Επειδή οι Γάλλοι ανταγωνιστές των Γερμανών δεν προετίθεντο να αγοράσουν τα «ετοιμόρροπα» ναυπηγεία, οι Γερμανοί της HDW-Ferrostaal προσέγγισαν την ελληνική κυβέρνηση και εγκαίρως την τότε διοίκηση των ναυπηγείων υπό τον κ. Εμμανουήλ για να διαπραγματευθούν τη μεταβίβαση του 51% αυτών.
Οι κ. Χάουν και Μίλενμπεκ από τη Ferrostaal είχαν επανειλημμένως καταστήσει σαφές προς τους επικεφαλής του γερμανικού κονσόρτσιουμ ότι χωρίς τον Σωτήρη Εμμανουήλ στη συμμαχία τους θα ήταν δύσκολο να προχωρήσουν με τη σύμβαση των υποβρυχίων. Ηδη από την προσφυγή του Αλέξανδρου Αβατάγγελλου κατά της Ferrostaal στη διαιτησία την περίοδο 2006-2007 για χρήματα που δεν του είχαν καταβληθεί στο πλαίσιο της συμφωνίας προμηθευτών και μεσαζόντων είχε γίνει σαφές ότι εκτός από τον «κύκλο προσευχής», υπήρχε και η λεγόμενη «ομάδα Β», που είχε συνδεθεί όχι τόσο με την υπογραφή της σύμβασης όσο με την υλοποίησή της, μετά την περίοδο της υπουργίας του Ακη Τσοχατζόπουλου. Μάλιστα, η Ferrostaal είχε αναθέσει στον βρετανικό οίκο Control Risks να έρθει στην Ελλάδα για να κάνει επιτόπια μελέτη για τα ρίσκα «ενός συμβιβασμού με τον Αβατάγγελο». Τα έγγραφα αυτά οδήγησαν ουσιαστικά στην αποκάλυψη της υπόθεσης στη Γερμανία, αλλά παράλληλα αποκάλυψαν και τη ροή χρήματος προς ανθρώπους που φαινομενικά δεν έπαιζαν ρόλο στην εξέλιξη της σύμβασης· σε αυτούς φαίνεται να περιλαμβάνεται και ο Σωτήρης Εμμανουήλ που δέχθηκε σημαντικά ποσά σε εταιρεία του. Μία από αυτές φερόταν να μεσολαβεί στην αγορά χάλυβα από ιταλική εταιρεία για λογαριασμό της HDW. To τίμημα για την αγορά του χάλυβα κατατέθηκε στο όνομα εταιρείας που συνδέεται με τον Εμμανουήλ για την αγορά, ενώ η εταιρεία HDW παραδοσιακά αγόραζε χάλυβα από το συγκρότημα ΤhyssenKrupp και φυσικά όχι από ιταλική εταιρεία. Η ανάκριση θεώρησε την τιμολόγηση του χάλυβα εικονική.
Αγορές ακινήτων
Ηδη η έρευνα του ΣΔΟΕ στην αρχή της υπόθεσης, την περίοδο 2009-2010, είχε εντοπίσει ότι ένα μέρος των κεφαλαίων που διοχετεύθηκαν προς τον Εμμανουήλ δόθηκε για αγορές ακινήτων στο κέντρο της Αθήνας, ακόμα και κατά την περίοδο πολύ κοντά στην υπογραφή της σύμβασης. Υπάρχει βεβαίως το ερώτημα γιατί ο Σωτήρης Εμμανουήλ συνελήφθη τώρα και όχι, για παράδειγμα, πριν από μερικές εβδομάδες ή μερικούς μήνες. Νομικές πηγές επισήμαιναν ότι με τον τρόπο με τον οποίο καλείται να απολογηθεί, «η κλήση αντικαθίσταται από το ένταλμα σύλληψης, όπως ακριβώς συνέβη και για τον συγκατηγορούμενό του Γιάννη Μπέλτσιο».
O Εμμανουήλ είχε παίξει ρόλο όχι μόνο κατά τη διάρκεια της μεταβίβασης του ναυπηγείου στο γερμανικό κονσόρτσιουμ, αλλά και κατά τη διάρκεια της προσπάθειας της γερμανικής εταιρείας Thyssen να «ξεφορτωθεί» το Ναυπηγείο τα έτη 2008-2009, όταν συνεργαζόμενος με μεσάζοντα γερμανικού οίκου επιχείρησε να αγοράσει το ναυπηγείο αντί ενός ευρώ.