Κλιμακώνεται η αντιπαράθεση ανάμεσα στην Αρχιεπισκοπή και στις Θεολογικές Σχολές, με αφορμή την απόφαση του υπουργείου Παιδείας να προχωρήσει στην αναβάθμιση της εκκλησιαστικής εκπαίδευσης. Σε ανακοίνωση που φιλοξενείται στην ιστοσελίδα της Εκκλησίας κατηγορούνται «ορισμένοι» καθηγητές των δύο πανεπιστημιακών Θεολογικών Σχολών για συντεχνιακή αντίδραση. H κριτική επεκτείνεται και στους πολιτικούς αλλά και στους δημοσιογράφους, οι οποίοι διαφωνούν με το σχετικό νομοσχέδιο. Από την πλευρά τους οι καθηγητές των Θεολογικών Σχολών χαρακτηρίζουν απαξιωτική για την πανεπιστημιακή κοινότητα την ανυπόγραφη και ανεπίσημη «ηλεκτρονική ανακοίνωση» της διοίκησης της Εκκλησίας.
«Ο μεγάλος θόρυβος που δημιούργησαν πολιτικά και δημοσιογραφικά πρόσωπα εναντίον του νομοσχεδίου περί αναβαθμίσεως της Εκκλησιαστικής Εκπαιδεύσεως, αν δεν είναι κατευθυνόμενος και δεν υπηρετεί συγκεκριμένα αντιεκκλησιαστικά συμφέροντα, είναι προϊόν παραπληροφόρησης και συντεχνιακής αντίδρασης μερικών καθηγητών των δύο Θεολογικών Σχολών», σημειώνεται στην ιστοσελίδα. Επαναλαμβάνεται ότι οι νέες ακαδημίες θα λειτουργούν ως παραγωγικές σχολές της Εκκλησίας στα πρότυπα των αντίστοιχων σχολών των Ενόπλων Δυνάμεων και διατυπώνεται το ερώτημα «γιατί έχει ξεσηκωθεί η λυσσαλέα αυτή αντίδραση;». Δίνεται επίσης η διαβεβαίωση ότι πρόθεση της Εκκλησίας δεν είναι να διαμορφώσει στελέχη, που θα διαπνέονται από φονταμενταλιστικές ιδέες και ρατσισμό και τονίζεται ότι κανένας δεν μπορεί να κατηγορήσει τον αρχιεπίσκοπο «ότι επιβάλλει χομεϊνικού δήθεν τύπου σχολές». Στην ανακοίνωση σημειώνεται τέλος ότι η κ. Γιαννάκου «επέφερε μερικές ελαφρές αλλαγές» στο νομοσχέδιο, που είχαν προετοιμάσει οι προκάτοχοί της κ. Γερ. Αρσένης και Π. Ευθυμίου.
«Μας λυπεί ότι ορισμένα μέλη της Διοίκησης της Εκκλησίας επέλεξαν να απαντήσουν με απαξιωτικό τρόπο, μέσω της ιστοσελίδας της Εκκλησίας, στην κοινή προσπάθεια όλων των καθηγητών και φοιτητών των Θεολογικών Σχολών για τη διατήρηση ενός υψηλού επιπέδου πανεπιστημιακής εκπαίδευσης», σχολίασε ο κοσμήτορας της Θεολογικής Σχολής του ΑΠΘ, καθηγητής Χρήστος Οικονόμου. O κ. Οικονόμου υπογράμμισε ότι ο αγώνας των Θεολογικών Σχολών δεν έχει να κάνει με συντεχνιακές σκοπιμότητες και επισήμανε: «H δημιουργία των Ανωτάτων Εκκλησιαστικών Ακαδημιών αποτελεί ερασιτεχνικό εγχείρημα της Διοίκησης της Εκκλησίας που συμπαρασύρει και την Πολιτεία».