδράσεις, που τον «έσπρωχναν» σε ρήξη με το κράτος, κατάφερε να ισορροπήσει τα πράγματα εντός και εκτός Εκκλησίας, με γνώμονα την προστασία της ανθρώπινης ζωής, υπέρτατο δώρο του Θεού, και την ενότητα της Εκκλησίας, χωρίς να φιμώσει τη διαφορετική άποψη. Σε μια κίνηση με συμβολισμούς, μάλιστα, στην Ανάσταση της Τρίτης δεν δίστασε να χαιρετίσει, εκ του μακρόθεν, μια «αφορισμένη», την υπουργό κ. Κεραμέως.
Με άλλα λόγια, στάθηκε στο ύψος των περιστάσεων, αποδείχθηκε πραγματικός ηγέτης.