«Αυτήν την ώρα στρέφω νοσταλγικά το βλέμμα μου προς τη βασιλίδα των πόλεων. Προς το μαρτυρικό και ιστορικό Φανάρι και τον έντιμο και αξιοσέβαστο Οικουμενικό μας Πατριάρχη, τον κύριο Βαρθολομαίο. Αποστέλλω εγκάρδιο αδελφικό ασπασμό και χαιρετισμό και θέλω από τη θέση αυτή ήδη από την πρώτη στιγμή της αναδείξεώς μου να εκφράσω τον σεβασμό μου προς το Οικουμενικό μας Πατριαρχείο και τα αισθήματα υπό των οποίων διαπνέομαι για μια αγαστή, καλή, συνεχή συνεργασία μεταξύ των δύο Εκκλησιών». Η πρώτη δήλωση του νεοεκλεγέντα αρχιεπισκόπου Χριστόδουλου δεν προμήνυε τη θύελλα που θα ακολουθούσε στις σχέσεις των δύο Εκκλησιών που παραλίγο να τις οδηγήσει στο Σχίσμα. Και αυτό γιατί μέχρι την εκλογή του είχε φροντίσει να καλλιεργήσει στενούς δεσμούς με το Φανάρι και προσωπικά με τον Οικουμενικό Πατριάρχη, με τον οποίο διατηρούσε φιλία από τα μέσα του ’60.
Μάλιστα πολλοί αρχιερείς του Θρόνου τον είχαν υποστηρίξει στην αρχιεπισκοπική εκλογή. Ηταν επόμενο λοιπόν το Πατριαρχείο να περιμένει πως η «νέα σελίδα» θα ήταν προς όφελος των σχέσεων των δύο Εκκλησιών. Σε λιγότερο από ένα μήνα όμως οι ελπίδες διαψεύστηκαν. Ο νέος Αθηνών επισκεπτόμενος το Φανάρι έθιξε το θέμα της μνημόνευσης του ονόματός του σε όλες τις μητροπόλεις της ελλαδικής Εκκλησίας. Οι τριβές εντάθηκαν όταν ζήτησε επίμονα να λειτουργήσει γραφείο αντιπροσώπευσης της Εκκλησίας της Ελλάδος στην έδρα της Ε.Ε. στις Βρυξέλλες ανεξάρτητο από αυτό του Οικουμενικού Πατριαρχείου, που εκπροσωπούσε όλες τις τοπικές αυτοκέφαλες Ορθόδοξες Εκκλησίες. Την κίνηση αυτή ακολούθησε και η άρνηση του Χριστόδουλου να λειτουργήσει γραφείο εκπροσωπήσεως του Πατριαρχείου στην Αθήνα. Τελικά ύστερα από παρέμβαση της κυβέρνησης οι δύο πλευρές συμβιβάστηκαν και λειτούργησαν τα γραφεία εκπροσωπήσεώς τους σε Αθήνα και Βρυξέλλες.
Πέντε χρόνια αργότερα οι μητροπόλεις των «Νέων Χωρών» θα γίνονταν η αιτία για τη μεγαλύτερη σύγκρουση των δύο Εκκλησιών από το 1833, όταν μονομερώς και σχισματικώς η ελλαδική Εκκλησία κήρυξε την ανεξαρτησία της από το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Αφορμή για τη νέα κρίση στάθηκε ο θάνατος του μητροπολίτη Θεσσαλονίκης Παντελεήμονα και η έμμεση αμφισβήτηση του ιδιαίτερου καθεστώτος των μητροπόλεων αυτών από τον Αρχιεπίσκοπο. Το Φανάρι ζήτησε την εφαρμογή της Πράξης του 1928, βάσει της οποίας παραχώρησε προσωρινά τη διοίκηση των Μητροπόλεων αυτών στην ελλαδική Εκκλησία. Ο Αρχιεπίσκοπος αρνήθηκε, η σύνοδος στην πλειοψηφία της τον ακολούθησε και επήλθε η σύγκρουση που διήρκησε ένα χρόνο. Μετά την παρέμβαση της νεοεκλεγείσας κυβέρνησης και της τότε υπουργού Παιδείας κ. Γιαννάκου, η Αθήνα αποδέχθηκε την εφαρμογή της Πράξης του ’28, ενώ η ενδημούσα Σύνοδος του Πατριαρχείου ήρε το επιτίμιο της ακοινωνησίας που, στο μεταξύ, είχε επιβάλει στον αρχιεπίσκοπο. Παρά τα κατά καιρούς προβλήματα και τις έμμεσες ή άμεσες αιχμές που αντάλλαξαν οι δύο Εκκλησίες οι σχέσεις τους αποκαταστάθηκαν. Ωστόσο, τις σκίαζε πλέον η καχυποψία. Ιδιαίτερη συγκίνηση πάντως προκάλεσε στον ασθενή αρχιεπίσκοπο η κίνηση του Πατριάρχη να τον επισκεφθεί στο Αρεταίειο προκειμένου να του ευχηθεί. Λίγες ημέρες αργότερα του το ανταπέδωσε με μια θερμή δήλωση στήριξης της οικουμενικότητας του Πατριαρχείου, που για άλλη μια φορά αμφισβητούσε η Αγκυρα.