Ειδικός απεσταλμένος της Ευρωπαϊκής Ενωσης, για την προώθηση της θρησκευτικής ελευθερίας και της ελευθερίας των πεποιθήσεων εκτός Ε.Ε., διορίστηκε από το Κολέγιο των Επιτρόπων ο τέως επίτροπος Ανθρωπιστικής Βοήθειας και Διαχείρισης Κρίσεων (2014-2019) και Ευρωπαίος συντονιστής για τον Εμπολα, Χρήστος Στυλιανίδης. Οπως αναφέρεται στη σχετική ανακοίνωση της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, «ο Χρήστος Στυλιανίδης έχει αποδείξει επανειλημμένα την αφοσίωσή του στα ανθρώπινα δικαιώματα και στη θρησκευτική ελευθερία» και «η ισχυρή πείρα και οι ικανότητές του τον καθιστούν ειδικά κατάλληλο γι’ αυτό τον ρόλο».
Σε ανάρτησή του στα μέσα κοινωνικής δικτύωσης, ο Χρήστος Στυλιανίδης, αφού ευχαρίστησε το Κολέγιο των Επιτρόπων για την τιμή που του έγινε, δήλωσε: «Αναλαμβάνω τον ρόλο αυτό με πλήρη επίγνωση της σημασίας και της κρισιμότητάς του. Η δέσμευσή μου για υπεράσπιση αυτού του θεμελιώδους ανθρώπινου δικαιώματος είναι διαχρονική. Θα συνεργαστώ με τους ευρωπαϊκούς θεσμούς, τους διεθνείς οργανισμούς και τις ΜΚΟ για την επίτευξη των στόχων της εντολής μου, συμβάλλοντας στις παγκόσμιες προσπάθειες της Ε.Ε. για προστασία και προώθηση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων, της θρησκευτικής ελευθερίας και της συμφιλίωσης».
Οπως αναφέρει η ανακοίνωση της Επιτροπής, σε μια περίοδο που οι θρησκευτικές ελευθερίες και πεποιθήσεις και άλλα ανθρώπινα δικαιώματα δέχονται επιθέσεις σε πολλά μέρη του κόσμου, ο διορισμός ειδικού απεσταλμένου «δείχνει τη δέσμευση της Επιτροπής να αντιμετωπίσει αυτή την πρόκληση και να διασφαλίσει ότι τα δικαιώματα κάθε θρησκείας και πίστης γίνονται σεβαστά». Η σημαντική αυτή –άμισθη– θέση εντάσσεται στο πλαίσιο της πολιτικής διαλόγου της Ευρωπαϊκής Επιτροπής με θρησκευτικές και αγνωστικιστικές οργανώσεις (υπό την ευθύνη του αντιπροέδρου Μαργαρίτη Σχοινά) και της προώθησης των ανθρωπίνων δικαιωμάτων και της συμφιλίωσης σε περιοχές κρίσεων.
Η θητεία του Χρήστου Στυλιανίδη στη θέση του επιτρόπου Ανθρωπιστικής Βοήθειας και Διαχείρισης Κρίσεων αξιολογείται ως εξαιρετικά επιτυχημένη. Ειδικότερα, ανέλαβε πρωτοβουλίες και εφάρμοσε πολιτικές αντιμετώπισης των ανθρωπιστικών αναγκών στην Αφρική, στη Μέση Ανατολή, στην Ασία και στη Λατινική Αμερική. Ο Στυλιανίδης έχει βάλει, επίσης, τη σφραγίδα του στην προώθηση της εκπαίδευσης σε περιοχές κρίσεων, συμβάλλοντας ουσιαστικά στις προσπάθειες συμφιλίωσης μεταξύ εθνικών και θρησκευτικών κοινοτήτων. Με δική του πρωτοβουλία δεκαπλασιάστηκε ο προϋπολογισμός του χαρτοφυλακίου της ανθρωπιστικής βοήθειας για την εκπαίδευση σε καταστάσεις έκτακτης ανάγκης: από 1% το 2015 σε 10% σήμερα. Για την αφοσίωσή του στην εκπαίδευση, ο Στυλιανίδης ανακηρύχθηκε το 2020 Global Champion for Education in Emergencies από την παγκόσμια οργάνωση Education Cannot Wait και το 2018 σε Political Champion for Education in Emergencies από το Malala Foundation.