Την ίδια ώρα που η Διάσκεψη των προέδρων στη Βουλή των Ελλήνων αποφάσιζε να αναλάβει το Κοινοβούλιο ανάδοχος μέχρι την ενηλικίωση των δύο παιδιών του σμηναγού Κ. Ηλιάκη, εφόσον δεν ανευρεθεί ζωντανός, στην Ολομέλεια του Σώματος αναζητούνταν ένας τίμιος συμβιβασμός για τις δύο τροπολογίες περί ναοδομίας -που αφορά και την ανέγερση τζαμιών- και προσηλυτισμού που είχαν καταθέσει την προηγούμενη εβδομάδα βουλευτές από όλες τις πτέρυγες της Βουλής. Ηδη από τις πρώτες στιγμές μετά τη σύγκρουση των δύο μαχητικών στο Αιγαίο, βουλευτές της Ν.Δ., αλλά και των υπολοίπων κομμάτων, που είχαν συνυπογράψει τις δύο τροπολογίες, προβληματίζονταν για τον τρόπο πολιτικού χειρισμού. Δεν είναι, τυχαίο, άλλωστε ότι την τροπολογία στήριξαν, κατά τη χθεσινή συνεδρίαση, οι βουλευτές του ΠΑΣΟΚ με ιδιαιτέρως προσεκτικό λόγο.
Η υπουργός Παιδείας κ. Μαριέττα Γιαννάκου υιοθέτησε, εν τέλει, μόνον τη ρύθμιση που προβλέπει την κατάργηση της γνωμοδότησης του οικείου ορθόδοξου Μητροπολίτη για την ανέγερση ναών ή ευκτήριων οίκων άλλων δογμάτων. Για τα θέματα της Ναοδομίας παρέπεμψε στο αναμενόμενο για τον Σεπτέμβριο νομοσχέδιο του ΥΠΕΧΩΔΕ για τις οικοδομικές άδειες, ενώ απέρριψε την πρόταση μετατροπής του αδικήματος του προσηλυτισμού σε πλημμέλημα.
Ως προς τη γνώμη του μητροπολίτη, σημείωσε ότι «εν τη πράξει η Εκκλησία συνήθως απαντά αρνητικά, όμως το υπουργείο δεν έχει λάβει ποτέ υπ’ όψιν του την άποψη αυτή». Οπως αποκάλυψε «βρίσκονται σε εξέλιξη συζητήσεις για την ανέγερση τζαμιού, ενώ εκκρεμεί η χορήγηση άδειας ναού για τους πιστούς του δωδεκάθεου». Η κ. Γιαννάκου συμφώνησε ότι «η γνώμη του μητροπολίτη δεν είναι απαραίτητη», διευκρινίζοντας ότι την ίδια άποψη έχει και η Εκκλησία. Δεσμεύθηκε δε ότι θα φέρει, την Τρίτη, νέα τροπολογία με την οποία θα καταργείται η σχετική πρόβλεψη. Ωστόσο, η υπουργός Παιδείας υπήρξε κάθετη στο ζήτημα της χορήγησης από το υπουργείο άδειας ίδρυσης και λειτουργίας ναών που παραμένει ως έχει.
Συνταγματικούς λόγους επικαλέστηκε για την απόρριψη της τροπολογίας περί προσηλυτισμού. Υποστήριξε ότι η καταδίκη της Ελλάδας από το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο δεν αφορούσε το Σύνταγμα, αλλά τον τρόπο εφαρμογής του νόμου.
«Με την αποδοχή της τροπολογίας, έστω και εν μέρει, αίρεται ένας εκ των δύο λόγων που η Ελλάδα καταδικάζεται ετησίως από το Συμβούλιο της Ευρώπης», σχολίασε από την πλευρά του ο βουλευτής του ΠΑΣΟΚ κ. Ανδ. Λοβέρδος.
Αντίδραση υπήρξε και από τον βουλευτή Σερρών της Ν.Δ. Ευγ. Χαϊτίδη, για τους ακριβώς αντίθετους λόγους. Επεσήμανε ότι «στόχος είναι η αποδυνάμωση της Εκκλησίας» και εκτόξευσε τα βέλη του και προς το συνάδελφό του Νίκο Γεωργιάδη. «Δεν είναι ακριβές ότι όλες οι πτέρυγες της Βουλής υποστηρίζουν την τροπολογία. Από τη Ν.Δ. υπογράφουν μόνον δύο συνάδελφοι, εκ των οποίων ο ένας μάς έχει συνηθίσει να διαφωνεί».