Τη δυσαρέσκεια πολλών μητροπολιτών προκαλούν οι σχεδιαζόμενες φορολογικές ρυθμίσεις της κυβέρνησης. Στο εσωτερικό της Ιεραρχίας επικρατεί αναβρασμός εξαιτίας της αθέτησης – όπως υποστηρίζεται- των κυβερνητικών υποσχέσεων για «διάλογο από μηδενική βάση». Ο Αρχιεπίσκοπος κρατάει χαμηλούς τόνους και διαμηνύει προς κάθε κατεύθυνση ότι η Εκκλησία επιθυμεί τον διάλογο. «Μας έκαναν να αισθανόμαστε με την πλάτη στον τοίχο» σχολιάζει στην «Κ» παλαιός ιεράρχης.
Ο Αρχιεπίσκοπος, σύμφωνα με το περιβάλλον του, ελπίζει πως η κυβέρνηση θα κατανοήσει τελικά την αδικία σε βάρος της Εκκλησίας και θα την αντιμετωπίσει ισότιμα με όλα τα ΝΠΔΔ. Ο Αρχιεπίσκοπος, σε πρόσφατες συζητήσεις που είχε με υπουργούς, πρότεινε τα εκκλησιαστικά ΝΠΔΔ να φορολογούνται με βάση τα όποια καθαρά έσοδά τους. Τη θέση αυτή διατύπωσαν και οι συνεργάτες του κατά τη συνάντηση που είχαν προχθές Παρασκευή, με στελέχη του υπουργείου Οικονομίας. Ωστόσο, η στάση της Ελλαδικής Εκκλησίας έναντι των προωθούμενων κυβερνητικών ρυθμίσεων θα καθοριστεί την Τρίτη, οπότε και θα συνεδριάσει εκτάκτως η Διαρκής Ιερά Σύνοδος. «Το πρόβλημα της Εκκλησίας με τους πολιτικούς δεν είναι οικονομικό όσο είναι οντολογικό» υποστηρίζει ο μητροπολίτης Ιωαννίνων Θεόκλητος,
Είναι χαρακτηριστικό ότι το κλίμα στην Ιεραρχία θυμίζει εκείνο του 1987, όταν ο Αντώνης Τρίτσης προώθησε τον νόμο 1700 για την εκκλησιαστική περιουσία. Στην πραγματικότητα η σχεδιαζόμενη φορολόγηση των εκκλησιαστικών ΝΠΔΔ -για πρώτη φορά σε τέτοια έκταση- φαίνεται να αναθερμαίνει τη διαχρονική «διαμάχη» Πολιτείας-Εκκλησίας για την «ιερή περιουσία». Την τελευταία φορά που η Εκκλησία «παραχώρησε» στο Κράτος ήταν το 1952 όταν η κυβέρνηση Πλαστήρα απαλλοτρίωσε περισσότερα από 800.000 στρέμματα γης. Με νόμο που εκδόθηκε προβλεπόταν πως η αποζημίωση που θα λάμβανε η Εκκλησία θα αντιστοιχούσε στο 1/3 της αντικειμενικής αξίας της απαλλοτριωμένης γης, δηλαδή περίπου 98 δισ. δραχμές της εποχής. Η Εκκλησία υποστηρίζει πως ουδέποτε έλαβε την αποζημίωση, ενώ το κράτος εκτιμά ότι η Εκκλησία οφείλει ακόμα περίπου 200.000 στρέμματα! Υπενθυμίζεται ότι από το 1950 το κράτος μισθοδοτεί τους κληρικούς.