Από την πρώτη στιγμή της ανάρρησής του στο θρόνο των Αθηνών, ο Χριστόδουλος έγινε το αγαπημένο πρόσωπο των μέσων ενημέρωσης. Ο λόγος του, οι δραστηριότητές του, οι κινήσεις του αποτελούσαν θέμα συζητήσεων. Από τους άμβωνες των ναών διακήρυσσε τις θέσεις του, παρενέβαινε στις εξελίξεις, καυτηρίαζε καταστάσεις. Οι ΗΠΑ, η Ευρωπαϊκή Ενωση, οι «ισχυροί» της Γης, η παγκοσμιοποίηση, οι εκφραστές της ιντελιγκέντσιας, οι «ευρωλιγούρηδες» και οι «γραικύλοι» αποτέλεσαν τους πρώτους «στόχους» του. Οι πιστοί εκστασιασμένοι τον χειροκροτούσαν στους ναούς. Επισκεπτόμενος τον Βόλο λίγο μετά την εκλογή του, άσκησε δριμεία κριτική στην Ε.Ε., υποστηρίζοντας ότι «αποτελεί αίσχος για τους Νεοέλληνες να παίρνουν ως κριτήρια το τι θέλουν κάθε φορά οι ντιρεκτίβες των Βρυξελλών, και όχι ό,τι επιβάλλει η ιστορική αναγκαιότητα και η παράδοση αυτού του τόπου».
Δεν παρέλειψε, ωστόσο, να στραφεί και εναντίον μερίδας βουλευτών που ζήτησαν την κατάργηση του θρησκευτικού όρκου. «Καθένας ο οποίος καταβάλλει προσπάθεια να μετατρέψει αυτόν τον τόπο σε κράτος λαϊκίστικο, όπως λέγεται, διότι δήθεν αυτό είναι το πρότυπο της Ευρώπης, κάνει έγκλημα εναντίον της ιστορίας αυτού του λαού και δεν θα πρέπει να τον αφήσουμε ελεύθερο να κάνει αυτό το έγκλημα».
Στις 9 Μαΐου, η Αθήνα υποδέχθηκε και επίσημα τον νέο Αρχιεπίσκοπο στην τελετή ενθρόνισης που πραγματοποιήθηκε στον Καθεδρικό Ναό. Ωστόσο, οι πρώτες του δηλώσεις, αλλά και η απαίτηση ορισμένων συνεργατών του να του επιφυλαχθεί υποδοχή αρχηγού κράτους, κράτησαν μακριά από τη Μητρόπολη τον τότε πρωθυπουργό κ. Κ. Σημίτη. Κίνηση που προκάλεσε τη δυσαρέσκεια του Αρχιεπισκόπου, αλλά προδιέγραψε και τις μελλοντικές σχέσεις κυβέρνησης – εκκλησιαστικής διοίκησης. «Η πρόκληση για την Εκκλησία είναι ιστορική. Οφείλει να διατυπώσει ένα νέο λόγο με δύναμη και προοπτική, για να είναι πάντοτε ζωντανή η παρουσία της στον σύγχρονο κόσμο», υπογράμμισε στον ενθρονιστήριο λόγο του στον κατάμεστο Καθεδρικό Ναό.
«Κάθε απόπειρα αποσύνδεσης Ορθοδοξίας και Ελληνισμού συνιστά απειλή για την ενότητα του έθνους», συνέχισε και πρόσθεσε: «Η Εκκλησία πάντοτε επεδίωξε σχέσεις συνεργασίας, συναλληλίας σε βάση ισοτιμίας με την ελληνική Πολιτεία. Και η ελληνική Πολιτεία από τη μεριά της κατανοεί την ανάγκη ειρηνικής συμβίωσης με την Εκκλησία». Η εσωτερική αναδιοργάνωση της Εκκλησίας, η νεολαία και τα προβλήματά της, η πατρίδα και το Γένος, η κοινωνική μέριμνα και, τέλος, οι νεώτερες επιστημονικές κατακτήσεις, όπως θέματα βιοηθικής και γενετικής, ήταν οι βασικοί άξονες των προγραμματικών δηλώσεων του Χριστόδουλου. «Ο λαός μας δικαιούται να ελπίζει. Φέρνουμε το μήνυμα της άνοιξης και της αυτοπεποίθησης. Μπορούμε να ζήσουμε και να προκόψουμε. Ο Ελληνισμός και η Ορθοδοξία αξίζουν και μπορούν το καλύτερο», κατέληξε, προσαρμόζοντας ελαφρώς στην εκκλησιαστική γλώσσα την πολιτική συνθηματολογία.
Λίγες ημέρες αργότερα, μετά τη συνάντησή του με τον κ. Σημίτη, ο Αρχιεπίσκοπος δήλωνε πως «είναι αυτονόητο και φυσικό ότι και την Εκκλησία ενδιαφέρει η πρόοδος και ο εκσυγχρονισμός του λαού μας». Ακολούθησαν συναντήσεις με κορυφαίους υπουργούς, με τους οποίους συζήτησε τα εθνικά ζητήματα, αλλά έθεσε και σειρά αιτημάτων της νέας εκκλησιαστικής διοίκησης. Η ανέγερση νέου Καθεδρικού Ναού, νέου Συνοδικού Μεγάρου αλλά και η αξιοποίηση κοινοτικών πόρων ήταν ορισμένα από αυτά. Αν και ήταν ακόμα πολύ νωρίς για κριτική, ορισμένοι πολιτικοί παράγοντες παρακολουθούσαν προβληματισμένοι τη δράση του νέου Προκαθημένου. «Ο λαός μας εχόρτασε από υποσχέσεις και από μεγάλα λόγια. Εχόρτασε από τους εκμεταλλευτές της δικής του αφέλειας ή αμέλειας. Σήμερα ο λαός θέλει αγωνιστές. Ολοι, εμάς θέλουν μπροστά. Ο λαός κρέμεται από εμάς», δήλωνε και έστελνε το μήνυμα: «Δεν υπάρχει λόγος να ανησυχούν. Ούτε για εθνάρχης πάω ούτε για πρωθυπουργός. Ας κοιμούνται ήσυχοι οι κυβερνώντες, δεν είμαι εγώ εκείνος που θα αμφισβητήσει την πολιτική τους επικυριαρχία».
Στις 17 Αυγούστου του 1998, από την Παναγία Σουμελά στο Βέρμιο, ο Χριστόδουλος έκανε μια παρέμβαση που προκάλεσε συζητήσεις. «Ο Θεός θα αξιώσει κάποτε τον Προκαθήμενο της Εκκλησίας ως επικεφαλής του ελληνισμού να βάλει το κλειδί στην πόρτα της Παναγίας της Σουμελιώτισσας για να ανοίξει και πάλι τις πύλες της σε αυτό το παλλάδιον του ελληνισμού και της Ορθοδοξίας», είχε τονίσει και σπεύσει να συμπληρώσει: «Δεόμεθα υπέρ της ειρήνης, αλλά ευλογούμε τα όπλα τα ιερά, όταν η στιγμή το επιτάσσει και οι καιροί το επιβάλλουν». Παράλληλα, προχώρησε σε εντυπωσιακές εξαγγελίες, πολλές από τις οποίες έμειναν στα χαρτιά. Κάποιες μάλιστα τις επανέλαβε αρκετές φορές στη διάρκεια των εννέα ετών που βρέθηκε στο τιμόνι της Ελλαδικής Εκκλησίας. Η σημαντικότερη, ωστόσο, από αυτές που έγιναν πράξη ήταν η χορήγηση επιδόματος στις πολύτεκνες οικογένειες της Θράκης.