Αν και ομαδοποιήθηκε στους «σωματοφύλακες» του πρωθυπουργού, ο κ. Χ. Παμπούκης είχε πάντα ειδική σχέση με τον πρωθυπουργό κ. Γ. Παπανδρέου, καθώς τους συνέδεε προσωπική φιλία. Σε πολιτικό επίπεδο, όμως, η μεταξύ τους σχέση διακρίνεται σε περιόδους στενής προσέγγισης, αλλά και διακριτών αποστάσεων.
Με τον κ. Παπανδρέου υπουργό Εξωτερικών, ο Χ. Παμπούκης διετέλεσε γ.γ. του ΥΠ.ΕΞ. Ηταν από τους ανθρώπους που καλλιέργησαν και στήριξαν τη διαδοχή Σημίτη από τον Γ. Παπανδρέου και από τους βασικούς συνεργάτες της προεκλογικής εκστρατείας του ΠΑΣΟΚ στις εκλογές του 2004. Μετά την εκλογική ήττα, έδειξε να αποστασιοποιείται από την πολιτική και να εστιάζει στην επαγγελματική και ακαδημαϊκή σταδιοδρομία.
Μετά τη νίκη του ΠΑΣΟΚ στις εκλογές του Οκτωβρίου του 2009, κατέστη άμεσα σαφές ότι ο πρωθυπουργός επιφύλασσε αναβαθμισμένο ρόλο για τον κ. Παμπούκη. Ηταν αυτός, άλλωστε, που συνόδευσε τον κ. Παπανδρέου στο Προεδρικό Μέγαρο για την ορκωμοσία του, και η σημειολογία της κίνησης κάθε άλλο παρά απαρατήρητη πέρασε.
Η ανακοίνωση της κυβέρνησης έφερε τον Χ. Παμπούκη στη θέση του υπουργού Επικρατείας παρά τω πρωθυπουργώ. Λίγες εβδομάδες αργότερα, ο κ. Παπανδρέου ανακοίνωνε στο Υπουργικό Συμβούλιο ότι ο κ. Παμπούκης αναλάμβανε καθήκοντα συντονιστή του κυβερνητικού έργου, απόφαση που δεν έγινε δεκτή με ενθουσιασμό.
Ο πρωθυπουργός άρχισε να του αναθέτει και «ειδικές αποστολές», όπως την προσέγγιση με το Παρίσι ενώ, παράλληλα, ο κ. Παμπούκης άρχισε να κινείται για την προσέλκυση επενδύσεων, με χαρακτηριστικότερη περίπτωση αυτή του Κατάρ για το Ελληνικό. Την ίδια στιγμή, η επιλογή του πρωθυπουργού να παίρνει μαζί του τον κ. Παμπούκη σε ταξίδια στο εξωτερικό, προκάλεσε έντονη φημολογία για μετακίνησή του στο υπουργείο Εξωτερικών.
Το μοντέλο κυβερνητικού συντονισμού από τον Χ. Παμπούκη δεν «περπάτησε». Στον πρώτο ανασχηματισμό, πέρυσι τον Σεπτέμβριο, διατήρησε τη θέση του, αλλά ήταν σαφές ότι είχε απολέσει την αρχική ισχύ του. Στον ανασχηματισμό του περασμένου Ιουνίου ορίστηκε αναπληρωτής υπουργός Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας, θέση από την οποία παραιτήθηκε χθες.