Η μεγαλύτερη κρίση που αντιμετώπισε στο εσωτερικό της Ελλαδικής Εκκλησίας ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος ξέσπασε τον Ιανουάριο του 2005. Οι αποκαλύψεις σκανδάλων με κυρίαρχο το παραδικαστικό έφεραν στην επιφάνεια σχέσεις στοργής και διαπλοκής, «ιδιαιτερότητες», φιλοχρηματία και εξουσιολαγνεία.
Ο Αρχιεπίσκοπος είδε ξαφνικά το περιβάλλον του να «αποδομείται», ενώ δεν ήταν λίγοι εκείνοι που πίστευαν πως έτριζε επικίνδυνα ο Θρόνος του. Οι επικριτές του τού χρέωναν λάθη, παραλείψεις και το σημαντικότερο «αδυναμία αξιολόγησης των προσώπων που είχε δίπλα του». Στα σκάνδαλα ήρθε να προστεθεί και η παράλληλη κρίση του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων, ο Απόστολος Βαβύλης και οι συστατικές επιστολές που μοίραζε ο Αρχιεπίσκοπος.
Μέσα στο κλίμα αυτό ο Χριστόδουλος και η Διαρκής Ιερά Σύνοδος «διέγνωσαν» από την πρώτη στιγμή μια ακόμα συντονισμένη επίθεση κατά της Εκκλησίας. Υπό το βάρος όμως της χιονοστιβάδας των στοιχείων που φανέρωναν ένα άλλο πρόσωπο μέρους της διοικούσας Εκκλησίας αλλά και της έντονης δυσαρέσκειας που προκάλεσαν οι αποκαλύψεις στο χριστεπώνυμο πλήρωμα, η Ιεραρχία αναγκάσθηκε να προχωρήσει στην λεγόμενη αυτοκάθαρση. Ως αποτέλεσμα οι Μητροπολίτες Αττικής κ. Παντελεήμονας και Θεσσαλιώτιδος κ. Θεόκλητος έχασαν τους θρόνους τους, ενώ ο αρχιμανδρίτης Ιάκωβος Γιοσάκης τέθηκε σε αργία.
Στις αρχές του 2006 ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος αποκατέστησε το πνευματικό του παιδί, κ. Θεόκλητο, αποδίδοντάς του τον τίτλο του τιτουλάριου Μητροπολίτη Βρεσθένης. Ενα χρόνο αργότερα επιχείρησε να προωθήσει την εκλογή του στη Μητρόπολη Μεσσηνίας. Κατόπιν όμως των αντιδράσεων της τοπικής κοινωνίας ο Χριστόδουλος άλλαξε σχέδια. Αξίζει να σημειωθεί ότι ο κ. Θεόκλητος, μαζί με τον πρωτοσύγκελο της Αρχιεπισκοπής π. Θωμά Συνοδινό, ήταν από τους ελάχιστους συνεργάτες του που παρέμειναν στο πλευρό του μακαριστού καθ’ όλη τη διάρκεια της ασθένειάς του.