Για δύο περιόδους, ως υφυπουργός Δημόσιας Τάξης τη διετία 2004-2006 και ως αναπληρωτής υπουργός Εσωτερικών από τον Ιανουάριο του 2009, ελέγχεται ο κ. Χρ. Μαρκογιαννάκης, στον οποίο το ΠΑΣΟΚ καταλογίζει σωρεία ανακριβειών και προσπάθεια παραπλάνησης της επιτροπής. Διόλου τυχαία, στον πρώην υπουργό αποδίδεται η πιο μακρά λίστα πράξεων ή παραλείψεων που, κατά την πλειοψηφία, οδήγησαν σε ισχυροποίηση της SAIC εις βάρος των συμφερόντων του Δημοσίου και συγκεκριμένα ότι αν και το C4I δεν ήταν κατάλληλο για να χρησιμοποιηθεί, δεν κινήθηκε η διαδικασία κήρυξης έκπτωτης της εταιρείας, δόθηκαν ανακριβή στοιχεία για την ανάπτυξη των υποσυστημάτων, υπήρξε αποδοχή των αιτημάτων της κοινοπραξίας για παράταση της σύμβασης ώστε να μην κηρυχθεί έκπτωτη, ενώ του καταλογίζεται και απευθείας ανάθεση έργου ύψους 7,1 εκατ. ευρώ.
Ο κ. Μαρκογιαννάκης ως αναπληρωτής υπουργός Εσωτερικών παρέλαβε το 2009 υποσύστημα του C4I, αποδεσμεύοντας δύο εγγυητικές επιστολές της SAIC αξίας άνω των 6 εκατ. ευρώ.