«Η αποστολή μου τελείωσε εδώ» είχε πει περιχαρής το βράδυ της αναδείξεως του πνευματικού του τέκνου στον θρόνο των Αθηνών ο τότε μητροπολίτης Πειραιώς και επικεφαλής της «Χρυσοπηγής» κ. Καλλίνικος. Στην πράξη όμως ο Πειραιώς έδειξε να επιθυμεί να έχει λόγο σε ορισμένα ζητήματα. Η πρώτη κόντρα ξέσπασε τα πρώτα εικοσιτετράωρα μετά την αρχιεπισκοπική εκλογή.
Οταν στις αρχές Μαΐου, ο Χριστόδουλος επέστρεψε στον Βόλο ως Αρχιεπίσκοπος, απευθυνόμενος στο πνευματικό του τέκνο και επιστήθιο φίλο του, αρχιμανδρίτη Θεόκλητο Κουμαριανό, είπε: «Θεόκλητε παιδί μου, ιδού η Μητρόπολή σου». Κάτι που προκάλεσε τη μήνιν του Καλλίνικου, ο οποίος αντέδρασε στην υποψηφιότητα του εκλεκτού του Χριστόδουλου. Τελικά, ο αρχιεπίσκοπος υποχώρησε και στη μητρόπολη εξελέγη ο Ιγνάτιος Γεωργακόπουλος, μέλος της Χρυσοπηγής και δεξί χέρι του Πειραιώς.
Τα επόμενα χρόνια, ο κ. Καλλίνικος -και μαζί με αυτόν και τα υπόλοιπα μέλη της αδελφότητας- στάθηκαν πολλές φορές απέναντι στον Αρχιεπίσκοπο. Τα πρόσωπα που εκλέγονται σε μητροπόλεις, η κοσμική ζωή του Χριστόδουλου, οι «παντελονάδες» συνεργάτες του βρέθηκαν στο στόχαστρο της «αγίας αδελφότητας». Ηταν φανερό ότι ο Αθηνών προσπαθούσε να απογαλακτισθεί από την «οικογένειά» του.
Το 2005 ο Καλαβρύτων προβαίνει σε μια δήλωση που θα συγκλονίσει συθέμελα την Αρχιεπισκοπική Αυλή. Επικρίνει τον «αδελφό» του Χριστόδουλο, που επέτρεψε να παρεισφρήσουν στο άμεσο περιβάλλον του ύποπτα πρόσωπα. Φωτογράφιζε -εμμέσως πλην σαφώς- τον π. Ιάκωβο Γιοσάκη αν και τα βέλη του στόχευαν κυρίως στον στενό συνεργάτη του Αρχιεπισκόπου, τότε μητροπολίτη Θεσσαλιώτιδος Θεόκλητο. Ο κ. Θεόκλητος κατηγορήθηκε ότι προωθούσε τον π. Γιοσάκη να καταλάβει υψηλή διοικητική θέση στην Ιερά Σύνοδο.
Η υπόθεση του παραδικαστικού σκανδάλου ξεδιπλώνεται και η Χρυσοπηγή εμφανίζεται από τον Τύπο να απαιτεί την «κεφαλή Θεόκλητου επί πίνακι» προκειμένου να στηρίξει τον Χριστόδουλο. Τελικά, ο Θεόκλητος παραιτήθηκε, αφήνοντας όμως αιχμές για τον ρόλο της αδελφότητας. Λίγους μήνες μετά, συμπτωματικά την ημέρα που ανακοινώθηκε η μεταφορά του συλληφθέντος Απόστολου Βαβύλη στην Ελλάδα, ο Πειραιώς Καλλίνικος κάνει γνωστή την απόφασή του να παραιτηθεί για λόγους υγείας. Το προηγούμενο διάστημα, ο Χριστόδουλος είχε στηρίξει τον πνευματικό του πατέρα, ο οποίος κατηγορήθηκε για ηθικά παραπτώματα αλλά και για την εμπλοκή ενός άλλου πνευματικού του παιδιού στα τεκταινόμενα των Ιεροσολύμων, στο πλευρό του Βαβύλη. Η σχέση του Αρχιεπισκόπου με την αδελφότητα της οποίας υπήρξε συνιδρυτής πέρασε πολλές διακυμάνσεις αλλά την τελευταία περίοδο τα μέλη της βρέθηκαν κοντά του. Ιδιαίτερα τις ώρες που έδινε τη μεγάλη μάχη για τη ζωή του.