«Με αξιώνει ο Θεός να ξαναγυρίσω στην Ιθάκη μου. Αισθάνομαι πολύ ευτυχής γιατί ξαναβρίσκομαι ανάμεσά σας. Ανάμεσα σε αυτόν τον λαό που τόσο με αγάπησε και τόσο έχω αγαπήσει. Ερχομαι να συνεχίσω τη θεραπεία. Με τη βοήθεια του Θεού, με την ομάδα των γιατρών, από Δευτέρα ξεκινάμε» ήταν τα πρώτα λόγια του Αρχιεπισκόπου επιστρέφοντας στην Αθήνα το μεσημέρι της 26ης Οκτωβρίου, ανήμερα του Αγίου Δημητρίου. «Αισθάνομαι πολύ καλά. Ανάλογα με τις εσωτερικές μου διαθέσεις, θα ασχοληθώ και με τα θέματα της διοικήσεως της Εκκλησίας, την άσκηση των καθηκόντων μου που έχω διακόψει εδώ και 2 μήνες. Θέλω να πιστεύω ότι με τη συμπαράσταση όλων σας, ο Θεός θα δώσει το καλύτερο. Το ελπίζω, το εύχομαι», πρόσθεσε στέλνοντας και ένα μήνυμα στο εσωτερικό της ιεραρχίας.
Ορισμένοι εκ των συνεργατών του άφηναν να εννοηθεί πως ο Αρχιεπίσκοπος ήταν έτοιμος να αναλάβει μέρος των καθηκόντων του. Υποστήριζαν μάλιστα πως θα προεξήρχε της δοξολογίας για την 28η Οκτωβρίου και θα προήδρευε της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου στα μέσα Νοεμβρίου. Ωστόσο, οι δυνάμεις του είχαν αρχίσει να τον εγκαταλείπουν, ενώ οι παρενέργειες της θεραπευτικής αγωγής που ακολουθούσε, εξάντλησαν περισσότερο τον ήδη καταπονημένο οργανισμό του.
Οι πληροφορίες για τη σταδιακή επιδείνωση της υγείας του ώθησαν την πολιτειακή και πολιτική ηγεσία της χώρας να εκφράσουν τη συμπαράστασή της προς τον δοκιμαζόμενο Αρχιεπίσκοπο.
Ο Πρόεδρος της Δημοκρατίας, ο πρωθυπουργός και ο αρχηγός της αξιωματικής αντιπολίτευσης, καθώς και πληθώρα πολιτικών, τον επισκέφθηκαν στην κατοικία του. Ο ίδιος έδειχνε να αντιμετωπίζει με εξαιρετικό θάρρος, κουράγιο και δύναμη το πρόβλημα της υγείας του. «Μόλις γίνω καλά θα επιστρέψω και πάλι στα καθήκοντά μου» είπε κάποια στιγμή σε έναν από τους συνομιλητές του.
Μέρα με την ημέρα όμως αντιλαμβανόταν και ο ίδιος τη δύσκολη κατάσταση στην οποία βρισκόταν. Υπήρχαν στιγμές που δεν μπορούσε να μετακινηθεί μόνος του, περνούσε πολλές ώρες στο κρεβάτι του ή ξαπλωμένος στον καναπέ.
Η φωνή του ακουγόταν αδύναμη, αντιμετώπιζε δύσπνοια και υπέφερε από έντονους πόνους. Οι θεράποντες ιατροί του βρίσκονταν διαρκώς δίπλα του, ενώ το νοσοκομείο «Αλεξάνδρα» ήταν σε ετοιμότητα από την πρώτη στιγμή της επιστροφής του από το Μαϊάμι.