Οι διαφορές μεταξύ του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως και της Αυτοκέφαλης Εκκλησίας της Ελλάδος είναι ίσως πολλές και σοβαρές. H διαφωνία όμως για την εκλογή μητροπολίτου Θεσσαλονίκης πρέπει να οφείλεται σε παρεξήγηση ή, το χειρότερο, σε καλογερικό πείσμα. Δεν μπορούμε να φαντασθούμε άλλο λόγο πιο σοβαρό. Επειδή, δε, ανακύπτουν και μερικά ευαίσθητα θέματα εξωτερικής πολιτικής, η κυβέρνηση όφειλε να ενημερώσει τουλάχιστον το Φανάρι για ενδεχόμενες «παράπλευρες απώλειες» των διεκδικήσεών του.
Η Αυτοκέφαλη Εκκλησία της Ελλάδος ασκεί τη διοικητική αρμοδιότητα (αν μπορούμε να μιλήσουμε για διοικητική αρμοδιότητα στην Ορθόδοξη Εκκλησία) των μητροπόλεων των «νέων χωρών» ουσιαστικά από την εποχή που οι χώρες αυτές απελευθερώθηκαν από τον τουρκικό ζυγό. Οταν και τυπικά (έστω υπό όρους) παραχωρήθηκε αυτή η αρμοδιότητα το 1928 είναι βέβαιο και από την προηγηθείσα και την επακολουθήσασα πρακτική ότι παραχωρήθηκε με τη λογική της Αυτοκεφαλίας. Οτι δηλαδή παραχωρείται σε Αυτοκέφαλο Εκκλησία, η οποία αδέσμευτη ρυθμίζει και αποφασίζει, σύμφωνα με τις προβλεπόμενες διαδικασίες, τα του οίκου της χωρίς να δίνει λογαριασμό σε κανέναν. Να υπενθυμίσουμε ότι η τάση αυτή προς την Αυτοκεφαλία υπήρξε ισχυρή και σε άλλες χώρες με ορθόδοξο πληθυσμό και κυρίως παράλληλη και συνδεδεμένη με την εθνική ολοκλήρωση.
Δεν είναι η πρώτη φορά που ο Πατριάρχης Βαρθολομαίος εγείρει αξιώσεις στις μητροπόλεις των νέων χωρών. Θεωρήθηκε ως τραγική κίνηση του Προκαθημένου των Ορθοδόξων Εκκλησιών, ο οποίος στερείται ποιμνίου και «εκκλησιαστικής επικράτειας». Το κενό αυτό προσπαθεί να το καλύψει διεκδικώντας διοικητική αρμοδιότητα σε άλλες Ορθόδοξες Εκκλησίες. Τα αποτελέσματα αυτών των παρεμβάσεων στην περίπτωση της Αρχιεπισκοπής Βορείου και Νοτίου Αμερικής, για μεγάλη περίοδο υπήρξαν άκρως αρνητικά.
Επειτα από αυτές τις απόπειρες διοικητικών παρεμβάσεων ο Πατριάρχης Βαρθολομαίος έδειξε να αντιλαμβάνεται διαφορετικά τον ρόλο του, ως πνευματικού ηγέτη της Ορθοδοξίας, τον οποίο με αυτήν την ιδιότητα τον αναγνωρίζουν όχι μόνο οι ομόδοξες, αλλά και οι ετερόδοξες χριστιανικές Εκκλησίες. Το Βατικανό τον Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως αναγνωρίζει δεύτερον τη τάξει και με αυτόν συνομιλεί. Αυτός είναι ο ρόλος του Πατριαρχείου και του Πατριάρχη.
Η εκλογή μητροπολίτου στη Θεσσαλονίκη είναι αποκλειστική αρμοδιότητα της Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Ελλάδος, με τις γνωστές διαδικασίες και το επίσης γνωστό παρασκήνιο που συνοδεύει κάθε εκλογή μητροπολίτη.