Η εισαγωγή του Αρχιεπισκόπου στο Αρεταίειο ξάφνιασε την κοινή γνώμη. Οι πρώτες πληροφορίες ήταν συγκεχυμένες αλλά δινόταν η εντύπωση πως το πρόβλημα δεν ήταν σοβαρό. Πολιτικοί και ιεράρχες άρχισαν να καταφθάνουν στην πανεπιστημιακή κλινική προκειμένου να του ευχηθούν περαστικά. Οι συνεργάτες του ήταν ανήσυχοι αλλά ο ίδιος σε αρκετά καλή διάθεση. Τελικώς αποφασίστηκε να γίνει άμεσα χειρουργική επέμβαση. «Ο Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και Πάσης Ελλάδος Χριστόδουλος υπεβλήθη σήμερα στην προγραμματισμένη εγχείρηση για το πρόβλημα του παχέος εντέρου. Η εγχείρηση ήταν ριζική και επιτυχής και έγινε άμεση αναστόμωση για την αποκατάσταση της λειτουργίας του οργάνου. Από τις προεγχειρητικές εξετάσεις είχε διαπιστωθεί ότι συνυπάρχει ένα χρόνιο πρόβλημα του ήπατος. Εγιναν γι’ αυτό οι απαιτούμενες διαπιστώσεις, στη διάρκεια της εγχείρησης, και έγιναν, επίσης, ειδικές διαγνωστικές εξετάσεις», σημειωνόταν στο ιατρικό δελτίο που εκδόθηκε στις 13 Ιουνίου και υπέγραφε ο πρόεδρος του νοσοκομείου καθ. Χριστόδουλος Στεφανάδης. Της επέμβασης προΐστατο ο αναπλ. καθηγ. Διον. Βώρος.
Στην εντατική ο Χριστόδουλος είχε για συντροφιά ένα μικρό επιτραπέζιο ρολόι, ένα ραδιοφωνάκι συντονισμένο στον σταθμό της Εκκλησίας και μια μικρή εικόνα του Αγίου Νεκταρίου ο οποίος είχε αφήσει την τελευταία του πνοή στο Αρεταίειο. Στις 16 Ιουνίου δέχθηκε την επίσκεψη του Οικουμενικού Πατριάρχη κ.κ. Βαρθολομαίου και λίγες ημέρες αργότερα του Προέδρου της Δημοκρατίας κ. Κ. Παπούλια ο οποίος έφυγε από την πανεπιστημιακή κλινική εμφανώς συγκινημένος. Ακολούθησε το σύνολο της πολιτικής ηγεσίας της χώρας, ιεράρχες και εκατοντάδες πιστοί. «Ευχαριστώ από τα βάθη της καρδιάς μου όλους για την αγάπη και τη συμπαράστασή τους προς το πρόσωπό μου. Κυρίως για τις προσευχές τους προς τον Κύριο. Ιδιαίτερα σε αυτή τη στιγμή της δοκιμασίας μου, αποτελούν για εμένα βάλσαμο. Μου δίνουν δύναμη. Με τη βοήθεια των ιατρών και πάνω απ’ όλα του Θεού, που με αξιώνει να υπηρετώ την Εκκλησία με όλο μου το είναι, προσεύχομαι να σας αγκαλιάσω σύντομα όλους μαζί και τον καθένα ξεχωριστά» ανέφερε σε γραπτή δήλωσή του και ζήτησε από τους θεράποντες ιατρούς του να ενημερώσουν λεπτομερώς για την κατάσταση της υγείας του την κοινή γνώμη.
Πράγματι στις 21 Ιουνίου αυτοί παραχώρησαν κοινή συνέντευξη αφήνοντας για πρώτη φορά και επισήμως να διαφανεί η σοβαρότητα του προβλήματος που αντιμετώπιζε. Στο μεταξύ είχαν παρουσιαστεί και οι πρώτες μετεγχειρητικές επιπλοκές, καθώς και οι συνέπειες του ηπατικού προβλήματος.
Το παρασκήνιο
Στο παρασκήνιο τρεις μάχες βρίσκονταν σε εξέλιξη. Ιατρικοί κύκλοι εμφάνιζαν τους θεράποντες ιατρούς να αλληλοκατηγορούνται για την πορεία της υγείας του ασθενούς. Κάποιοι μάλιστα υποστήριζαν πως δεν έπρεπε ο κ. Βώρος να πραγματοποιήσει την επέμβαση στο έντερο. Ανάλογη διχογνωμία επικρατούσε και στο περιβάλλον του Αρχιεπισκόπου, το οποίο έμοιαζε να αλληλοσπαράσσεται. Την ίδια στιγμή στους κόλπους της ιεραρχίας είχε ανάψει η διαδοχολογία.
Στις αρχές Ιουλίου έφτασαν στην Αθήνα από τη Γερμανία οι καθηγητές Χειρουργικής Μπίχλερ και Μπρόελς, ειδικοί ηπατολόγοι. Ακολούθησε στις 11 Ιουνίου ο καθηγητής Ανδρέας Τζάκης, διευθυντής του τμήματος μεταμοσχεύσεων ήπατος του αμερικανικού νοσοκομείου Τζάκσονς Μεμόριαλ. Την επομένη ανακοινώθηκε πως ο Αρχιεπίσκοπος αφού ενημερώθηκε από τον Ελληνοαμερικανό καθηγητή για τις δυνατότητες θεραπείας του ηπατικού προβλήματος δέχθηκε να μεταβεί στο Μαϊάμι προκειμένου να υποβληθεί σε μεταμόσχευση ήπατος από τον κ. Τζάκη.
Το μεσημέρι της 20ής Ιουλίου στην κεντρική πόρτα του Αρεταίειου εμφανίστηκε ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος. Ιδιαίτερα συγκινημένος και εμφανώς καταβεβλημένος ευχαρίστησε όλους όσοι του συμπαραστάθηκαν στην περιπέτεια της υγείας του. «Θέλοντας να σας εκφράσω τη βαθιά μου ευγνωμοσύνη για την αγάπη που δείξατε, για τις προσευχές που κάνατε, θέλω να σας πω ότι είμαι εδώ όρθιος, στέκομαι στα πόδια μου, σας αγαπώ όπως κι εσείς με αγαπάτε. Είμαι ο Χριστόδουλός σας! Αρχίζει τώρα η δεύτερη φάση της προετοιμασίας πλέον για την Αμερική. Είμαι βέβαιος ότι όπως συνέβη μέχρι τώρα έτσι και στη νέα περιπέτεια όλοι σας θα σταθείτε στο πλευρό μου. Οι προσευχές σας θα με στηρίξουνε και πρώτα ο Θεός, όλα θα πάνε κατ’ ευχήν».